More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_0076 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00071  DNA-binding transcriptional regulator  99.46 
 
 		 551 aa  1131    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0738  transcriptional regulator SgrR  64.49 
 
 		 553 aa  751    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0118  transcriptional regulator SgrR  86.05 
 
 		 552 aa  982    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.217334  normal  0.271533 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3540  transcriptional regulator SgrR  62.86 
 
 		 553 aa  726    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0074  transcriptional regulator SgrR  98.55 
 
 		 552 aa  1121    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.492998 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0115  transcriptional regulator SgrR  86.05 
 
 		 552 aa  983    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0585  transcriptional regulator SgrR  66.55 
 
 		 555 aa  766    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3588  transcriptional regulator SgrR  98.91 
 
 		 551 aa  1128    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000489241 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00070  hypothetical protein  99.46 
 
 		 551 aa  1131    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0122  transcriptional regulator SgrR  86.05 
 
 		 552 aa  982    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0616  transcriptional regulator SgrR  78.77 
 
 		 551 aa  922    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0296144 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2942  transcriptional regulator SgrR  62.86 
 
 		 553 aa  725    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.940242 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3411  transcriptional regulator SgrR  62.86 
 
 		 553 aa  726    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0117  transcriptional regulator SgrR  86.23 
 
 		 552 aa  984    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.947764  normal  0.240994 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0122  transcriptional regulator SgrR  86.41 
 
 		 552 aa  984    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.40957  decreased coverage  0.00940564 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0072  transcriptional regulator SgrR  98.37 
 
 		 551 aa  1122    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3616  transcriptional regulator SgrR  61.89 
 
 		 552 aa  730    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.455862  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0062  transcriptional regulator SgrR  99.46 
 
 		 551 aa  1133    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0074  transcriptional regulator SgrR  98.73 
 
 		 551 aa  1125    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0624  transcriptional regulator SgrR  63.34 
 
 		 553 aa  735    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172958  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0076  transcriptional regulator SgrR  100 
 
 		 552 aa  1139    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3805  transcriptional regulator SgrR  62.25 
 
 		 552 aa  729    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4191  HTH-type transcriptional regulator SgrR  39.66 
 
 		 596 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.415119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4085  HTH-type transcriptional regulator SgrR  39.15 
 
 		 596 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4249  HTH-type transcriptional regulator SgrR  39.66 
 
 		 596 aa  402  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4069  HTH-type transcriptional regulator SgrR  39.32 
 
 		 596 aa  402  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4141  HTH-type transcriptional regulator SgrR  39.32 
 
 		 596 aa  398  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.898899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0521  hypothetical protein  34.22 
 
 		 565 aa  323  4e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000178  SgrR sugar-phosphate stress transcriptional activator of SgrS small RNA  33.87 
 
 		 569 aa  313  4.999999999999999e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.976786  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05812  hypothetical protein  33.39 
 
 		 568 aa  313  6.999999999999999e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0653  putative extracellular solute-binding protein  30.89 
 
 		 569 aa  297  3e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1253  hypothetical protein  27.24 
 
 		 637 aa  204  3e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00065566  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001411  putative transport protein  26.01 
 
 		 585 aa  200  5e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0505  extracellular solute-binding protein family 5  27.59 
 
 		 566 aa  196  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.679744  normal  0.144898 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0515  extracellular solute-binding protein, family 5  27.59 
 
 		 566 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0559  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 566 aa  196  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.111824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0496  extracellular solute-binding protein, family 5  27.41 
 
 		 566 aa  194  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1103  extracellular solute-binding protein  26.66 
 
 		 575 aa  189  8e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000365076 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1552  extracellular solute-binding protein  31.01 
 
 		 563 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.851364 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0912  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 		 566 aa  181  4.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0488  solute-binding family 5 protein  27.24 
 
 		 566 aa  179  9e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.189151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0481  solute-binding family 5 protein  27.29 
 
 		 566 aa  179  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2933  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC-type transport system periplasmic component  26.98 
 
