More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1253 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_001411  putative transport protein  57.94 
 
 		 585 aa  696    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1253  hypothetical protein  100 
 
 		 637 aa  1315    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00065566  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06325  hypothetical protein  57.43 
 
 		 536 aa  631  1e-179  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03322  hypothetical protein  37.65 
 
 		 589 aa  441  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3411  transcriptional regulator SgrR  30.29 
 
 		 553 aa  237  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3540  transcriptional regulator SgrR  30.29 
 
 		 553 aa  237  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2942  transcriptional regulator SgrR  30.1 
 
 		 553 aa  237  6e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.940242 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0585  transcriptional regulator SgrR  31.38 
 
 		 555 aa  234  3e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0738  transcriptional regulator SgrR  30.07 
 
 		 553 aa  223  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0624  transcriptional regulator SgrR  29.87 
 
 		 553 aa  215  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172958  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3805  transcriptional regulator SgrR  29.28 
 
 		 552 aa  209  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3616  transcriptional regulator SgrR  29.28 
 
 		 552 aa  209  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.455862  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0616  transcriptional regulator SgrR  28.15 
 
 		 551 aa  209  2e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0296144 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0072  transcriptional regulator SgrR  27.41 
 
 		 551 aa  204  4e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0076  transcriptional regulator SgrR  27.24 
 
 		 552 aa  204  4e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0062  transcriptional regulator SgrR  27.41 
 
 		 551 aa  204  4e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0074  transcriptional regulator SgrR  27.24 
 
 		 551 aa  203  9e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3588  transcriptional regulator SgrR  27.24 
 
 		 551 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000489241 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00071  DNA-binding transcriptional regulator  27.07 
 
 		 551 aa  201  3e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00070  hypothetical protein  27.07 
 
 		 551 aa  201  3e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0074  transcriptional regulator SgrR  27.07 
 
 		 552 aa  200  5e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.492998 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0521  hypothetical protein  27.63 
 
 		 565 aa  198  3e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000178  SgrR sugar-phosphate stress transcriptional activator of SgrS small RNA  28.1 
 
 		 569 aa  196  7e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.976786  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0117  transcriptional regulator SgrR  27.41 
 
 		 552 aa  194  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.947764  normal  0.240994 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0118  transcriptional regulator SgrR  27.58 
 
 		 552 aa  194  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.217334  normal  0.271533 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0122  transcriptional regulator SgrR  27.24 
 
 		 552 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.40957  decreased coverage  0.00940564 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0122  transcriptional regulator SgrR  27.07 
 
 		 552 aa  192  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0115  transcriptional regulator SgrR  27.41 
 
 		 552 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05812  hypothetical protein  26.7 
 
 		 568 aa  189  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4085  HTH-type transcriptional regulator SgrR  27.4 
 
 		 596 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4069  HTH-type transcriptional regulator SgrR  26.89 
 
 		 596 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4191  HTH-type transcriptional regulator SgrR  27.24 
 
 		 596 aa  184  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.415119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4249  HTH-type transcriptional regulator SgrR  27.24 
 
 		 596 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4141  HTH-type transcriptional regulator SgrR  27.24 
 
 		 596 aa  182  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.898899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0653  putative extracellular solute-binding protein  24.75 
 
 		 569 aa  172  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0531  extracellular solute-binding protein  26.49 
 
 		 566 aa  159  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.585387  normal  0.74128 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0481  solute-binding family 5 protein  26.32 
 
 		 566 aa  157  4e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0368  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 566 aa  157  4e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0488  solute-binding family 5 protein  26.32 
 
 		 566 aa  158  4e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.189151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0522  solute-binding family 5 protein  26.15 
 
 		 566 aa  156  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0612149  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3164  extracellular solute-binding protein family 5  26.15 
 
 		 566 aa  155  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00397  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.15 
 
 		 566 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00401  hypothetical protein  26.15 
 
 		 566 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3187  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 566 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2347  extracellular solute-binding protein  22.39 
 
