More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0935 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0935  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 285 aa  560  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.867637  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0841  shikimate 5-dehydrogenase  66.43 
 
 		 281 aa  314  8e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203837 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3413  shikimate 5-dehydrogenase  65.48 
 
 		 278 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1482  shikimate 5-dehydrogenase  67.14 
 
 		 285 aa  312  4.999999999999999e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00492116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3656  shikimate 5-dehydrogenase  64.31 
 
 		 282 aa  308  5.9999999999999995e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2966  shikimate 5-dehydrogenase  64.31 
 
 		 282 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2197  shikimate 5-dehydrogenase  64.26 
 
 		 288 aa  307  1.0000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.280342 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3201  shikimate 5-dehydrogenase  63.67 
 
 		 294 aa  298  7e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0217038 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3407  shikimate 5-dehydrogenase  63.64 
 
 		 286 aa  296  3e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.21779 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1087  shikimate 5-dehydrogenase  59.65 
 
 		 286 aa  292  4e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.608629  normal  0.718876 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2414  shikimate 5-dehydrogenase  56.18 
 
 		 277 aa  273  2.0000000000000002e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.128526 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2777  shikimate 5-dehydrogenase  51.24 
 
 		 306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.371956 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3021  shikimate 5-dehydrogenase  49.29 
 
 		 305 aa  242  6e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  53.24 
 
 		 265 aa  241  9e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2772  shikimate 5-dehydrogenase  52.38 
 
 		 288 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2611  shikimate 5-dehydrogenase  48.94 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2622  shikimate 5-dehydrogenase  50.88 
 
 		 290 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0023  shikimate 5-dehydrogenase  48.94 
 
 		 273 aa  238  9e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0804894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0538  shikimate 5-dehydrogenase  52.38 
 
 		 288 aa  237  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.617722 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  46.98 
 
 		 275 aa  237  2e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0514  shikimate 5-dehydrogenase  51.82 
 
 		 288 aa  236  3e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  50.53 
 
 		 270 aa  236  4e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0581  shikimate 5-dehydrogenase  52.38 
 
 		 288 aa  235  7e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113233 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  48.24 
 
 		 274 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3695  shikimate 5-dehydrogenase  52.01 
 
 		 288 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0130  shikimate 5-dehydrogenase  52.38 
 
 		 288 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.676056  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0613  shikimate 5-dehydrogenase  52.38 
 
 		 288 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0169  shikimate 5-dehydrogenase  48.95 
 
 		 274 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00290  shikimate 5-dehydrogenase  48.77 
 
 		 274 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3419  shikimate 5-dehydrogenase  50.53 
 
 		 287 aa  230  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108659 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0025  shikimate 5-dehydrogenase  48.95 
 
 		 274 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00382  shikimate 5-dehydrogenase  45.04 
 
 		 277 aa  230  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002067  shikimate 5-dehydrogenase I alpha  44.33 
 
 		 277 aa  229  5e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00115853  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0539  shikimate 5-dehydrogenase  50.35 
 
 		 287 aa  229  6e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1171  shikimate 5-dehydrogenase  51.11 
 
 		 290 aa  227  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2464  shikimate 5-dehydrogenase  46.81 
 
 		 278 aa  226  3e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000013894  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0061  shikimate 5-dehydrogenase  48.59 
 
 		 273 aa  226  4e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  49.65 
 
 		 277 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0026  shikimate 5-dehydrogenase  49.3 
 
 		 274 aa  225  6e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0538  shikimate 5-dehydrogenase  48.76 
 
 		 277 aa  225  6e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1274  shikimate 5-dehydrogenase  49.25 
 
 		 292 aa  225  8e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2494  shikimate 5-dehydrogenase  49.25 
 
 		 292 aa  225  8e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.454315  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0414  shikimate 5-dehydrogenase  49.25 
 
 		 292 aa  225  8e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3493  shikimate 5-dehydrogenase  49.25 
 
 		 292 aa  225  8e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00230  shikimate 5-dehydrogenase  48.76 
 
 		 270 aa  225  8e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677963  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3496  shikimate 5-dehydrogenase  49.25 
 
