More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_3805 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00071  DNA-binding transcriptional regulator  61.89 
 
 
551 aa  725    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0122  transcriptional regulator SgrR  63.59 
 
 
552 aa  729    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3616  transcriptional regulator SgrR  92.03 
 
 
552 aa  1056    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.455862  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0074  transcriptional regulator SgrR  61.71 
 
 
551 aa  721    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0624  transcriptional regulator SgrR  68.6 
 
 
553 aa  805    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172958  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0072  transcriptional regulator SgrR  62.07 
 
 
551 aa  726    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3411  transcriptional regulator SgrR  69.02 
 
 
553 aa  800    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3540  transcriptional regulator SgrR  69.02 
 
 
553 aa  800    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0062  transcriptional regulator SgrR  62.07 
 
 
551 aa  727    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0616  transcriptional regulator SgrR  63.34 
 
 
551 aa  737    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0296144 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0115  transcriptional regulator SgrR  63.59 
 
 
552 aa  727    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3805  transcriptional regulator SgrR  100 
 
 
552 aa  1132    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0117  transcriptional regulator SgrR  63.59 
 
 
552 aa  728    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.947764  normal  0.240994 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0738  transcriptional regulator SgrR  69.57 
 
 
553 aa  801    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00070  hypothetical protein  61.89 
 
 
551 aa  725    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0118  transcriptional regulator SgrR  63.77 
 
 
552 aa  729    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.217334  normal  0.271533 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0076  transcriptional regulator SgrR  62.25 
 
 
552 aa  729    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3588  transcriptional regulator SgrR  61.89 
 
 
551 aa  724    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489241 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2942  transcriptional regulator SgrR  69.02 
 
 
553 aa  800    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.940242 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0585  transcriptional regulator SgrR  70.65 
 
 
555 aa  811    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0122  transcriptional regulator SgrR  63.59 
 
 
552 aa  728    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.40957  decreased coverage  0.00940564 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0074  transcriptional regulator SgrR  62.61 
 
 
552 aa  729    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.492998 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4249  HTH-type transcriptional regulator SgrR  40.65 
 
 
596 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4069  HTH-type transcriptional regulator SgrR  40.48 
 
 
596 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4191  HTH-type transcriptional regulator SgrR  40.65 
 
 
596 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.415119  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4085  HTH-type transcriptional regulator SgrR  40.14 
 
 
596 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4141  HTH-type transcriptional regulator SgrR  40.14 
 
 
596 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.898899  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0521  hypothetical protein  35.66 
 
 
565 aa  350  4e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05812  hypothetical protein  35.23 
 
 
568 aa  343  4e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000178  SgrR sugar-phosphate stress transcriptional activator of SgrS small RNA  35.05 
 
 
569 aa  342  8e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.976786  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0653  putative extracellular solute-binding protein  31.63 
 
 
569 aa  316  7e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1253  hypothetical protein  29.28 
 
 
637 aa  209  8e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00065566  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001411  putative transport protein  26.98 
 
 
585 aa  192  9e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1552  extracellular solute-binding protein  30.85 
 
 
563 aa  192  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.851364 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06325  hypothetical protein  27.24 
 
 
536 aa  184  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0496  extracellular solute-binding protein, family 5  28.57 
 
 
566 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0559  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 
566 aa  181  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.111824  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0505  extracellular solute-binding protein family 5  28.4 
 
 
566 aa  179  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.679744  normal  0.144898 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0515  extracellular solute-binding protein, family 5  28.4 
 
 
566 aa  179  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1103  extracellular solute-binding protein  25.04 
 
 
575 aa  175  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000365076 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0912  extracellular solute-binding protein  27.65 
 
 
566 aa  175  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0481  solute-binding family 5 protein  28.77 
 
 
566 aa  173  5.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0531  extracellular solute-binding protein  28.77 
 
 
566 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.585387  normal  0.74128 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0368  extracellular solute-binding protein  28.77 
 