 		 578 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0193694 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1552  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 		 563 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.851364 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0912  extracellular solute-binding protein  24.02 
 
 		 566 aa  140  8.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0559  extracellular solute-binding protein  23.13 
 
 		 566 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.111824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0505  extracellular solute-binding protein family 5  23.13 
 
 		 566 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.679744  normal  0.144898 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0496  extracellular solute-binding protein, family 5  23.13 
 
 		 566 aa  138  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3226  extracellular solute-binding protein  22.83 
 
 		 567 aa  138  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3045  hypothetical protein  22.83 
 
 		 567 aa  138  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0515  extracellular solute-binding protein, family 5  23.13 
 
 		 566 aa  138  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3084  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  22.83 
 
 		 567 aa  138  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0617058  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2898  extracellular solute-binding protein  22.39 
 
 		 578 aa  135  3e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0908192  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1103  extracellular solute-binding protein  23.58 
 
 		 575 aa  135  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000365076 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2933  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC-type transport system periplasmic component  24.67 
 
 		 559 aa  125  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000113765 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2884  extracellular solute-binding protein  21.72 
 
 		 578 aa  124  5e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0154142 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2636  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  21.23 
 
 		 578 aa  123  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2689  extracellular solute-binding protein  21.89 
 
 		 571 aa  123  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.377797  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2932  extracellular solute-binding protein  21.36 
 
 		 578 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000417004  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2612  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  21.23 
 
 		 578 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.808743  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2687  solute-binding family 5 protein  21.38 
 
 		 578 aa  121  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.240712  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2881  solute-binding family 5 protein  21.38 
 
 		 578 aa  121  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.629347  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2920  solute-binding family 5 protein  21.36 
 
 		 578 aa  120  7e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00308535  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1024  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.81 
 
 		 579 aa  117  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0935  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.81 
 
 		 579 aa  115  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.13566e-23 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02700  hypothetical protein  28.79 
 
 		 345 aa  114  6e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0743  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.44 
 
 		 579 aa  113  9e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601164  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0748  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.75 
 
 		 579 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0230399  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0932  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  22.38 
 
 		 579 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0895  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.89 
 
 		 586 aa  109  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0799  ABC transporter substrate-binding protein  26.44 
 
 		 579 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0839  ABC transporter substrate-binding protein  26.44 
 
 		 579 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689681  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1211  putative extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 		 495 aa  106  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  23.32 
 
 		 505 aa  98.2  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1843  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  24.24 
 
 		 569 aa  91.7  4e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  24.69 
 
 		 510 aa  87.8  6e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000690  ABC-type uncharacterized transport system component  23.27 
 
 		 555 aa  86.3  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2953  ABC transporter substrate-binding protein  26.1 
 
 		 554 aa  83.2  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0313683  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3804  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 		 501 aa  82.4  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000726853  hitchhiker  0.0000406829 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 		 511 aa  81.6  0.00000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  22.72 
 
 		 510 aa  80.5  0.00000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 		 515 aa  79.7  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  23.62 
 
 		 523 aa  78.2  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  25.16 
 
 		 519 aa  77.8  0.0000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 512 aa  75.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 512 aa  75.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 512 aa  75.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2388  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 		 522 aa  73.9  0.000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1196  dipeptide ABC transporter periplasmic protein  27.96 
 
 		 488 aa  72.8  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.419054  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  29.22 
 
 		 502 aa  72.4  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  28.48 
 
 		 524 aa  71.6  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2763  extracellular solute-binding protein family 5  29.25 
 
 		 518 aa  71.2  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  28.11 
 
 		 529 aa  70.9  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  22.96 
 
 		 516 aa  70.9  0.00000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1897  extracellular solute-binding protein family 5  29.1 
 
 		 554 aa  70.1  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 		 505 aa  69.3  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3449  extracellular solute-binding protein family 5  29.49 
 
 		 515 aa  68.9  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.802426 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.54 
 
 		 510 aa  68.9  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>