More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05812 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05812  hypothetical protein  100 
 
 		 568 aa  1178    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000178  SgrR sugar-phosphate stress transcriptional activator of SgrS small RNA  87.87 
 
 		 569 aa  1061    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.976786  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0521  hypothetical protein  65.43 
 
 		 565 aa  786    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0653  putative extracellular solute-binding protein  38.73 
 
 		 569 aa  457  1e-127  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3805  transcriptional regulator SgrR  35.23 
 
 		 552 aa  343  4e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3616  transcriptional regulator SgrR  34.15 
 
 		 552 aa  337  5e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.455862  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0738  transcriptional regulator SgrR  33.63 
 
 		 553 aa  327  5e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3411  transcriptional regulator SgrR  32.62 
 
 		 553 aa  324  3e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3540  transcriptional regulator SgrR  32.62 
 
 		 553 aa  324  3e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0585  transcriptional regulator SgrR  34.75 
 
 		 555 aa  323  4e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2942  transcriptional regulator SgrR  32.45 
 
 		 553 aa  321  1.9999999999999998e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.940242 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0616  transcriptional regulator SgrR  34.16 
 
 		 551 aa  320  3.9999999999999996e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0296144 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0122  transcriptional regulator SgrR  32.56 
 
 		 552 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0117  transcriptional regulator SgrR  32.56 
 
 		 552 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.947764  normal  0.240994 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00071  DNA-binding transcriptional regulator  33.39 
 
 		 551 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0074  transcriptional regulator SgrR  33.39 
 
 		 552 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.492998 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0624  transcriptional regulator SgrR  33.87 
 
 		 553 aa  313  3.9999999999999997e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172958  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00070  hypothetical protein  33.39 
 
 		 551 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0062  transcriptional regulator SgrR  33.39 
 
 		 551 aa  313  5.999999999999999e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0076  transcriptional regulator SgrR  33.39 
 
 		 552 aa  313  6.999999999999999e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3588  transcriptional regulator SgrR  33.22 
 
 		 551 aa  312  1e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000489241 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0122  transcriptional regulator SgrR  32.38 
 
 		 552 aa  311  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.40957  decreased coverage  0.00940564 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0118  transcriptional regulator SgrR  32.38 
 
 		 552 aa  311  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.217334  normal  0.271533 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0072  transcriptional regulator SgrR  33.04 
 
 		 551 aa  309  9e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0074  transcriptional regulator SgrR  33.04 
 
 		 551 aa  309  9e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0115  transcriptional regulator SgrR  32.21 
 
 		 552 aa  308  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4069  HTH-type transcriptional regulator SgrR  30.2 
 
 		 596 aa  283  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4085  HTH-type transcriptional regulator SgrR  30.03 
 
 		 596 aa  282  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4141  HTH-type transcriptional regulator SgrR  30.03 
 
 		 596 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.898899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4191  HTH-type transcriptional regulator SgrR  30.2 
 
 		 596 aa  281  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.415119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4249  HTH-type transcriptional regulator SgrR  30.2 
 
 		 596 aa  280  6e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001411  putative transport protein  27.21 
 
 		 585 aa  192  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1253  hypothetical protein  26.7 
 
 		 637 aa  189  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00065566  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2933  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC-type transport system periplasmic component  26.96 
 
 		 559 aa  182  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000113765 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03322  hypothetical protein  26.2 
 
 		 589 aa  172  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2347  extracellular solute-binding protein  24.91 
 
 		 578 aa  168  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0193694 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0559  extracellular solute-binding protein  24.48 
 
 		 566 aa  167  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.111824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0505  extracellular solute-binding protein family 5  24.31 
 
 		 566 aa  167  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.679744  normal  0.144898 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1103  extracellular solute-binding protein  24.04 
 
 		 575 aa  166  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000365076 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0496  extracellular solute-binding protein, family 5  24.48 
 
 		 566 aa  166  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0515  extracellular solute-binding protein, family 5  24.31 
 
