More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0653 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0653  putative extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 569 aa  1185    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000178  SgrR sugar-phosphate stress transcriptional activator of SgrS small RNA  39.75 
 
 		 569 aa  468  9.999999999999999e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.976786  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05812  hypothetical protein  38.73 
 
 		 568 aa  457  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0521  hypothetical protein  39.37 
 
 		 565 aa  447  1.0000000000000001e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0738  transcriptional regulator SgrR  32.92 
 
 		 553 aa  325  1e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0585  transcriptional regulator SgrR  31.81 
 
 		 555 aa  318  2e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3805  transcriptional regulator SgrR  31.63 
 
 		 552 aa  316  7e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3616  transcriptional regulator SgrR  31.75 
 
 		 552 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.455862  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2942  transcriptional regulator SgrR  31.75 
 
 		 553 aa  314  2.9999999999999996e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.940242 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3540  transcriptional regulator SgrR  31.57 
 
 		 553 aa  313  5.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3411  transcriptional regulator SgrR  31.57 
 
 		 553 aa  313  5.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0616  transcriptional regulator SgrR  30.88 
 
 		 551 aa  302  1e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0296144 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0624  transcriptional regulator SgrR  30.61 
 
 		 553 aa  300  3e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172958  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3588  transcriptional regulator SgrR  30.89 
 
 		 551 aa  298  2e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000489241 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0076  transcriptional regulator SgrR  30.89 
 
 		 552 aa  297  3e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0072  transcriptional regulator SgrR  30.72 
 
 		 551 aa  297  3e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00071  DNA-binding transcriptional regulator  30.89 
 
 		 551 aa  297  4e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00070  hypothetical protein  30.89 
 
 		 551 aa  297  4e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0074  transcriptional regulator SgrR  30.89 
 
 		 552 aa  296  5e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.492998 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0062  transcriptional regulator SgrR  30.72 
 
 		 551 aa  296  5e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0074  transcriptional regulator SgrR  30.72 
 
 		 551 aa  295  1e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0117  transcriptional regulator SgrR  30.78 
 
 		 552 aa  293  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.947764  normal  0.240994 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0122  transcriptional regulator SgrR  30.78 
 
 		 552 aa  293  6e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.40957  decreased coverage  0.00940564 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0118  transcriptional regulator SgrR  30.78 
 
 		 552 aa  292  9e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.217334  normal  0.271533 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0122  transcriptional regulator SgrR  30.61 
 
 		 552 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0115  transcriptional regulator SgrR  30.61 
 
 		 552 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4191  HTH-type transcriptional regulator SgrR  28.28 
 
 		 596 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.415119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4141  HTH-type transcriptional regulator SgrR  28.28 
 
 		 596 aa  266  5.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.898899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4249  HTH-type transcriptional regulator SgrR  28.28 
 
 		 596 aa  266  7e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4085  HTH-type transcriptional regulator SgrR  28.57 
 
 		 596 aa  266  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4069  HTH-type transcriptional regulator SgrR  28.19 
 
 		 596 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1103  extracellular solute-binding protein  25.04 
 
 		 575 aa  172  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000365076 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1253  hypothetical protein  24.75 
 
 		 637 aa  172  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00065566  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2933  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC-type transport system periplasmic component  25.86 
 
 		 559 aa  171  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000113765 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1552  extracellular solute-binding protein  25.39 
 
 		 563 aa  169  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.851364 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3084  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  24.16 
 
 		 567 aa  165  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0617058  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3226  extracellular solute-binding protein  24.16 
 
 		 567 aa  164  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3045  hypothetical protein  24.16 
 
 		 567 aa  164  4.0000000000000004e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001411  putative transport protein  24.24 
 
 		 585 aa  163  8.000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0505  extracellular solute-binding protein family 5  23.1 
 
 		 566 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.679744  normal  0.144898 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0559  extracellular solute-binding protein  23.1 
 
 		 566 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.111824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0515  extracellular solute-binding protein, family 5  23.1 
 
 		 566 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0496  extracellular solute-binding protein, family 5  23.1 
 
 		 566 aa  159  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00397  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  23.79 
 