 		 559 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000113765 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0368  extracellular solute-binding protein  27.29 
 
 		 566 aa  179  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0522  solute-binding family 5 protein  27.12 
 
 		 566 aa  177  3e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0612149  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0531  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 566 aa  177  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.585387  normal  0.74128 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03322  hypothetical protein  25.52 
 
 		 589 aa  177  6e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00397  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.12 
 
 		 566 aa  176  8e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00401  hypothetical protein  27.12 
 
 		 566 aa  176  8e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3226  extracellular solute-binding protein  26.18 
 
 		 567 aa  176  8e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3187  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 566 aa  176  8e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3084  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  26.18 
 
 		 567 aa  176  8e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0617058  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3045  hypothetical protein  26.18 
 
 		 567 aa  176  9e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3164  extracellular solute-binding protein family 5  26.94 
 
 		 566 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06325  hypothetical protein  24.03 
 
 		 536 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0895  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.78 
 
 		 586 aa  139  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0935  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.78 
 
 		 579 aa  139  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.13566e-23 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1024  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.21 
 
 		 579 aa  138  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0748  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.19 
 
 		 579 aa  137  6.0000000000000005e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0230399  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0932  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  26.5 
 
 		 579 aa  136  9e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02700  hypothetical protein  31.36 
 
 		 345 aa  134  3.9999999999999996e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0799  ABC transporter substrate-binding protein  26.89 
 
 		 579 aa  133  7.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0839  ABC transporter substrate-binding protein  26.89 
 
 		 579 aa  133  7.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689681  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0743  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  25.93 
 
 		 579 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601164  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000690  ABC-type uncharacterized transport system component  26.64 
 
 		 555 aa  124  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1211  putative extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 		 495 aa  122  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2636  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  24.51 
 
 		 578 aa  113  7.000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2884  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 		 578 aa  113  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0154142 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2347  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 		 578 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0193694 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2612  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  24.23 
 
 		 578 aa  110  6e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.808743  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2687  solute-binding family 5 protein  20.85 
 
 		 578 aa  109  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.240712  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2881  solute-binding family 5 protein  20.85 
 
 		 578 aa  109  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.629347  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2898  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 		 578 aa  108  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0908192  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2920  solute-binding family 5 protein  23.68 
 
 		 578 aa  103  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00308535  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2932  extracellular solute-binding protein  22.78 
 
 		 578 aa  101  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000417004  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2689  extracellular solute-binding protein  20 
 
 		 571 aa  100  6e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.377797  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1843  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  24.58 
 
 		 569 aa  91.3  5e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2953  ABC transporter substrate-binding protein  19.93 
 
 		 554 aa  89.4  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0313683  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  30.9 
 
 		 516 aa  79.3  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 		 505 aa  77.4  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  30.3 
 
 		 514 aa  75.5  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001577  ABC-type uncharacterized transport system component  23.26 
 
 		 551 aa  73.2  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.826243  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.49 
 
 		 538 aa  72  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  29.21 
 
 		 516 aa  72.4  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2790  extracellular solute-binding protein family 5  29.65 
 
 		 527 aa  72  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  27.57 
 
 		 523 aa  70.9  0.00000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0218  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 		 537 aa  70.1  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.219975  normal  0.837771 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13240  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.05 
 
 		 504 aa  70.1  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0803154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4029  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 		 502 aa  69.7  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 		 489 aa  70.1  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  31.94 
 
 		 526 aa  68.6  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  31.94 
 
 		 526 aa  68.6  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  31.72 
 
 		 544 aa  68.2  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 538 aa  68.2  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  29.65 
 
 		 524 aa  67.8  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 		 515 aa  67.8  0.0000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  22.75 
 
 		 510 aa  67.8  0.0000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2475  extracellular solute-binding protein  23.61 
 
 		 521 aa  67.4  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0955412  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1303  extracellular solute-binding protein  34.68 
 
 		 504 aa  67.4  0.0000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.173146  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1024  extracellular solute-binding protein  31.08 
 
 		 524 aa  67.4  0.0000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.216522 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>