More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6248 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0546  excinuclease ABC, A subunit  39.66 
 
 		 946 aa  691    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0457921  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2758  excinuclease ABC family protein  60.54 
 
 		 1855 aa  2209    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3325  excinuclease ABC, A subunit  40.16 
 
 		 937 aa  676    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1218  excinuclease ABC, subunit A, form 2  90.21 
 
 		 1970 aa  3482    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.13215  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0304  excinuclease ABC, A subunit  66.6 
 
 		 2005 aa  2673    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1010  excinuclease ABC subunit A  38.95 
 
 		 954 aa  665    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0427  excinuclease ABC subunit A  40.34 
 
 		 944 aa  685    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0916  excinuclease ABC, A subunit  37.8 
 
 		 931 aa  644    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0994  excinuclease ABC subunit A  81.79 
 
 		 1945 aa  3194    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0618908 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5271  excinuclease ABC subunit A  39.92 
 
 		 958 aa  686    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1709  excinuclease ABC subunit A  39.52 
 
 		 942 aa  652    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0152505  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5015  excinuclease ABC subunit A  39.92 
 
 		 958 aa  687    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.93666  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4844  excinuclease ABC subunit A  39.92 
 
 		 958 aa  687    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4859  excinuclease ABC subunit A  39.82 
 
 		 958 aa  686    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0062  excinuclease ABC, subunit A, form 2  90.21 
 
 		 1970 aa  3482    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0451  excinuclease ABC subunit A  39.74 
 
 		 951 aa  649    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0427  excinuclease ABC subunit A  39.54 
 
 		 951 aa  645    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1685  excinuclease ABC subunit A  40.32 
 
 		 968 aa  676    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0473  excinuclease ABC subunit A  40.67 
 
 		 941 aa  659    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.78914 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2024  excinuclease ABC subunit A  43.22 
 
 		 945 aa  701    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.136428  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1323  excinuclease ABC subunit A  40.88 
 
 		 980 aa  688    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_19031  excinuclease ABC subunit A  41.11 
 
 		 966 aa  696    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4240  UvrA family protein  83.45 
 
 		 1957 aa  3231    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.591545  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2710  excinuclease ABC subunit A  38.88 
 
 		 1008 aa  672    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00698098 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0436  excinuclease ABC subunit A  40.85 
 
 		 940 aa  649    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.64292  normal  0.354082 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19211  excinuclease ABC subunit A  41.01 
 
 		 967 aa  682    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3591  excinuclease ABC subunit A  40.88 
 
 		 965 aa  679    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.240208  normal  0.0431372 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1568  excinuclease ABC, subunit A, form 2  90.31 
 
 		 1971 aa  3489    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.49006  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0078  excinuclease ABC subunit A  56.54 
 
 		 1867 aa  2102    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2246  excinuclease ABC, A subunit  54.17 
 
 		 1896 aa  1937    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.186636  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0087  excinuclease ABC, A subunit  39.1 
 
 		 937 aa  657    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000141309  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7351  UvrA family protein  95.85 
 
 		 1967 aa  3740    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.965085  normal  0.937028 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0539  excinuclease ABC subunit A  41.81 
 
 		 956 aa  703    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.111546  normal  0.557 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1662  excinuclease ABC subunit A  38.76 
 
 		 958 aa  640    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2317  excinuclease ABC subunit A  41.21 
 
 		 976 aa  660    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.458787  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0154  excinuclease ABC subunit A  38.9 
 
 		 951 aa  664    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.676306  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1301  excinuclease ABC subunit A  41.26 
 
 		 942 aa  734    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0773804  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2691  excinuclease ABC subunit A  41.11 
 
 		 987 aa  681    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0128  excinuclease ABC subunit A  40.04 
 
 		 937 aa  679    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2580  UvrA family protein  59.03 
 
 		 1892 aa  2169    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.603689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5395  excinuclease ABC subunit A  39.92 
 
 		 958 aa  687    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1804  excinuclease ABC subunit A  40.8 
 
 		 967 aa  681    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0848  excinuclease ABC subunit A  41.4 
 
 		 1003 aa  687    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.23949 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2229  excinuclease ABC, A subunit  40.18 
 
 		 944 aa  639    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.748559  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21961  excinuclease ABC subunit A  40.78 
 
 		 980 aa  688    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1752  excinuclease ABC subunit A  40.65 
 
 		 950 aa  640    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.72619  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0255  excinuclease ABC subunit A  42.79 
 
 		 971 aa  703    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0075  excinuclease ABC, subunit A, form 2  90.71 
 
 		 2021 aa  3548    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1127  excinuclease ABC subunit A  39.58 
 
 		 966 aa  660    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1631  excinuclease ABC subunit A  43.56 
 
