220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2788 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2788  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 163 aa  326  1.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.286317  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2665  endoribonuclease L-PSP  60.56 
 
 		 158 aa  179  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0119908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0287  endoribonuclease L-PSP  54.25 
 
 		 162 aa  166  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5806  endoribonuclease L-PSP  53.33 
 
 		 156 aa  161  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.295199 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7448  endoribonuclease L-PSP  48.08 
 
 		 162 aa  144  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5670  endoribonuclease L-PSP  46.15 
 
 		 162 aa  136  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6034  endoribonuclease L-PSP  46.15 
 
 		 162 aa  136  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6524  endoribonuclease L-PSP  46.79 
 
 		 162 aa  135  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.372376 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4643  endoribonuclease L-PSP  44 
 
 		 163 aa  134  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183681  normal  0.137047 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5025  endoribonuclease L-PSP  40.67 
 
 		 177 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1801  hypothetical protein  44.87 
 
 		 168 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0113627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3343  Endoribonuclease L-PSP  48.41 
 
 		 152 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0721684  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8908  Endoribonuclease L-PSP  50.79 
 
 		 152 aa  113  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.974502 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1092  endoribonuclease L-PSP  40.43 
 
 		 151 aa  112  1.0000000000000001e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4704  hypothetical protein  45.59 
 
 		 144 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.723705  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0200  endoribonuclease L-PSP  44.29 
 
 		 153 aa  111  4.0000000000000004e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.151399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2027  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 154 aa  110  7.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0633724  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4853  Endoribonuclease L-PSP  42.36 
 
 		 154 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1645  Endoribonuclease L-PSP  40.16 
 
 		 156 aa  110  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.827325 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2030  Endoribonuclease L-PSP  41.96 
 
 		 156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00146961  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53740  hypothetical protein  45.19 
 
 		 144 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00018421  hitchhiker  0.00710422 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1554  Endoribonuclease L-PSP  36.77 
 
 		 168 aa  107  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.30004 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1470  endoribonuclease L-PSP  45.67 
 
 		 157 aa  107  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0581  endoribonuclease L-PSP  40.94 
 
 		 154 aa  106  1e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0481259  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2111  endoribonuclease L-PSP  43.94 
 
 		 141 aa  106  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.459106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2531  hypothetical protein  41.89 
 
 		 156 aa  105  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0814  hypothetical protein  40.65 
 
 		 170 aa  105  3e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.565462  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1944  Endoribonuclease L-PSP  42.74 
 
 		 153 aa  105  3e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3793  endoribonuclease L-PSP  38.73 
 
 		 154 aa  104  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.756407 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0114  hypothetical protein  44.78 
 
 		 155 aa  104  6e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3105  endoribonuclease L-PSP  42.07 
 
 		 155 aa  103  8e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.473778  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1122  hypothetical protein  38 
 
 		 154 aa  103  8e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.457332  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1165  hypothetical protein  38 
 
 		 154 aa  103  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6055  Endoribonuclease L-PSP  38.85 
 
 		 162 aa  101  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.316335  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1577  Endoribonuclease L-PSP  38.51 
 
 		 156 aa  101  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.401191  normal  0.481334 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5312  Endoribonuclease L-PSP  46.58 
 
 		 153 aa  101  5e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.688432 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1774  Endoribonuclease L-PSP  39.19 
 
 		 156 aa  100  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.98491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0168  endoribonuclease L-PSP  41.6 
 
 		 153 aa  100  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0332  endoribonuclease L-PSP  42.14 
 
 		 163 aa  99  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0921694 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3735  endoribonuclease L-PSP  38.17 
 
 		 170 aa  99.4  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0323381  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0434  Endoribonuclease L-PSP  40.94 
 
 		 155 aa  99  3e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.51654 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0336  endoribonuclease L-PSP  43.7 
 
 		 154 aa  98.2  5e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1123  endoribonuclease L-PSP  40.29 
 
 		 155 aa  98.2  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.321047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1530  endoribonuclease L-PSP  36.81 
 
 		 160 aa  97.4  8e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1252  endoribonuclease L-PSP  41.73 
 
 		 156 aa  96.7  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.476616  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2784  endoribonuclease L-PSP  41.67 
 
 		 155 aa  96.3  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2706  Endoribonuclease L-PSP  39.39 
 
 		 153 aa  96.7  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.253512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0121  peptidase C26  38.26 
 
 		 407 aa  96.3  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.808568 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0713  Endoribonuclease L-PSP  39.44 
 
 		 152 aa  96.3  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3039  Endoribonuclease L-PSP  39.47 
 
 		 157 aa  95.9  2e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2908  Endoribonuclease L-PSP  40.13 
 
 		 164 aa  96.3  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4789  endoribonuclease L-PSP  41.79 
 
 		 153 aa  96.3  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0118265 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3546  Endoribonuclease L-PSP  41.6 
 
