More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000178 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0521  hypothetical protein  65.48 
 
 		 565 aa  785    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05812  hypothetical protein  87.87 
 
 		 568 aa  1061    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000178  SgrR sugar-phosphate stress transcriptional activator of SgrS small RNA  100 
 
 		 569 aa  1180    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.976786  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0653  putative extracellular solute-binding protein  39.75 
 
 		 569 aa  468  9.999999999999999e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3805  transcriptional regulator SgrR  35.05 
 
 		 552 aa  342  8e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3616  transcriptional regulator SgrR  33.99 
 
 		 552 aa  330  3e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.455862  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3411  transcriptional regulator SgrR  33.45 
 
 		 553 aa  328  2.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3540  transcriptional regulator SgrR  33.45 
 
 		 553 aa  328  2.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2942  transcriptional regulator SgrR  33.27 
 
 		 553 aa  325  1e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.940242 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0616  transcriptional regulator SgrR  33.98 
 
 		 551 aa  324  3e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0296144 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0117  transcriptional regulator SgrR  33.63 
 
 		 552 aa  323  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.947764  normal  0.240994 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0122  transcriptional regulator SgrR  33.63 
 
 		 552 aa  323  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0122  transcriptional regulator SgrR  33.63 
 
 		 552 aa  323  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.40957  decreased coverage  0.00940564 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0118  transcriptional regulator SgrR  33.63 
 
 		 552 aa  323  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.217334  normal  0.271533 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0585  transcriptional regulator SgrR  34.74 
 
 		 555 aa  322  1.9999999999999998e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0115  transcriptional regulator SgrR  33.45 
 
 		 552 aa  319  7.999999999999999e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0738  transcriptional regulator SgrR  33.39 
 
 		 553 aa  318  1e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0074  transcriptional regulator SgrR  34.04 
 
 		 552 aa  317  4e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.492998 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00071  DNA-binding transcriptional regulator  34.22 
 
 		 551 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0062  transcriptional regulator SgrR  33.87 
 
 		 551 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0624  transcriptional regulator SgrR  34.09 
 
 		 553 aa  314  2.9999999999999996e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172958  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00070  hypothetical protein  34.22 
 
 		 551 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0076  transcriptional regulator SgrR  33.87 
 
 		 552 aa  313  4.999999999999999e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3588  transcriptional regulator SgrR  33.69 
 
 		 551 aa  313  5.999999999999999e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000489241 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0072  transcriptional regulator SgrR  33.51 
 
 		 551 aa  310  5e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0074  transcriptional regulator SgrR  33.51 
 
 		 551 aa  310  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4069  HTH-type transcriptional regulator SgrR  29.92 
 
 		 596 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4085  HTH-type transcriptional regulator SgrR  29.75 
 
 		 596 aa  273  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4141  HTH-type transcriptional regulator SgrR  29.59 
 
 		 596 aa  273  8.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.898899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4191  HTH-type transcriptional regulator SgrR  29.75 
 
 		 596 aa  273  9e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.415119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4249  HTH-type transcriptional regulator SgrR  29.59 
 
 		 596 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1253  hypothetical protein  28.1 
 
 		 637 aa  196  7e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00065566  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001411  putative transport protein  26.92 
 
 		 585 aa  194  3e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2933  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC-type transport system periplasmic component  28.32 
 
 		 559 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000113765 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1103  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 		 575 aa  180  4.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000365076 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0559  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 		 566 aa  173  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.111824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0496  extracellular solute-binding protein, family 5  24.83 
 
 		 566 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03322  hypothetical protein  26.83 
 
 		 589 aa  172  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0505  extracellular solute-binding protein family 5  24.83 
 
 		 566 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.679744  normal  0.144898 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0515  extracellular solute-binding protein, family 5  24.65 
 
 		 566 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3226  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 		 567 aa  161  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3084  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  24.53 
 
 		 567 aa  161  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0617058  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3045  hypothetical protein  24.53 
 
