More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A3201 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3201  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
294 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0217038 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2414  shikimate 5-dehydrogenase  62.06 
 
 
277 aa  329  4e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.128526 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0935  shikimate 5-dehydrogenase  63.57 
 
 
285 aa  300  2e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.867637  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3656  shikimate 5-dehydrogenase  60.99 
 
 
282 aa  287  2e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2966  shikimate 5-dehydrogenase  60.99 
 
 
282 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1482  shikimate 5-dehydrogenase  61.13 
 
 
285 aa  285  5e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00492116  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1087  shikimate 5-dehydrogenase  56.94 
 
 
286 aa  280  2e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.608629  normal  0.718876 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3413  shikimate 5-dehydrogenase  60 
 
 
278 aa  278  1e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2197  shikimate 5-dehydrogenase  60.65 
 
 
288 aa  275  7e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.280342 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0841  shikimate 5-dehydrogenase  61.92 
 
 
281 aa  269  4e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.203837 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3407  shikimate 5-dehydrogenase  57.79 
 
 
286 aa  267  1e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21779 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3458  shikimate 5-dehydrogenase  56.04 
 
 
292 aa  267  2e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2494  shikimate 5-dehydrogenase  56.04 
 
 
292 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.454315  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3493  shikimate 5-dehydrogenase  56.04 
 
 
292 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0414  shikimate 5-dehydrogenase  56.04 
 
 
292 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3496  shikimate 5-dehydrogenase  56.04 
 
 
292 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3291  shikimate 5-dehydrogenase  56.04 
 
 
292 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1274  shikimate 5-dehydrogenase  56.04 
 
 
292 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1171  shikimate 5-dehydrogenase  56.34 
 
 
290 aa  263  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3021  shikimate 5-dehydrogenase  51.21 
 
 
305 aa  263  3e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332302  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2611  shikimate 5-dehydrogenase  50.87 
 
 
305 aa  262  4e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0539  shikimate 5-dehydrogenase  53.93 
 
 
287 aa  262  6e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3419  shikimate 5-dehydrogenase  53.19 
 
 
287 aa  261  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.108659 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2777  shikimate 5-dehydrogenase  50.88 
 
 
306 aa  256  3e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.371956 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  53.79 
 
 
265 aa  246  3e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3695  shikimate 5-dehydrogenase  52.52 
 
 
288 aa  246  4e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0514  shikimate 5-dehydrogenase  54.1 
 
 
288 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0538  shikimate 5-dehydrogenase  54.1 
 
 
288 aa  245  6e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.617722 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2622  shikimate 5-dehydrogenase  50.71 
 
 
290 aa  245  6e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0130  shikimate 5-dehydrogenase  52.52 
 
 
288 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.676056  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0613  shikimate 5-dehydrogenase  52.52 
 
 
288 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2772  shikimate 5-dehydrogenase  53.36 
 
 
288 aa  243  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0581  shikimate 5-dehydrogenase  52.16 
 
 
288 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113233 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  53.19 
 
 
277 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  50 
 
 
274 aa  239  4e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  50.54 
 
 
270 aa  239  4e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0538  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 
277 aa  237  1e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0083  shikimate 5-dehydrogenase  44.17 
 
 
273 aa  235  6e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.59928  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  51.62 
 
 
270 aa  235  8e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0023  shikimate 5-dehydrogenase  48.75 
 
 
273 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0804894  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00382  shikimate 5-dehydrogenase  45.45 
 
 
277 aa  233  3e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00230  shikimate 5-dehydrogenase  52.69 
 
 
270 aa  232  7.000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677963  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2855  shikimate 5-dehydrogenase  51.23 
 
 
294 aa  231  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.39713  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3054  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 
302 aa  231  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  48.39 
 
 
275 aa  229  4e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002067  shikimate 5-dehydrogenase I alpha  44.88 
 
 
277 aa  229  5e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00115853  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0025  shikimate 5-dehydrogenase  47.87 
 
 
274 aa  229  5e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2464  shikimate 5-dehydrogenase  46.18 
 
 
278 aa  228  1e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000013894  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0169  shikimate 5-dehydrogenase  47.16 
 