 
566 aa  173  6.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3084  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  26.43 
 
 
567 aa  173  6.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0617058  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3045  hypothetical protein  26.34 
 
 
567 aa  173  7.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3226  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 
567 aa  173  7.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0488  solute-binding family 5 protein  28.77 
 
 
566 aa  173  9e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.189151  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0522  solute-binding family 5 protein  28.6 
 
 
566 aa  172  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0612149  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00397  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.6 
 
 
566 aa  171  4e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3187  extracellular solute-binding protein  28.6 
 
 
566 aa  171  4e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00401  hypothetical protein  28.6 
 
 
566 aa  171  4e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3164  extracellular solute-binding protein family 5  28.6 
 
 
566 aa  170  7e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2933  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC-type transport system periplasmic component  26.44 
 
 
559 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000113765 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03322  hypothetical protein  23.6 
 
 
589 aa  159  9e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0895  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.8 
 
 
586 aa  141  3e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02700  hypothetical protein  28.53 
 
 
345 aa  141  3e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0748  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.8 
 
 
579 aa  139  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0230399  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1024  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.48 
 
 
579 aa  139  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0935  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.48 
 
 
579 aa  138  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.13566e-23 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0932  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  28.48 
 
 
579 aa  137  4e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0743  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.85 
 
 
579 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601164  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0799  ABC transporter substrate-binding protein  29.02 
 
 
579 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0839  ABC transporter substrate-binding protein  29.02 
 
 
579 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689681  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2898  extracellular solute-binding protein  24.52 
 
 
578 aa  125  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0908192  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000690  ABC-type uncharacterized transport system component  27.91 
 
 
555 aa  124  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2884  extracellular solute-binding protein  24.25 
 
 
578 aa  123  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0154142 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2636  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  23.71 
 
 
578 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2612  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  24.25 
 
 
578 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.808743  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2689  extracellular solute-binding protein  22.16 
 
 
571 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.377797  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2347  extracellular solute-binding protein  24.25 
 
 
578 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0193694 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2687  solute-binding family 5 protein  24.09 
 
 
578 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.240712  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2881  solute-binding family 5 protein  24.09 
 
 
578 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.629347  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2920  solute-binding family 5 protein  24.59 
 
 
578 aa  118  3e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00308535  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1211  putative extracellular solute-binding protein  27.18 
 
 
495 aa  117  6e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2932  extracellular solute-binding protein  23.77 
 
 
578 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000417004  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2953  ABC transporter substrate-binding protein  21.88 
 
 
554 aa  103  8e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0313683  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1843  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  25.71 
 
 
569 aa  94.7  4e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001577  ABC-type uncharacterized transport system component  23.86 
 
 
551 aa  81.6  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.826243  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  34.5 
 
 
505 aa  78.2  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  24.29 
 
 
510 aa  76.3  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  28.98 
 
 
514 aa  75.9  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 
508 aa  75.5  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  31.21 
 
 
524 aa  74.7  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  29.89 
 
 
516 aa  73.9  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2223  extracellular solute-binding protein family 5  32.28 
 
 
502 aa  74.3  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  36.91 
 
 
534 aa  73.9  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 
489 aa  73.6  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3508  extracellular solute-binding protein family 5  25.33 
 
 
508 aa  72.4  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0424359 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  24.65 
 
 
511 aa  72.4  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  22.65 
 
 
515 aa  72  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  31.33 
 
 
522 aa  71.6  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0387  extracellular solute-binding protein family 5  27.12 
 
 
503 aa  71.2  0.00000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000219856  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  33.54 
 
 
534 aa  71.2  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  28.74 
 
 
540 aa  70.9  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 
526 aa  70.9  0.00000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  31.33 
 
 
526 aa  70.9  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2388  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 
522 aa  70.1  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  29.14 
 
 
540 aa  69.7  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0212  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 
538 aa  69.7  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0260102  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>