 		 566 aa  166  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2898  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 		 578 aa  158  2e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0908192  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3226  extracellular solute-binding protein  23.85 
 
 		 567 aa  157  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3045  hypothetical protein  24.02 
 
 		 567 aa  157  5.0000000000000005e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3084  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  23.85 
 
 		 567 aa  157  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0617058  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00397  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.91 
 
 		 566 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1552  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 		 563 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.851364 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3187  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 		 566 aa  155  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00401  hypothetical protein  29.91 
 
 		 566 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0531  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 		 566 aa  155  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.585387  normal  0.74128 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0522  solute-binding family 5 protein  29.91 
 
 		 566 aa  155  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0612149  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3164  extracellular solute-binding protein family 5  29.91 
 
 		 566 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0488  solute-binding family 5 protein  29.91 
 
 		 566 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.189151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0368  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 		 566 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0481  solute-binding family 5 protein  29.91 
 
 		 566 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2689  extracellular solute-binding protein  23.59 
 
 		 571 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.377797  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2932  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 		 578 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000417004  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06325  hypothetical protein  24.91 
 
 		 536 aa  148  3e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2687  solute-binding family 5 protein  23.86 
 
 		 578 aa  145  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.240712  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2881  solute-binding family 5 protein  23.86 
 
 		 578 aa  145  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.629347  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0912  extracellular solute-binding protein  24.01 
 
 		 566 aa  144  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2612  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  23.33 
 
 		 578 aa  144  6e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.808743  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02700  hypothetical protein  28.15 
 
 		 345 aa  143  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2636  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  23.51 
 
 		 578 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2884  extracellular solute-binding protein  23.51 
 
 		 578 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0154142 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2920  solute-binding family 5 protein  23.32 
 
 		 578 aa  138  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00308535  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0743  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.11 
 
 		 579 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601164  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1211  putative extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 495 aa  137  5e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0935  putative ABC transporter, substrate-binding protein  29.59 
 
 		 579 aa  137  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.13566e-23 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0895  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.77 
 
 		 586 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0799  ABC transporter substrate-binding protein  28.42 
 
 		 579 aa  135  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0839  ABC transporter substrate-binding protein  28.42 
 
 		 579 aa  135  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689681  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1024  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.91 
 
 		 579 aa  134  5e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0932  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  29.25 
 
 		 579 aa  133  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0748  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.08 
 
 		 579 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0230399  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2953  ABC transporter substrate-binding protein  23.69 
 
 		 554 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0313683  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000690  ABC-type uncharacterized transport system component  27.8 
 
 		 555 aa  117  7.999999999999999e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1843  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  28.48 
 
 		 569 aa  108  3e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  37.82 
 
 		 522 aa  87.4  7e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.66 
 
 		 505 aa  86.3  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  36.2 
 
 		 497 aa  84  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 489 aa  83.6  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  26.97 
 
 		 514 aa  82.8  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  30.65 
 
 		 516 aa  81.3  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.95 
 
 		 510 aa  80.1  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  30.37 
 
 		 534 aa  80.1  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4927  extracellular solute-binding protein family 5  31.22 
 
 		 495 aa  78.6  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0283576  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 		 505 aa  78.6  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5121  extracellular solute-binding protein family 5  28.89 
 
 		 522 aa  78.2  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4344  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 526 aa  77.4  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  31.89 
 
 		 516 aa  77  0.0000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 		 534 aa  76.6  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.51 
 
 		 520 aa  76.3  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  30.48 
 
 		 532 aa  76.6  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1825  extracellular solute-binding protein family 5  25.99 
 
 		 502 aa  76.6  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.778707  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  30.77 
 
 		 512 aa  75.5  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 		 515 aa  75.5  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  26.64 
 
 		 523 aa  75.5  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  27.8 
 
 		 532 aa  75.5  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1044  extracellular solute-binding protein family 5  27.18 
 
 		 496 aa  75.1  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0364384  normal  0.362635 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>