 
274 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  45.58 
 
 
287 aa  224  2e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0032  shikimate 5-dehydrogenase  46.26 
 
 
282 aa  223  3e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00424938  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  46.59 
 
 
274 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  47.67 
 
 
274 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  45.86 
 
 
301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  44.84 
 
 
282 aa  219  6e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  47.31 
 
 
274 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  47.31 
 
 
274 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0040  shikimate 5-dehydrogenase  44.13 
 
 
282 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0916944  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0039  shikimate 5-dehydrogenase  44.09 
 
 
282 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  unclonable  0.000011065 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0238  shikimate 5-dehydrogenase  45.7 
 
 
301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00290  shikimate 5-dehydrogenase  47.67 
 
 
274 aa  216  4e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0039  shikimate 5-dehydrogenase  43.73 
 
 
282 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0451521  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0071  shikimate 5-dehydrogenase  43.88 
 
 
272 aa  216  5e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.507292  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0043  shikimate 5-dehydrogenase  44.21 
 
 
292 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000585691  hitchhiker  0.0000012855 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0037  shikimate 5-dehydrogenase  44.56 
 
 
292 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0026  shikimate 5-dehydrogenase  46.95 
 
 
274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0035  shikimate 5-dehydrogenase  43.86 
 
 
292 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0061  shikimate 5-dehydrogenase  48.77 
 
 
273 aa  212  7e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0153  shikimate 5-dehydrogenase  42.55 
 
 
277 aa  211  1e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0128088  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2575  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  42.45 
 
 
282 aa  209  3e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.303834  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  41.64 
 
 
271 aa  207  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6127  shikimate 5-dehydrogenase  45.52 
 
 
286 aa  206  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2862  shikimate dehydrogenase  46.57 
 
 
271 aa  206  4e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  43.01 
 
 
271 aa  204  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3002  shikimate 5-dehydrogenase  44.56 
 
 
272 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.526798  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2794  shikimate 5-dehydrogenase  45.52 
 
 
279 aa  203  3e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2691  shikimate 5-dehydrogenase  44.56 
 
 
272 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  42.2 
 
 
275 aa  201  8e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0119  shikimate 5-dehydrogenase  47.5 
 
 
273 aa  201  8e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0694  shikimate 5-dehydrogenase  44.06 
 
 
282 aa  202  8e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1555  shikimate 5-dehydrogenase  48.19 
 
 
275 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.297158  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0062  shikimate 5-dehydrogenase  41.73 
 
 
266 aa  198  7.999999999999999e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.950078  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0034  shikimate 5-dehydrogenase  41.37 
 
 
273 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000384966  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  48.03 
 
 
282 aa  197  3e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3727  shikimate 5-dehydrogenase  45 
 
 
304 aa  194  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.114545  hitchhiker  0.00916884 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4503  shikimate dehydrogenase  47.45 
 
 
275 aa  193  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0031  shikimate 5-dehydrogenase  41.7 
 
 
272 aa  192  5e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00161886  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5512  shikimate 5-dehydrogenase  43.73 
 
 
277 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.612524  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0135  shikimate 5-dehydrogenase  38.93 
 
 
272 aa  187  2e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2191  shikimate 5-dehydrogenase  38.57 
 
 
272 aa  186  4e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6532  shikimate 5-dehydrogenase  44.64 
 
 
277 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  42.71 
 
 
281 aa  182  4.0000000000000006e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2723  shikimate 5-dehydrogenase  36.46 
 
 
265 aa  182  6e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  39.36 
 
 
273 aa  182  6e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2854  shikimate 5-dehydrogenase  36.82 
 
 
265 aa  180  2e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  40.5 
 
 
272 aa  179  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5532  shikimate 5-dehydrogenase  46.59 
 
 
278 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5896  shikimate 5-dehydrogenase  46.59 
 
 
278 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684807  normal  0.6752 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0034  shikimate 5-dehydrogenase  37.99 
 
 
277 aa  178  8e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0039291  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0026  shikimate dehydrogenase  40.57 
 
 
278 aa  178  9e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>