69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Aave_3488 on replicon NC_008752
Organism: Acidovorax citrulli AAC00-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008752  Aave_3488  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  100 
 
 		 352 aa  709    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal  0.490615 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1428  putative transport protein  57.76 
 
 		 339 aa  412  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2743  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  57.99 
 
 		 360 aa  412  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3408  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  59.13 
 
 		 360 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0714  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  53.12 
 
 		 362 aa  380  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.774309  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1994  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.37 
 
 		 360 aa  291  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.316858  normal  0.644393 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1732  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.39 
 
 		 359 aa  247  2e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.21925 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0607  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.15 
 
 		 360 aa  194  2e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.866976 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2569  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.63 
 
 		 341 aa  160  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.504865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3153  TRAP transporter - DctP subunit  29.91 
 
 		 344 aa  159  6e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0114  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.78 
 
 		 360 aa  143  6e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290706  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0556  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.78 
 
 		 351 aa  142  7e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.11 
 
 		 347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.491509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3427  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.86 
 
 		 328 aa  104  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3453  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  29.08 
 
 		 327 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.645275  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3098  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.08 
 
 		 327 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.528068 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2044  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.49 
 
 		 327 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.289699 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4928  hypothetical protein  21.59 
 
 		 333 aa  83.2  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.242757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2337  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.13 
 
 		 324 aa  62.4  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.981861 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3715  twin-arginine translocation pathway signal  22.34 
 
 		 337 aa  61.6  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000597887  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0609  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.07 
 
 		 341 aa  61.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.691763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1026  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.89 
 
 		 329 aa  59.3  0.00000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.608774  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0557  Extracellular solute-binding protein  18.6 
 
 		 324 aa  59.3  0.00000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1035  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.81 
 
 		 324 aa  58.2  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.53351  normal  0.497545 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1874  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  20.14 
 
 		 327 aa  57.8  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0186045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0645  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.19 
 
 		 341 aa  57.4  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.183136 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2077  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  22.01 
 
 		 322 aa  56.6  0.0000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.18454 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1777  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  20.93 
 
 		 321 aa  56.2  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0643258 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3540  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.05 
 
 		 372 aa  55.8  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.151055  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3157  TRAP transporter - DctP subunit  24.42 
 
 		 336 aa  55.5  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5333  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.46 
 
 		 332 aa  55.1  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5036  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.82 
 
 		 341 aa  54.3  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4505  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.26 
 
 		 338 aa  54.3  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1969  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.79 
 
 		 331 aa  53.9  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.979448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3297  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  21.76 
 
 		 333 aa  52.4  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.752092 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3913  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  20.82 
 
 		 351 aa  52  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.79 
 
 		 331 aa  52.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.019871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2121  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  20.37 
 
 		 350 aa  52  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal  0.433175 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3024  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  21.2 
 
 		 345 aa  51.2  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0399709 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2483  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.34 
 
 		 325 aa  51.2  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0131179 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1377  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.34 
 
 		 325 aa  51.2  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3023  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  21.2 
 
 		 344 aa  50.4  0.00005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.104352 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2055  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 344 aa  48.9  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.923985  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0570  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  21 
 
 		 338 aa  48.1  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3497  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.29 
 
 		 341 aa  47.4  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0438389  normal  0.217565 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1780  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  19.43 
 
 		 325 aa  46.6  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.258886  normal  0.0122239 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2784  twin-arginine translocation pathway signal  31.13 
 
 		 344 aa  46.6  0.0007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.968242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4122  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.62 
 
 		 332 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.490315  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1774  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  20.67 
 
 		 317 aa  45.4  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2003  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.24 
 
 		 356 aa  45.1  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00153551  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2931  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.13 
 
 		 351 aa  44.7  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1593  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  20 
 
 		 323 aa  45.1  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0636  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  24.18 
 
 		 374 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0391566  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0262  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  26.59 
 
 		 338 aa  45.1  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2289  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.63 
 
 		 374 aa  44.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.733345  normal  0.280505 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1609  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  19.01 
 
 		 322 aa  44.3  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0356  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  18.42 
 
 		 325 aa  44.3  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.547222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2829  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.1 
 
 		 353 aa  44.7  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.682382  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0854  TRAP family periplasmic substrate binding subunit  20.09 
 
 		 350 aa  44.3  0.003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.347802 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4090  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  21.9 
 
 		 331 aa  43.9  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.554388  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2570  twin-arginine translocation pathway signal  22.43 
 
 		 363 aa  43.9  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16901  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3979  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.97 
 
 		 331 aa  43.9  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.850958  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0194  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  20.96 
 
 		 349 aa  43.9  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.292841  normal  0.145448 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0050  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  20.45 
 
 		 333 aa  43.5  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199103  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0911  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  20.09 
 
 		 350 aa  43.9  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2904  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.75 
 
 		 362 aa  43.1  0.008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.963259  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1333  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.17 
 
 		 343 aa  42.7  0.009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1340  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.53 
 
 		 341 aa  42.7  0.01  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.106965 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7098  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  19.51 
 
 		 338 aa  42.7  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>