 		 155 aa  95.5  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1285  Endoribonuclease L-PSP  41.04 
 
 		 156 aa  95.1  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1498  Endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 160 aa  94.7  5e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4348  endoribonuclease L-PSP  40.3 
 
 		 153 aa  94.7  5e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.917733 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3580  endoribonuclease L-PSP  37.59 
 
 		 153 aa  94.4  6e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.45612  normal  0.209775 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0465  hypothetical protein  44.29 
 
 		 152 aa  94.4  7e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.346493 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25430  putative translation initiation inhibitor, yjgF family  44.78 
 
 		 157 aa  93.6  1e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18300  putative translation initiation inhibitor, yjgF family  43.75 
 
 		 166 aa  93.6  1e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.614303  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3178  Endoribonuclease L-PSP  36.91 
 
 		 177 aa  92.8  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.738101 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0960  hypothetical protein  40 
 
 		 162 aa  92.4  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.304597  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2153  endoribonuclease L-PSP, putative  33.11 
 
 		 152 aa  92.4  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0499  Endoribonuclease L-PSP  43.84 
 
 		 162 aa  92  3e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.389355  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0515  Endoribonuclease L-PSP  45.45 
 
 		 157 aa  92  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13709  hypothetical protein  41.27 
 
 		 151 aa  92  3e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0525391 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3144  endoribonuclease L-PSP  37.8 
 
 		 152 aa  92  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.147772 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_47655  predicted protein  34.64 
 
 		 185 aa  91.3  5e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00618585  n/a   
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_37922  predicted protein  34.64 
 
 		 185 aa  91.3  5e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00476754  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4820  endoribonuclease L-PSP  41.53 
 
 		 162 aa  90.9  7e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4751  putative endoribonuclease L-PSP (protein synthesis inhibitor)  38.1 
 
 		 155 aa  90.9  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.708532  normal  0.751414 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0241  Endoribonuclease L-PSP  42.98 
 
 		 152 aa  90.9  7e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.206377  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4906  endoribonuclease L-PSP  41.53 
 
 		 162 aa  90.9  7e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.374579 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5207  endoribonuclease L-PSP  41.53 
 
 		 162 aa  90.9  7e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000695376 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3006  endoribonuclease L-PSP  43.55 
 
 		 154 aa  90.9  8e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.236246 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5091  hypothetical protein  34.69 
 
 		 163 aa  90.9  8e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4282  endoribonuclease L-PSP  42.28 
 
 		 154 aa  89.7  1e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.667627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2518  Endoribonuclease L-PSP  46.09 
 
 		 151 aa  90.1  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0151498  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2988  endoribonuclease L-PSP  32.7 
 
 		 164 aa  89.7  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1427  endoribonuclease L-PSP  38.58 
 
 		 155 aa  89.4  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.426351 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2408  endoribonuclease L-PSP  38.4 
 
 		 155 aa  89.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.628638  normal  0.167618 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1232  Endoribonuclease L-PSP  37.3 
 
 		 158 aa  89  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1999  endoribonuclease L-PSP  43.03 
 
 		 161 aa  89.4  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1062  Endoribonuclease L-PSP  39.19 
 
 		 151 aa  89.7  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1113  Endoribonuclease L-PSP  37.9 
 
 		 155 aa  88.6  4e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.85817  normal  0.626067 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3043  endoribonuclease L-PSP  37.6 
 
 		 155 aa  88.2  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.574471 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1379  endoribonuclease L-PSP  32.19 
 
 		 158 aa  88.2  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1705  Endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 156 aa  87.8  5e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.182301  hitchhiker  0.0000000000000067862 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0841  endoribonuclease L-PSP  34.53 
 
 		 164 aa  87  9e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2457  endoribonuclease L-PSP  39.2 
 
 		 153 aa  87  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1504  endoribonuclease L-PSP  37.33 
 
 		 155 aa  86.7  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.910903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26250  putative translation initiation inhibitor, yjgF family  39.5 
 
 		 167 aa  86.7  1e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.738846  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2477  endoribonuclease L-PSP  37.6 
 
 		 153 aa  86.3  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.738257  normal  0.0496442 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1369  endoribonuclease L-PSP  42.86 
 
 		 153 aa  87  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.324136 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3934  Endoribonuclease L-PSP  37.75 
 
 		 156 aa  87  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0435  endoribonuclease L-PSP  34.53 
 
 		 155 aa  86.3  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6842  Endoribonuclease L-PSP  36.51 
 
 		 168 aa  85.9  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.173433 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3313  endoribonuclease L-PSP  37.8 
 
 		 155 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.129795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1180  Endoribonuclease L-PSP  39.52 
 
 		 153 aa  86.3  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0228  Endoribonuclease L-PSP  42.03 
 
 		 152 aa  85.9  2e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>