More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2933 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_2933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  100 
 
 
338 aa  690    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.735416  normal  0.497043 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0698  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  75.15 
 
 
338 aa  522  1e-147  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0170048  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3620  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  51.78 
 
 
363 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.39212  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3806  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  46.08 
 
 
339 aa  290  3e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2485  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.38 
 
 
360 aa  236  3e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0992841  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3084  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.41 
 
 
333 aa  173  3.9999999999999995e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.659506  normal  0.402986 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3084  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.56 
 
 
387 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.263848  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4950  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.67 
 
 
369 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2032  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.45 
 
 
386 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.311519  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3365  hypothetical protein  29.45 
 
 
372 aa  125  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283378  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4219  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.77 
 
 
370 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0216896 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2924  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.06 
 
 
387 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.493867 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2892  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.62 
 
 
387 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.323123  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  31.63 
 
 
378 aa  123  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4051  twin-arginine translocation pathway signal  29.15 
 
 
373 aa  124  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.222615 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.28 
 
 
367 aa  122  6e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.84 
 
 
364 aa  122  9e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1558  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.77 
 
 
368 aa  121  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3133  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.76 
 
 
371 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.585078  normal  0.756341 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0892  extracellular solute-binding protein  30.06 
 
 
401 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000149436  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2480  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.76 
 
 
371 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2292  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.21 
 
 
357 aa  119  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3750  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.96 
 
 
355 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.871351 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.59 
 
 
360 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3477  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.23 
 
 
358 aa  117  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.02 
 
 
366 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.52 
 
 
364 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  32.07 
 
 
362 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.33 
 
 
370 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.135169 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02705  hypothetical protein  27.53 
 
 
364 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3338  hypothetical protein  27.86 
 
 
358 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1572  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.78 
 
 
360 aa  114  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0129  extracellular solute-binding protein  35.15 
 
 
362 aa  113  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189544  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 
363 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1941  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.09 
 
 
379 aa  113  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.49323  normal  0.352115 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003132  TRAP transporter solute receptor  27.89 
 
 
363 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000514187  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0671  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32 
 
 
361 aa  112  9e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3284  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.25 
 
 
360 aa  111  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.970201 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0459  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.06 
 
 
360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.141093  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  30.93 
 
 
363 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4440  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.83 
 
 
369 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.270003 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1404  extracellular solute-binding protein  30.93 
 
 
358 aa  110  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219343  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3285  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.71 
 
 
360 aa  110  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  28.87 
 
 
360 aa  109  6e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0531  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.72 
 
 
369 aa  109  8.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0340  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.45 
 
 
361 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.639602  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4436  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.35 
 
 
369 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.636208 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2999  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.33 
 
 
379 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3120  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.33 
 
 
379 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0172761  normal  0.942467 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  26.59 
 
 
361 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0040  putative extracellular solute-binding protein  29.37 
 
 
359 aa  107  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28431  TRAP-T family tripartite transporter, substrate binding protein  29.89 
 
 
374 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.986733 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.25 
 
 
360 aa  106  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.57 
 
 
367 aa  106  5e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1550  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.39 
 
 
363 aa  106  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.72362  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.92 
 
 
400 aa  106  7e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.84 
 
 
371 aa  105  8e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.92 
 
 
372 aa  105  9e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  26.71 
 
 
359 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.92 
 
 
400 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1750  twin-arginine translocation pathway signal  30.23 
 
 
359 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.5 
 
 
370 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.51 
 
 
400 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3372  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  28.12 
 
 
379 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0789991  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0428  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.44 
 
 
387 aa  103  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0280038  normal  0.0226901 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1241  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.16 
 
 
385 aa  103  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000459944  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.53 
 
 
368 aa  103  5e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3018  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.78 
 
 
379 aa  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1039  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.41 
 
 
360 aa  102  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0821806 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0957  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.41 
 
 
360 aa  102  6e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.861985  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.5 
 
 
371 aa  102  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  29.7 
 
 
370 aa  102  8e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2164  transporter, periplasmic component  30.59 
 
 
356 aa  101  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0458836 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.24 
 
 
369 aa  102  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2644  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.3 
 
 
373 aa  102  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.841176  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1067  twin-arginine translocation pathway signal  27.5 
 
 
377 aa  101  2e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3867  hypothetical protein  28.98 
 
 
379 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0795964  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.44 
 
 
364 aa  100  3e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  0.00000307081 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.77 
 
 
366 aa  100  3e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  26.26 
 
 
359 aa  100  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0193  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.86 
 
 
362 aa  99.8  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.320423  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0034  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.14 
 
 
341 aa  99.4  8e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1216  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.21 
 
 
362 aa  99  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0346  twin-arginine translocation pathway signal  33.04 
 
 
380 aa  98.6  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.982682  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4422  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.72 
 
 
361 aa  98.6  1e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.96 
 
 
374 aa  98.6  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0345  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 
372 aa  97.4  3e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.61 
 
 
371 aa  97.1  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3467  putative periplasmic mannitol-binding protein  28.06 
 
 
362 aa  95.9  8e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4720  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.71 
 
 
364 aa  96.3  8e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.607383  normal  0.0697574 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.62 
 
 
360 aa  95.9  9e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1474  twin-arginine translocation pathway signal  28.03 
 
 
362 aa  95.9  9e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112522  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3150  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.95 
 
 
359 aa  95.5  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.117485  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2657  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.95 
 
 
335 aa  94.7  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  28.19 
 
 
363 aa  94.7  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2873  twin-arginine translocation pathway signal  27.78 
 
 
359 aa  94.4  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1100  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 
370 aa  94  4e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  26.78 
 
 
360 aa  94  4e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1456  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.68 
 
 
357 aa  93.6  4e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0624935  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2243  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.25 
 
 
360 aa  93.6  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273001  normal  0.0162344 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>