 		 567 aa  161  3e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2347  extracellular solute-binding protein  24.49 
 
 		 578 aa  159  1e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0193694 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0481  solute-binding family 5 protein  25.82 
 
 		 566 aa  156  8e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00397  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  31.82 
 
 		 566 aa  156  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0531  extracellular solute-binding protein  26 
 
 		 566 aa  156  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.585387  normal  0.74128 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0488  solute-binding family 5 protein  25.81 
 
 		 566 aa  156  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.189151  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00401  hypothetical protein  31.82 
 
 		 566 aa  156  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0522  solute-binding family 5 protein  25.82 
 
 		 566 aa  156  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0612149  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3187  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 		 566 aa  156  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0538168 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3164  extracellular solute-binding protein family 5  31.52 
 
 		 566 aa  155  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1552  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 		 563 aa  155  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.851364 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0368  extracellular solute-binding protein  26 
 
 		 566 aa  155  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2898  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 		 578 aa  154  4e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0908192  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06325  hypothetical protein  25.56 
 
 		 536 aa  152  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0912  extracellular solute-binding protein  23.63 
 
 		 566 aa  150  5e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2932  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 		 578 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000417004  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2687  solute-binding family 5 protein  24.14 
 
 		 578 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.240712  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2881  solute-binding family 5 protein  24.14 
 
 		 578 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.629347  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2612  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  23.79 
 
 		 578 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.808743  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1211  putative extracellular solute-binding protein  29.14 
 
 		 495 aa  142  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2884  extracellular solute-binding protein  23.36 
 
 		 578 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0154142 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2636  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  23.36 
 
 		 578 aa  141  3e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2689  extracellular solute-binding protein  22.65 
 
 		 571 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.377797  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02700  hypothetical protein  29.14 
 
 		 345 aa  138  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2920  solute-binding family 5 protein  27.86 
 
 		 578 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00308535  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0935  putative ABC transporter, substrate-binding protein  29.93 
 
 		 579 aa  131  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.13566e-23 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0743  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.93 
 
 		 579 aa  131  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601164  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0799  ABC transporter substrate-binding protein  29.59 
 
 		 579 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1024  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.91 
 
 		 579 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0839  ABC transporter substrate-binding protein  29.59 
 
 		 579 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689681  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0895  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.77 
 
 		 586 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0748  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.25 
 
 		 579 aa  127  6e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0230399  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0932  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  29.25 
 
 		 579 aa  126  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2953  ABC transporter substrate-binding protein  23.21 
 
 		 554 aa  124  4e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0313683  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000690  ABC-type uncharacterized transport system component  26.77 
 
 		 555 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1843  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  26.32 
 
 		 569 aa  105  3e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  34.08 
 
 		 505 aa  95.9  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5121  extracellular solute-binding protein family 5  32.22 
 
 		 522 aa  88.6  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.3 
 
 		 505 aa  87.8  5e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  37.66 
 
 		 522 aa  87.8  5e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  33.51 
 
 		 516 aa  87  7e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  33.13 
 
 		 497 aa  84.3  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  31.89 
 
 		 532 aa  84  0.000000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  29.11 
 
 		 514 aa  83.2  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  28.22 
 
 		 524 aa  82.8  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  33.51 
 
 		 516 aa  83.6  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  34.67 
 
 		 527 aa  82  0.00000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 		 509 aa  82.4  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 489 aa  82.4  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  29.76 
 
 		 532 aa  82  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0937  extracellular solute-binding protein  30.41 
 
 		 586 aa  80.5  0.00000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1949  extracellular solute-binding protein  35.03 
 
 		 506 aa  80.5  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.806443  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  28.4 
 
 		 512 aa  80.5  0.00000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.58 
 
 		 520 aa  78.6  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1425  extracellular solute-binding protein family 5  27.17 
 
 		 503 aa  78.6  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4744  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 		 515 aa  78.6  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4344  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 		 526 aa  78.2  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  29.35 
 
 		 533 aa  77.8  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>