 		 566 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00401  hypothetical protein  23.79 
 
 		 566 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3187  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 566 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0912  extracellular solute-binding protein  23.41 
 
 		 566 aa  149  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0481  solute-binding family 5 protein  23.62 
 
 		 566 aa  148  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0368  extracellular solute-binding protein  23.62 
 
 		 566 aa  148  3e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0531  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 		 566 aa  147  6e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.585387  normal  0.74128 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0488  solute-binding family 5 protein  23.53 
 
 		 566 aa  147  6e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.189151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0522  solute-binding family 5 protein  23.24 
 
 		 566 aa  147  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0612149  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3164  extracellular solute-binding protein family 5  23.45 
 
 		 566 aa  144  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0743  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  24.09 
 
 		 579 aa  137  4e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601164  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0895  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.78 
 
 		 586 aa  137  4e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1211  putative extracellular solute-binding protein  27.47 
 
 		 495 aa  137  6.0000000000000005e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1024  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.37 
 
 		 579 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03322  hypothetical protein  28.66 
 
 		 589 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06325  hypothetical protein  26.51 
 
 		 536 aa  133  7.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2689  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 		 571 aa  133  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.377797  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0935  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.81 
 
 		 579 aa  133  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.13566e-23 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0748  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  22.93 
 
 		 579 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0230399  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2953  ABC transporter substrate-binding protein  23.17 
 
 		 554 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0313683  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0932  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  23.83 
 
 		 579 aa  128  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02700  hypothetical protein  26.94 
 
 		 345 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0799  ABC transporter substrate-binding protein  23.89 
 
 		 579 aa  127  6e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0839  ABC transporter substrate-binding protein  23.89 
 
 		 579 aa  127  6e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689681  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2347  extracellular solute-binding protein  22.78 
 
 		 578 aa  117  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0193694 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2898  extracellular solute-binding protein  22.96 
 
 		 578 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0908192  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2687  solute-binding family 5 protein  21.93 
 
 		 578 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.240712  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2881  solute-binding family 5 protein  21.93 
 
 		 578 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.629347  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2884  extracellular solute-binding protein  22.13 
 
 		 578 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0154142 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2612  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  21.77 
 
 		 578 aa  108  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.808743  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2636  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  22.2 
 
 		 578 aa  106  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2932  extracellular solute-binding protein  21.72 
 
 		 578 aa  101  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000417004  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2920  solute-binding family 5 protein  26.28 
 
 		 578 aa  97.1  8e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00308535  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000690  ABC-type uncharacterized transport system component  24.39 
 
 		 555 aa  96.7  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001577  ABC-type uncharacterized transport system component  22.58 
 
 		 551 aa  93.2  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.826243  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1843  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  27.57 
 
 		 569 aa  87.4  7e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  28.38 
 
 		 516 aa  81.3  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 		 539 aa  75.9  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  26.8 
 
 		 546 aa  73.9  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  30.3 
 
 		 553 aa  71.6  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 		 526 aa  70.9  0.00000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 505 aa  70.9  0.00000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0484  extracellular solute-binding protein  24.95 
 
 		 523 aa  70.9  0.00000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.036637  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  29.9 
 
 		 540 aa  69.7  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3508  extracellular solute-binding protein family 5  26.92 
 
 		 508 aa  70.1  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0424359 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.83 
 
 		 538 aa  68.6  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0216  extracellular solute-binding protein  35.54 
 
 		 569 aa  67.8  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13240  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.6 
 
 		 504 aa  67.8  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0803154  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0398  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.84 
 
 		 527 aa  67.8  0.0000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  25.84 
 
 		 532 aa  65.9  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4344  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 		 526 aa  65.1  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  27.96 
 
 		 514 aa  63.9  0.000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 		 538 aa  63.9  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  24.32 
 
 		 505 aa  63.9  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1344  extracellular solute-binding protein  31.37 
 
 		 506 aa  63.9  0.000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.088373  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0602  extracellular solute-binding protein  29.73 
 
 		 545 aa  63.5  0.000000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.497567  hitchhiker  0.000000266408 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 511 aa  63.5  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>