More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4320 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4320  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  613  9.999999999999999e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3843  transcriptional regulator, LysR family  54.95 
 
 		 348 aa  320  3e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  51.86 
 
 		 301 aa  315  7e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5365  transcriptional regulator, LysR family  48.97 
 
 		 303 aa  285  5e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 295 aa  195  7e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.69 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 335 aa  187  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.25 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 307 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  38.44 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 313 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 307 aa  177  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 314 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 314 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  34.13 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  35.76 
 
 		 293 aa  176  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 314 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 299 aa  176  6e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0784  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 301 aa  175  8e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  35.4 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  36.54 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 297 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 302 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 302 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  172  5.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 294 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 299 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  34.36 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.89 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.31 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  34.39 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3583  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.23323  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 320 aa  169  4e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 314 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 335 aa  169  5e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 295 aa  169  7e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 322 aa  168  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 300 aa  168  9e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0269  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 337 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  31.33 
 
 		 303 aa  167  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 299 aa  167  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 299 aa  167  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.16 
 
 		 317 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  34.04 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  36.91 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 296 aa  166  4e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 303 aa  166  5e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  31.79 
 
 		 301 aa  166  5e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  33.11 
 
 		 289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 305 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 295 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 300 aa  165  8e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 313 aa  165  9e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>