More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1211 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1211  putative extracellular solute-binding protein  100 
 
 
495 aa  1026    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02700  hypothetical protein  39.26 
 
 
345 aa  246  6e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3084  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  27.63 
 
 
567 aa  147  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0617058  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1103  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 
575 aa  146  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000365076 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3226  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 
567 aa  146  8.000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3045  hypothetical protein  27.63 
 
 
567 aa  146  8.000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000178  SgrR sugar-phosphate stress transcriptional activator of SgrS small RNA  29.14 
 
 
569 aa  142  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.976786  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05812  hypothetical protein  28.81 
 
 
568 aa  137  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0653  putative extracellular solute-binding protein  27.47 
 
 
569 aa  137  5e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4249  HTH-type transcriptional regulator SgrR  29.9 
 
 
596 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4069  HTH-type transcriptional regulator SgrR  29.9 
 
 
596 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4085  HTH-type transcriptional regulator SgrR  29.57 
 
 
596 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4141  HTH-type transcriptional regulator SgrR  29.57 
 
 
596 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.898899  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4191  HTH-type transcriptional regulator SgrR  29.57 
 
 
596 aa  134  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.415119  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0496  extracellular solute-binding protein, family 5  25 
 
 
566 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3164  extracellular solute-binding protein family 5  27.48 
 
 
566 aa  130  6e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0488  solute-binding family 5 protein  27.48 
 
 
566 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.189151  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0481  solute-binding family 5 protein  27.48 
 
 
566 aa  130  8.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0585  transcriptional regulator SgrR  31.29 
 
 
555 aa  130  8.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0368  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 
566 aa  129  9.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0531  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 
566 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.585387  normal  0.74128 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0559  extracellular solute-binding protein  24.65 
 
 
566 aa  129  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.111824  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2942  transcriptional regulator SgrR  27.16 
 
 
553 aa  129  1.0000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.940242 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0505  extracellular solute-binding protein family 5  24.72 
 
 
566 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.679744  normal  0.144898 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3540  transcriptional regulator SgrR  27.16 
 
 
553 aa  129  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3411  transcriptional regulator SgrR  27.16 
 
 
553 aa  129  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0522  solute-binding family 5 protein  27.24 
 
 
566 aa  129  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0612149  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00397  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.81 
 
 
566 aa  128  3e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00401  hypothetical protein  27.81 
 
 
566 aa  128  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0515  extracellular solute-binding protein, family 5  24.44 
 
 
566 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3187  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 
566 aa  128  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0521  hypothetical protein  27.06 
 
 
565 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0624  transcriptional regulator SgrR  29.66 
 
 
553 aa  123  6e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172958  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0912  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 
566 aa  123  7e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0074  transcriptional regulator SgrR  27.51 
 
 
551 aa  123  8e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00071  DNA-binding transcriptional regulator  27.51 
 
 
551 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00070  hypothetical protein  27.51 
 
 
551 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0076  transcriptional regulator SgrR  27.51 
 
 
552 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3588  transcriptional regulator SgrR  27.51 
 
 
551 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489241 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0072  transcriptional regulator SgrR  27.22 
 
 
551 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0062  transcriptional regulator SgrR  27.22 
 
 
551 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0115  transcriptional regulator SgrR  27.17 
 
 
552 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0074  transcriptional regulator SgrR  26.88 
 
 
552 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.492998 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0118  transcriptional regulator SgrR  27.85 
 
 
552 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.217334  normal  0.271533 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0117  transcriptional regulator SgrR  27.85 
 
 
552 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.947764  normal  0.240994 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0122  transcriptional regulator SgrR  27.85 
 
 
552 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0122  transcriptional regulator SgrR  27.85 
 
 
552 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.40957  decreased coverage  0.00940564 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1552  extracellular solute-binding protein  28.72 
 
 
563 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.851364 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001411  putative transport protein  27.67 
 
 
585 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3805  transcriptional regulator SgrR  27.18 
 
 
552 aa  117  6e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3616  transcriptional regulator SgrR  27.09 
 
 
552 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.455862  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0738  transcriptional regulator SgrR  26.97 
 
 
553 aa  115  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0616  transcriptional regulator SgrR  27.43 
 
 
551 aa  113  9e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0296144 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1253  hypothetical protein  25.34 
 
 
637 aa  106  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00065566  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2898  extracellular solute-binding protein  23.43 
 
 
578 aa  105  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0908192  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2347  extracellular solute-binding protein  23.02 
 
 
578 aa  105  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0193694 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06325  hypothetical protein  25.78 
 
 
536 aa  95.9  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000690  ABC-type uncharacterized transport system component  25.17 
 
 
555 aa  91.3  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2933  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC-type transport system periplasmic component  24.05 
 
 
559 aa  90.1  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000113765 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0935  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.65 
 
 
579 aa  88.2  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.13566e-23 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  32.8 
 
 
516 aa  87.8  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0748  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.8 
 
 
579 aa  87.8  4e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0230399  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0895  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.46 
 
 
586 aa  87.4  5e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1843  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  30.6 
 
 
569 aa  87  7e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0743  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.46 
 
 
579 aa  86.7  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601164  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2932  extracellular solute-binding protein  24.11 
 
 
578 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000417004  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0932  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  25.94 
 
 
579 aa  85.5  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2920  solute-binding family 5 protein  24.82 
 
 
578 aa  85.9  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00308535  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0799  ABC transporter substrate-binding protein  26.8 
 
 
579 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2612  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  23.76 
 
 
578 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.808743  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0839  ABC transporter substrate-binding protein  26.8 
 
 
579 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689681  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2884  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 
578 aa  83.6  0.000000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0154142 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2636  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  23.4 
 
 
578 aa  83.6  0.000000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1024  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.94 
 
 
579 aa  83.6  0.000000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2687  solute-binding family 5 protein  24.04 
 
 
578 aa  83.2  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.240712  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2881  solute-binding family 5 protein  24.04 
 
 
578 aa  83.2  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.629347  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2689  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 
571 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.377797  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  34.62 
 
 
538 aa  81.6  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2953  ABC transporter substrate-binding protein  24.83 
 
 
554 aa  80.1  0.00000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0313683  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03322  hypothetical protein  23.89 
 
 
589 aa  79.3  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  27.89 
 
 
532 aa  75.1  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2069  extracellular solute-binding protein family 5  29.61 
 
 
518 aa  71.2  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001577  ABC-type uncharacterized transport system component  22.84 
 
 
551 aa  69.7  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.826243  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  32.65 
 
 
535 aa  68.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  32.65 
 
 
535 aa  69.3  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  31.97 
 
 
535 aa  68.6  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  31.3 
 
 
534 aa  66.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  29.34 
 
 
523 aa  65.1  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3028  twin-arginine translocation pathway signal  32.91 
 
 
562 aa  65.9  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 
534 aa  65.1  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  30.15 
 
 
534 aa  65.1  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3449  extracellular solute-binding protein family 5  27.4 
 
 
515 aa  64.3  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.802426 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2388  extracellular solute-binding protein  33.82 
 
 
522 aa  63.5  0.000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1897  extracellular solute-binding protein family 5  32.02 
 
 
554 aa  63.5  0.000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  27.35 
 
 
535 aa  63.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  32.87 
 
 
564 aa  62.8  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1731  extracellular solute-binding protein family 5  25.22 
 
 
539 aa  62  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.308556  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3842  extracellular solute-binding protein family 5  27.88 
 
 
535 aa  62  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.298652  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0371  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  26.79 
 
 
543 aa  62  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  28.65 
 
 
523 aa  61.6  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>