83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0714 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0714  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  100 
 
 		 362 aa  746    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.774309  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1428  putative transport protein  61.63 
 
 		 339 aa  435  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3408  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  56.88 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2743  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  56.62 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3488  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  54.86 
 
 		 352 aa  355  5e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal  0.490615 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1994  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.48 
 
 		 360 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.316858  normal  0.644393 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1732  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.43 
 
 		 359 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.21925 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0607  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.63 
 
 		 360 aa  186  8e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.866976 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2569  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.53 
 
 		 341 aa  159  5e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.504865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3153  TRAP transporter - DctP subunit  30.12 
 
 		 344 aa  159  9e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.97 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.491509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0556  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.57 
 
 		 351 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0114  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.96 
 
 		 360 aa  144  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290706  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2044  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.43 
 
 		 327 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.289699 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3427  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25 
 
 		 328 aa  89  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3098  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.82 
 
 		 327 aa  82  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.528068 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3453  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  25.82 
 
 		 327 aa  82  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.645275  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2337  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.09 
 
 		 324 aa  68.9  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.981861 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0034  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.57 
 
 		 341 aa  67.8  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4928  hypothetical protein  20.47 
 
 		 333 aa  67.4  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.242757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1480  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.08 
 
 		 347 aa  63.5  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0992802  normal  0.257408 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0609  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.68 
 
 		 341 aa  63.2  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.691763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0557  Extracellular solute-binding protein  20.68 
 
 		 324 aa  61.2  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0570  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25 
 
 		 338 aa  60.8  0.00000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5333  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.14 
 
 		 332 aa  58.2  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3979  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.5 
 
 		 331 aa  58.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.850958  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4122  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.59 
 
 		 332 aa  57.8  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.490315  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4090  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.17 
 
 		 331 aa  57.4  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.554388  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2483  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  21.86 
 
 		 325 aa  57.4  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0131179 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1377  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  21.86 
 
 		 325 aa  57.4  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3297  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.53 
 
 		 333 aa  57  0.0000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.752092 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1609  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.47 
 
 		 322 aa  54.7  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1026  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.74 
 
 		 329 aa  54.3  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.608774  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1777  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.66 
 
 		 321 aa  54.3  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0643258 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5036  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.21 
 
 		 341 aa  53.9  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2829  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.18 
 
 		 353 aa  53.5  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.682382  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3540  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28 
 
 		 372 aa  52.8  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.151055  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1774  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.95 
 
 		 317 aa  52.4  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1035  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.53 
 
 		 324 aa  52.4  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.53351  normal  0.497545 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2184  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.57 
 
 		 385 aa  52  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2077  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  22.88 
 
 		 322 aa  50.8  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.18454 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6123  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  26.67 
 
 		 328 aa  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.72683  normal  0.0275996 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5883  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  26.67 
 
 		 328 aa  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.43701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0512  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.59 
 
 		 326 aa  48.9  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3209  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.67 
 
 		 337 aa  49.3  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.586905  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2055  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 		 344 aa  48.9  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.923985  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0466  periplasmic C4-dicarboxylate binding protein DctP  25.89 
 
 		 335 aa  48.1  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.264672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3772  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.19 
 
 		 341 aa  48.5  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3024  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  21.72 
 
 		 345 aa  48.5  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0399709 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0356  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  20.8 
 
 		 325 aa  48.1  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.547222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0116  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.36 
 
 		 350 aa  48.5  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2784  twin-arginine translocation pathway signal  32.71 
 
 		 344 aa  47.8  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.968242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1874  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  23.49 
 
 		 327 aa  47.8  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0186045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1798  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  24.53 
 
 		 330 aa  47.4  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135903  hitchhiker  0.000287044 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2121  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  19.93 
 
 		 350 aa  47  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal  0.433175 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3087  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.22 
 
 		 342 aa  47  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0160898 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0611  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  21.79 
 
 		 336 aa  46.6  0.0007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000692559  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0332  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.44 
 
 		 331 aa  46.6  0.0007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0597  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  21.79 
 
 		 336 aa  46.6  0.0007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000135069  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0636  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  22.14 
 
 		 374 aa  46.6  0.0007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0391566  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6028  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  26.06 
 
 		 328 aa  46.2  0.0008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0648225  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5663  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  26.06 
 
 		 328 aa  46.2  0.0008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62883  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4868  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  24.53 
 
 		 330 aa  46.2  0.0009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13349  normal  0.332179 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1409  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.05 
 
 		 350 aa  45.8  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.494264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2289  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  21.37 
 
 		 374 aa  45.8  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.733345  normal  0.280505 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7098  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  21.95 
 
 		 338 aa  45.8  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2003  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  20.99 
 
 		 356 aa  45.4  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00153551  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6518  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  26.06 
 
 		 328 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.431737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3497  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.13 
 
 		 341 aa  45.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0438389  normal  0.217565 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3023  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  18.14 
 
 		 344 aa  45.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.104352 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3368  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  25.15 
 
 		 324 aa  44.7  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5944  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  24.09 
 
 		 340 aa  43.5  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0162589  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4546  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.28 
 
 		 346 aa  43.1  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2755  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.41 
 
 		 373 aa  43.1  0.008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.759944  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0329  C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein  22.31 
 
 		 330 aa  43.1  0.008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1883  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  24.73 
 
 		 315 aa  43.1  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3157  TRAP transporter - DctP subunit  27.27 
 
 		 336 aa  43.1  0.008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1471  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.59 
 
 		 329 aa  42.7  0.009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.662537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3258  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  21.56 
 
 		 333 aa  42.7  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.272533  normal  0.0638334 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2166  putative signal peptide protein  22.64 
 
 		 339 aa  42.7  0.009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.362822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2532  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.41 
 
 		 369 aa  42.7  0.01  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.403327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3546  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  20.71 
 
 		 323 aa  42.7  0.01  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2931  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.25 
 
 		 351 aa  42.7  0.01  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>