 		 292 aa  225  8e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3291  shikimate 5-dehydrogenase  49.25 
 
 		 292 aa  225  8e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3458  shikimate 5-dehydrogenase  49.25 
 
 		 292 aa  224  9e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2575  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  42.35 
 
 		 282 aa  224  2e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.303834  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0071  shikimate 5-dehydrogenase  44.37 
 
 		 272 aa  223  2e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.507292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0032  shikimate 5-dehydrogenase  44.76 
 
 		 282 aa  223  3e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00424938  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  48.56 
 
 		 270 aa  223  4e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  46.02 
 
 		 274 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0083  shikimate 5-dehydrogenase  44.33 
 
 		 273 aa  221  9.999999999999999e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.59928  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0043  shikimate 5-dehydrogenase  44.52 
 
 		 292 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000585691  hitchhiker  0.0000012855 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  47.06 
 
 		 274 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  46.71 
 
 		 274 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  45.2 
 
 		 275 aa  221  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  46.71 
 
 		 274 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0037  shikimate 5-dehydrogenase  43.86 
 
 		 292 aa  220  3e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0035  shikimate 5-dehydrogenase  43.16 
 
 		 292 aa  218  1e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  45.52 
 
 		 271 aa  218  1e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  43.36 
 
 		 282 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  48.57 
 
 		 282 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0040  shikimate 5-dehydrogenase  42.66 
 
 		 282 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0916944  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3054  shikimate 5-dehydrogenase  49.31 
 
 		 302 aa  215  5.9999999999999996e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0039  shikimate 5-dehydrogenase  42.96 
 
 		 282 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  unclonable  0.000011065 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  43.42 
 
 		 271 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0039  shikimate 5-dehydrogenase  42.61 
 
 		 282 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0451521  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0153  shikimate 5-dehydrogenase  43.31 
 
 		 277 aa  212  7e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0128088  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  44.86 
 
 		 301 aa  211  9e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2794  shikimate 5-dehydrogenase  45.71 
 
 		 279 aa  209  3e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  42.4 
 
 		 287 aa  209  4e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2855  shikimate 5-dehydrogenase  49.83 
 
 		 294 aa  209  5e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.39713  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0026  shikimate dehydrogenase  44.88 
 
 		 278 aa  208  8e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0062  shikimate 5-dehydrogenase  40.57 
 
 		 266 aa  207  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.950078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2862  shikimate dehydrogenase  46.81 
 
 		 271 aa  207  1e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  41.75 
 
 		 272 aa  206  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  42.11 
 
 		 272 aa  205  6e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3002  shikimate 5-dehydrogenase  44.52 
 
 		 272 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.526798  normal  0.0484515 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  41.4 
 
 		 272 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  41.4 
 
 		 272 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  41.4 
 
 		 272 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  41.4 
 
 		 272 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  41.4 
 
 		 272 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  41.4 
 
 		 272 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  41.75 
 
 		 272 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2691  shikimate 5-dehydrogenase  44.52 
 
 		 272 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  42.05 
 
 		 273 aa  199  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0034  shikimate 5-dehydrogenase  41.64 
 
 		 273 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000384966  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0694  shikimate 5-dehydrogenase  43.62 
 
 		 282 aa  199  6e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0119  shikimate 5-dehydrogenase  44.44 
 
 		 273 aa  198  7e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6127  shikimate 5-dehydrogenase  44.95 
 
 		 286 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0031  shikimate 5-dehydrogenase  42.76 
 
 		 272 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00161886  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3727  shikimate 5-dehydrogenase  44.52 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.114545  hitchhiker  0.00916884 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  42.46 
 
 		 272 aa  196  5.000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0052  shikimate dehydrogenase  44.76 
 
 		 278 aa  194  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0642399  normal  0.0742475 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0238  shikimate 5-dehydrogenase  41.98 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2191  shikimate 5-dehydrogenase  39.58 
 
 		 272 aa  192  4e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0135  shikimate 5-dehydrogenase  39.58 
 
 		 272 aa  192  5e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>