More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06558 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06558  muconate cycloisomerase I  100 
 
 
328 aa  673    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000679  muconate cycloisomerase  76.52 
 
 
330 aa  526  1e-148  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2615  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50.61 
 
 
326 aa  318  9e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.408637  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2387  mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  51.36 
 
 
324 aa  314  9.999999999999999e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.991592  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1904  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  51.06 
 
 
324 aa  313  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1796  mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  51.06 
 
 
324 aa  313  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2150  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.81 
 
 
321 aa  313  2.9999999999999996e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1537  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  53.63 
 
 
321 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2300  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.31 
 
 
321 aa  311  7.999999999999999e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.467318  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1559  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  53.31 
 
 
321 aa  311  7.999999999999999e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01302  L-Ala-D/L-Glu epimerase  53.31 
 
 
321 aa  310  2e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0419339  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.31 
 
 
321 aa  310  2e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.131103  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1440  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  53.31 
 
 
321 aa  310  2e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01313  hypothetical protein  53.31 
 
 
321 aa  310  2e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0357546  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1971  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  52.66 
 
 
321 aa  309  5e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.402393 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1796  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  51.88 
 
 
321 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.671548  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1651  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N- domain-containing protein  50.75 
 
 
321 aa  293  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0400124  hitchhiker  0.00630441 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1469  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N- domain protein  50.75 
 
 
321 aa  293  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.79096  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1805  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N- domain protein  50.75 
 
 
321 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000648623 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1867  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N- domain-containing protein  50.45 
 
 
321 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.17899 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1806  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N- domain protein  50.45 
 
 
321 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.384509  normal  0.463318 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0148  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.73 
 
 
321 aa  287  2e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1177  L-alanine-DL-glutamate epimerase/enolase superfamily-like protein  49.84 
 
 
450 aa  277  2e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0928743  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1207  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50 
 
 
327 aa  276  3e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.256273  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2799  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.56 
 
 
326 aa  276  3e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1539  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  44.48 
 
 
327 aa  273  3e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3969  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.34 
 
 
321 aa  272  5.000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4396  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.57 
 
 
322 aa  271  9e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0100887  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4658  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.33 
 
 
327 aa  270  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1018  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  46.45 
 
 
326 aa  268  1e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2483  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.24 
 
 
320 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0985  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  46.13 
 
 
326 aa  265  1e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4107  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.51 
 
 
322 aa  262  6.999999999999999e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.130678  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1769  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.24 
 
 
320 aa  261  1e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0415  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.24 
 
 
320 aa  261  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1555  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.65 
 
 
327 aa  260  3e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0801635 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1406  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.28 
 
 
326 aa  259  4e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.756048  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2790  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  46.13 
 
 
341 aa  258  1e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2106  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.87 
 
 
326 aa  257  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.51 
 
 
336 aa  256  3e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2509  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.92 
 
 
341 aa  256  5e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0306929 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2867  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.11 
 
 
326 aa  253  3e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1985  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.38 
 
 
327 aa  252  7e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.503253  normal  0.82137 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1219  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.28 
 
 
338 aa  251  2e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3258  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.16 
 
 
355 aa  249  6e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.915646  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2196  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.22 
 
 
327 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.965659  normal  0.067704 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3167  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  44.55 
 
 
321 aa  246  3e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1314  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  44.23 
 
 
336 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1041  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  43.38 
 
 
329 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00062524  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3415  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.14 
 
 
326 aa  241  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.562408  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4475  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.12 
 
 
326 aa  238  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2904  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.08 
 
 
326 aa  236  3e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.099364 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4541  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.17 
 
 
326 aa  236  3e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.222249  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2677  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.78 
 
 
326 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.594823 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5558  mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  44.13 
 
 
331 aa  231  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2968  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  43.13 
 
 
326 aa  230  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.708756  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2808  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.18 
 
 
334 aa  229  4e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4112  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.65 
 
 
328 aa  228  1e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715946  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1085  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  44.05 
 
 
333 aa  227  2e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.11488  normal  0.296845 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4486  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.59 
 
 
331 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0365  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  42.21 
 
 
317 aa  225  7e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.957431  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1626  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.6 
 
 
331 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.87577  normal  0.584228 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2556  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.69 
 
 
333 aa  219  6e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1635  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  43.91 
 
 
331 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1451  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  44.23 
 
 
331 aa  212  7e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.470419  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.74 
 
 
332 aa  210  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134382  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1268  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.13 
 
 
337 aa  207  3e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0161806  hitchhiker  0.00728152 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1128  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.35 
 
 
344 aa  194  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.391026  hitchhiker  0.00171019 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1976  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  41.12 
 
 
329 aa  192  5e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.49704 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4351  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.03 
 
 
349 aa  187  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1464  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  36.71 
 
 
335 aa  179  4e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.21548  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1823  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.01 
 
 
354 aa  175  8e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1406  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.65 
 
 
350 aa  151  1e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4609  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.76 
 
 
331 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.660444  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0594  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.46 
 
 
345 aa  142  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1442  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.91 
 
 
365 aa  137  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2289  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.87 
 
 
346 aa  135  9.999999999999999e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3512  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.84 
 
 
350 aa  133  5e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1622  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.56 
 
 
349 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.624827 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0207  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.42 
 
 
346 aa  125  7e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6424  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.04 
 
 
336 aa  125  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0110066  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0963  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.48 
 
 
355 aa  119  4.9999999999999996e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2373  hypothetical protein  31.76 
 
 
344 aa  119  6e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.926333 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0097  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.61 
 
 
345 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.549415  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2140  mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  30.63 
 
 
368 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.218798  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3588  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.65 
 
 
357 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.143432 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6156  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.25 
 
 
340 aa  115  7.999999999999999e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.217367  normal  0.187263 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2780  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.31 
 
 
339 aa  115  8.999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6349  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.57 
 
 
340 aa  115  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0311  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.57 
 
 
369 aa  113  5e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4932  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.57 
 
 
369 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.318001  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3658  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.2 
 
 
360 aa  110  2.0000000000000002e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3171  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.6 
 
 
356 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.17 
 
 
369 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0386  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.27 
 
 
369 aa  109  6e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542281  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1379  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.04 
 
 
342 aa  109  7.000000000000001e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.301111 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3591  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.13 
 
 
345 aa  108  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3890  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.49 
 
 
342 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0371  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.57 
 
 
369 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.7 
 
 
369 aa  108  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>