 		 976 aa  680    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.978501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1192  excinuclease ABC subunit A  39.63 
 
 		 970 aa  640    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.548367  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1160  excinuclease ABC, A subunit  38.88 
 
 		 953 aa  658    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.216625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3814  excinuclease ABC, A subunit  64.88 
 
 		 2098 aa  2646    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4831  excinuclease ABC subunit A  40.51 
 
 		 978 aa  671    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4139  UvrA family protein  67.55 
 
 		 2024 aa  2727    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.79148 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3001  UvrA family protein  87.41 
 
 		 1971 aa  3409    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1158  excinuclease ABC subunit A  39.17 
 
 		 941 aa  670    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0448  excinuclease ABC subunit A  41.43 
 
 		 957 aa  674    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.775809  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0366  excinuclease ABC subunit A  37.76 
 
 		 941 aa  642    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1960  excinuclease ABC, A subunit  39.92 
 
 		 968 aa  668    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4549  excinuclease ABC subunit A  82 
 
 		 1959 aa  3227    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.179328 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0776  excinuclease ABC subunit A  41.1 
 
 		 981 aa  686    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.839433  normal  0.0723742 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2022  excinuclease ABC subunit A  43.22 
 
 		 973 aa  791    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0694  excinuclease ABC subunit A  40.35 
 
 		 1004 aa  649    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.641362 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5608  excinuclease ABC, A subunit  95.58 
 
 		 1964 aa  3724    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2988  excinuclease ABC subunit A  42.03 
 
 		 973 aa  655    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0285  excinuclease ABC, A subunit  40.36 
 
 		 1012 aa  642    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0146  excinuclease ABC, A subunit  40.76 
 
 		 942 aa  644    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0158  excinuclease ABC subunit A  39.13 
 
 		 947 aa  685    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.509879 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3698  excinuclease ABC subunit A  38.66 
 
 		 944 aa  648    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0337  excinuclease ABC subunit A  38.71 
 
 		 939 aa  691    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0329  excinuclease ABC subunit A  39.05 
 
 		 939 aa  693    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4529  excinuclease ABC subunit A  39.66 
 
 		 1004 aa  676    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.388668 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3421  excinuclease ABC subunit A  39.96 
 
 		 950 aa  665    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00603968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0531  excinuclease ABC subunit A  39.86 
 
 		 950 aa  662    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0391224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2185  excinuclease ABC, A subunit  55.16 
 
 		 2175 aa  818    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.124158 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3712  excinuclease ABC, A subunit  39.8 
 
 		 953 aa  637    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0944752  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0252  excinuclease ABC (subunit A)  39.5 
 
 		 942 aa  665    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00117135  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1885  excinuclease ABC subunit A  40.7 
 
 		 957 aa  639    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.414426  normal  0.621255 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6248  excinuclease ABC, A subunit  100 
 
 		 1996 aa  4051    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2009  excinuclease ABC subunit A  39.78 
 
 		 943 aa  662    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.407568  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0374  excinuclease ABC subunit A  39.64 
 
 		 952 aa  681    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1317  excinuclease ATPase subunit  40.46 
 
 		 953 aa  677    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.133455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0393  excinuclease ABC subunit A  42.23 
 
 		 952 aa  711    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1722  excinuclease ABC subunit A  40.04 
 
 		 941 aa  656    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2079  excinuclease ABC subunit A  40.22 
 
 		 975 aa  644    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.224045  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5972  excinuclease ABC, A subunit  95.58 
 
 		 1964 aa  3724    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0125228 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0731  excinuclease ABC, A subunit  44.95 
 
 		 1895 aa  1441    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3616  excinuclease ABC subunit A  40.93 
 
 		 950 aa  688    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0557208 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3592  excinuclease ABC subunit A  40.06 
 
 		 950 aa  668    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0287106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1109  excinuclease ABC subunit A  42.99 
 
 		 947 aa  702    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.57709  normal  0.229428 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3515  excinuclease ABC, A subunit  39.13 
 
 		 954 aa  655    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000620303  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30191  excinuclease ABC subunit A  40.52 
 
 		 991 aa  649    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.213667 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1939  excinuclease ABC subunit A  41.22 
 
 		 950 aa  697    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0317613  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2524  excinuclease ABC subunit A  41.25 
 
 		 1019 aa  683    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.247426  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3032  excinuclease ABC subunit A  42.03 
 
 		 973 aa  655    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.69865 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3339  excinuclease ABC subunit A  41.14 
 
 		 967 aa  644    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.818177 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0746  excinuclease ABC, A subunit  40.66 
 
 		 940 aa  640    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4341  excinuclease ABC, A subunit  71.31 
 
 		 1969 aa  2796    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.580395 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0488  excinuclease ABC, A subunit  69.63 
 
 		 1965 aa  2772    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>