More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_2032 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_2032  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  100 
 
 
386 aa  801    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.311519  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3620  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.21 
 
 
363 aa  153  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.39212  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 
363 aa  152  8.999999999999999e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1815  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.11 
 
 
344 aa  140  4.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0698  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.54 
 
 
338 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0170048  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.65 
 
 
367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  28.42 
 
 
360 aa  130  5.0000000000000004e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1550  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.53 
 
 
363 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.72362  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3084  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.26 
 
 
333 aa  129  7.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.659506  normal  0.402986 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3477  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.59 
 
 
358 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.45 
 
 
338 aa  127  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.735416  normal  0.497043 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.06 
 
 
364 aa  123  5e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  0.00000307081 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28431  TRAP-T family tripartite transporter, substrate binding protein  26.63 
 
 
374 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.986733 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3655  TRAP transporter DctP family protein  25.79 
 
 
356 aa  120  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.776608  normal  0.765396 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3338  hypothetical protein  27.59 
 
 
358 aa  120  6e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.78 
 
 
366 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3133  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.69 
 
 
371 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.585078  normal  0.756341 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2480  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.69 
 
 
371 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003132  TRAP transporter solute receptor  26.69 
 
 
363 aa  117  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000514187  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02705  hypothetical protein  26.35 
 
 
364 aa  117  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0340  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.28 
 
 
361 aa  116  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.639602  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.28 
 
 
371 aa  116  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 
370 aa  115  8.999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2999  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.29 
 
 
379 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3120  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.29 
 
 
379 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0172761  normal  0.942467 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0528  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.7 
 
 
360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1971  putative TRAP-transporter extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 
325 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.418895  normal  0.696077 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2485  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.24 
 
 
360 aa  113  6e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0992841  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.16 
 
 
368 aa  113  6e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.55 
 
 
364 aa  113  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.23 
 
 
350 aa  112  8.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.150064  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.93 
 
 
366 aa  112  9e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.89 
 
 
367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3374  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.02 
 
 
368 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.630322 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0394  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.15 
 
 
379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0331945  hitchhiker  0.00125692 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  30.64 
 
 
361 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0346  twin-arginine translocation pathway signal  29.88 
 
 
380 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.982682  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0193  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.41 
 
 
362 aa  111  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.320423  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1404  extracellular solute-binding protein  24.28 
 
 
358 aa  110  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219343  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1560  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.27 
 
 
373 aa  110  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198541  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0416  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  26.59 
 
 
360 aa  110  4.0000000000000004e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000442775  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3676  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.71 
 
 
368 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.318097 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3806  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.93 
 
 
339 aa  110  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3397  TRAP transporter - DctP subunit  30.1 
 
 
348 aa  109  8.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4219  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.76 
 
 
370 aa  109  9.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0216896 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4720  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.66 
 
 
364 aa  109  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.607383  normal  0.0697574 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0129  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 
362 aa  109  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189544  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2164  transporter, periplasmic component  27.86 
 
 
356 aa  108  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0458836 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1216  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.95 
 
 
362 aa  108  1e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  26.72 
 
 
363 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1558  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.3 
 
 
368 aa  108  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2292  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.61 
 
 
357 aa  109  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1572  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.65 
 
 
360 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4422  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.55 
 
 
361 aa  108  2e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4361  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.38 
 
 
361 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.671906  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2644  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.53 
 
 
373 aa  107  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.841176  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2049  twin-arginine translocation pathway signal  26.09 
 
 
362 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1039  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.8 
 
 
360 aa  106  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0821806 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0957  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.8 
 
 
360 aa  106  6e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.861985  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0671  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.09 
 
 
361 aa  106  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2188  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.67 
 
 
363 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0149275  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2924  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.32 
 
 
387 aa  106  7e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.493867 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1067  twin-arginine translocation pathway signal  25.32 
 
 
377 aa  106  7e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3284  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.06 
 
 
360 aa  106  7e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.970201 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.24 
 
 
371 aa  105  9e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0428  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.23 
 
 
387 aa  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0280038  normal  0.0226901 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4051  twin-arginine translocation pathway signal  26.44 
 
 
373 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.222615 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.61 
 
 
364 aa  104  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  25.16 
 
 
363 aa  103  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.1 
 
 
372 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0339  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.7 
 
 
357 aa  103  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3467  putative periplasmic mannitol-binding protein  28.9 
 
 
362 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3789  periplasmic mannitol-binding protein  25.66 
 
 
368 aa  103  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3392  twin-arginine translocation pathway signal  26.52 
 
 
362 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.1 
 
 
400 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.38 
 
 
370 aa  103  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4950  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.37 
 
 
369 aa  103  7e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  24.21 
 
 
378 aa  103  7e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  26.13 
 
 
362 aa  102  8e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.85 
 
 
371 aa  102  8e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2657  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.69 
 
 
335 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3285  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.43 
 
 
360 aa  102  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.34 
 
 
360 aa  102  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.44 
 
 
374 aa  102  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3365  hypothetical protein  26.56 
 
 
372 aa  102  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283378  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4196  family 1 extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 
333 aa  101  2e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1474  twin-arginine translocation pathway signal  25.16 
 
 
362 aa  101  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112522  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1100  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 
370 aa  101  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0040  putative extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 
359 aa  100  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.36 
 
 
360 aa  100  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.13 
 
 
400 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.69 
 
 
400 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.76 
 
 
369 aa  100  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1264  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 
354 aa  100  6e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.656157  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  28.36 
 
 
360 aa  99.4  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2067  twin-arginine translocation pathway signal  24.84 
 
 
362 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3328  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.71 
 
 
363 aa  99  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0914439  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2243  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.51 
 
 
360 aa  98.2  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273001  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0446  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.76 
 
 
372 aa  97.4  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3084  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.77 
 
 
387 aa  97.8  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.263848  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>