123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1128 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_1128  hypothetical protein  100 
 
 		 102 aa  211  1.9999999999999998e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00280699  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1656  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  46.53 
 
 		 267 aa  100  5e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0264  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.11 
 
 		 146 aa  79.3  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.269806  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3358  hypothetical protein  38.3 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0307286  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2127  helix-turn-helix domain-containing protein  43.96 
 
 		 268 aa  70.1  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0935212  normal  0.339255 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  49.21 
 
 		 278 aa  68.2  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  51.61 
 
 		 300 aa  67  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5040  transcriptional regulator, XRE family  33.71 
 
 		 274 aa  66.2  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.727846 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  49.18 
 
 		 303 aa  66.2  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  30.28 
 
 		 285 aa  65.9  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  47.62 
 
 		 290 aa  65.1  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 278 aa  65.1  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1089  transcriptional regulator, XRE family  37.25 
 
 		 258 aa  63.5  0.0000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.618021 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0926  helix-turn-helix domain-containing protein  42.39 
 
 		 265 aa  63.5  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  45.31 
 
 		 294 aa  63.2  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0102  hypothetical protein  47.83 
 
 		 255 aa  62  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  43.75 
 
 		 289 aa  62  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  47.89 
 
 		 310 aa  61.6  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1787  helix-turn-helix domain-containing protein  36.17 
 
 		 265 aa  61.6  0.000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00189431 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5446  helix-turn-helix domain protein  29.29 
 
 		 270 aa  61.6  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.284222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  44.44 
 
 		 288 aa  61.2  0.000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2769  transcriptional regulator, XRE family  32.61 
 
 		 271 aa  60.8  0.000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.310894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4780  hypothetical protein  42 
 
 		 269 aa  60.5  0.000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1248  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.71 
 
 		 267 aa  60.1  0.000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1542  transcriptional regulator, XRE family  34.07 
 
 		 257 aa  59.7  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.336937  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1874  transcriptional regulator, XRE family  33 
 
 		 267 aa  60.1  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  42.86 
 
 		 288 aa  58.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1626  hypothetical protein  41.54 
 
 		 262 aa  57.8  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.55 
 
 		 292 aa  57.8  0.00000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 292 aa  57  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0098  hypothetical protein  44.93 
 
 		 255 aa  57  0.00000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0255741  hitchhiker  0.000835874 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  46.77 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  41.94 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  39.06 
 
 		 288 aa  56.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  43.75 
 
 		 295 aa  55.8  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1835  helix-turn-helix domain protein  45.9 
 
 		 284 aa  55.5  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.660299  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  42.19 
 
 		 288 aa  55.1  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  44.12 
 
 		 287 aa  55.1  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 288 aa  54.7  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 296 aa  54.7  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1414  transcriptional regulator, XRE family  32 
 
 		 268 aa  54.3  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0188268  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  46.15 
 
 		 301 aa  54.3  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0089  hypothetical protein  41.38 
 
 		 276 aa  54.3  0.0000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  35.85 
 
 		 278 aa  54.3  0.0000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  45.31 
 
 		 280 aa  53.5  0.0000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  42.19 
 
 		 295 aa  53.9  0.0000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0488  transcriptional regulator, XRE family  35.16 
 
 		 267 aa  53.9  0.0000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  42.31 
 
 		 302 aa  53.9  0.0000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  46.77 
 
 		 283 aa  53.1  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  45.76 
 
 		 308 aa  53.5  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  39.68 
 
 		 292 aa  53.1  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.46 
 
 		 279 aa  52.4  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  40.32 
 
 		 285 aa  52.4  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4505  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 262 aa  52.8  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.832195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  47.06 
 
 		 299 aa  52.4  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6457  putative transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 175 aa  52.4  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.551525  normal  0.0109923 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  38.1 
 
 		 303 aa  52  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  43.75 
 
 		 280 aa  52  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.87 
 
 		 281 aa  51.2  0.000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3931  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 		 253 aa  51.2  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  38.1 
 
 		 296 aa  50.8  0.000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 287 aa  50.8  0.000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1231  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 268 aa  50.8  0.000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0892392  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2542  putative transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 277 aa  50.4  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 285 aa  50.4  0.000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 301 aa  50.1  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2449  helix-turn-helix domain-containing protein  40.62 
 
 		 293 aa  49.7  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17027  normal  0.257338 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  40.98 
 
 		 284 aa  49.7  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  39.39 
 
 		 290 aa  50.1  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4236  helix-turn-helix domain-containing protein  31.11 
 
 		 270 aa  49.3  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.359637 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2309  transcriptional regulator, XRE family  32.22 
 
 		 256 aa  48.9  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4136  transcriptional regulator, XRE family  30.59 
 
 		 259 aa  48.9  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  33.33 
 
 		 294 aa  49.3  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  39.06 
 
 		 276 aa  49.3  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1651  transcriptional regulator, XRE family  26 
 
 		 272 aa  48.9  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.115849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3658  hypothetical protein  39.51 
 
 		 245 aa  48.1  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.877155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1433  hypothetical protein  38.27 
 
 		 254 aa  48.1  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.669776  hitchhiker  0.000487487 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2602  helix-turn-helix domain-containing protein  30.85 
 
 		 295 aa  48.1  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0577635  normal  0.0482464 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4086  transcriptional regulator, XRE family  33.71 
 
 		 272 aa  47.8  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 291 aa  47.4  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 284 aa  47.4  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  39.66 
 
 		 284 aa  47.4  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2688  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 		 270 aa  47.4  0.00008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00295053  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 282 aa  47  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.62 
 
 		 278 aa  47  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1898  hypothetical protein  45.83 
 
 		 252 aa  46.6  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.414161  normal  0.243648 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3010  hypothetical protein  34.57 
 
 		 169 aa  46.6  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20620  Helix-turn-helix protein  39.47 
 
 		 281 aa  46.6  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0588198  normal  0.440077 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4158  hypothetical protein  48.98 
 
 		 212 aa  46.6  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  38.33 
 
 		 283 aa  46.2  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.33 
 
 		 284 aa  45.8  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  42.62 
 
 		 293 aa  45.8  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.61958  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0520  helix-turn-helix domain protein  40.32 
 
 		 285 aa  46.2  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4415  helix-turn-helix domain-containing protein  36.49 
 
 		 283 aa  45.8  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  41.07 
 
 		 281 aa  45.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  36.67 
 
 		 410 aa  45.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7764  hypothetical protein  41.82 
 
 		 217 aa  44.7  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  41.07 
 
 		 281 aa  44.7  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 287 aa  44.3  0.0006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1349  hypothetical protein  35.14 
 
 		 293 aa  43.9  0.0008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.426132  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>