194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3658 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_3658  hypothetical protein  100 
 
 		 245 aa  489  1e-137  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.877155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1433  hypothetical protein  95.57 
 
 		 254 aa  387  1e-106  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.669776  hitchhiker  0.000487487 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1378  hypothetical protein  61.08 
 
 		 255 aa  252  5.000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.508501  hitchhiker  0.00296839 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1415  hypothetical protein  60.59 
 
 		 255 aa  249  3e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0574374 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1898  hypothetical protein  54 
 
 		 252 aa  205  4e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.414161  normal  0.243648 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0102  hypothetical protein  50.99 
 
 		 255 aa  192  4e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0098  hypothetical protein  53.47 
 
 		 255 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0255741  hitchhiker  0.000835874 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3010  hypothetical protein  60.61 
 
 		 169 aa  157  1e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4868  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  52.94 
 
 		 269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0639407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1787  helix-turn-helix domain-containing protein  46.67 
 
 		 265 aa  118  7.999999999999999e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00189431 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3358  hypothetical protein  43.15 
 
 		 274 aa  105  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0307286  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2127  helix-turn-helix domain-containing protein  42.96 
 
 		 268 aa  102  7e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0935212  normal  0.339255 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2542  putative transcriptional regulator, XRE family  47.01 
 
 		 277 aa  102  7e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4780  hypothetical protein  38.51 
 
 		 269 aa  102  7e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0926  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 265 aa  101  9e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4236  helix-turn-helix domain-containing protein  35.43 
 
 		 270 aa  101  1e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.359637 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4505  helix-turn-helix domain-containing protein  40.94 
 
 		 262 aa  99.4  5e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.832195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  42.22 
 
 		 289 aa  97.4  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 296 aa  97.4  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 288 aa  95.1  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7764  hypothetical protein  38.51 
 
 		 217 aa  94.7  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  31.67 
 
 		 285 aa  94  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0488  transcriptional regulator, XRE family  41.13 
 
 		 267 aa  93.6  3e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  40.28 
 
 		 287 aa  93.6  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  39.85 
 
 		 291 aa  92.4  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  40.44 
 
 		 283 aa  92  7e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  31.69 
 
 		 288 aa  91.7  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  31.35 
 
 		 288 aa  91.3  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  32.21 
 
 		 285 aa  90.9  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4086  transcriptional regulator, XRE family  38.36 
 
 		 272 aa  90.1  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1414  transcriptional regulator, XRE family  32.63 
 
 		 268 aa  89  6e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0188268  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  32.52 
 
 		 293 aa  89  7e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1651  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 272 aa  88.2  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.115849  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  29.47 
 
 		 287 aa  88.2  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  40.15 
 
 		 280 aa  88.2  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1874  transcriptional regulator, XRE family  37.06 
 
 		 267 aa  88.2  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5040  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 274 aa  87  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.727846 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  39.39 
 
 		 280 aa  87.4  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  42.31 
 
 		 288 aa  87  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1248  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.64 
 
 		 267 aa  86.7  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  33.33 
 
 		 294 aa  86.7  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  37.78 
 
 		 290 aa  86.7  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  32.86 
 
 		 286 aa  86.3  4e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  33.5 
 
 		 285 aa  85.9  5e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  35.56 
 
 		 276 aa  85.5  6e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  33.98 
 
 		 281 aa  85.5  7e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4907  helix-turn-helix domain-containing protein  36.03 
 
 		 271 aa  85.1  8e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.460606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  30.14 
 
 		 289 aa  85.5  8e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  32.45 
 
 		 283 aa  85.5  8e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  39.55 
 
 		 278 aa  85.1  9e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1656  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.04 
 
 		 267 aa  84.7  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 292 aa  84.7  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  37.78 
 
 		 284 aa  84.7  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  37.04 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2688  transcriptional regulator, XRE family  35.78 
 
 		 270 aa  84  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00295053  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5038  helix-turn-helix domain protein  32.84 
 
 		 287 aa  84.3  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  37.86 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.3 
 
 		 284 aa  82.4  0.000000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  32.71 
 
 		 281 aa  81.6  0.000000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0644  helix-turn-helix domain-containing protein  34.48 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3781  transcriptional regulator, XRE family  45.3 
 
 		 279 aa  81.6  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2542  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 269 aa  81.6  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000099187  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1231  transcriptional regulator, XRE family  32.99 
 
 		 268 aa  80.9  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0892392  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  36.57 
 
 		 284 aa  80.1  0.00000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  35.56 
 
 		 288 aa  79.7  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 293 aa  79.3  0.00000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 291 aa  79  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  38.81 
 
 		 301 aa  78.6  0.00000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.57 
 
 		 281 aa  78.2  0.0000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4245  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 288 aa  78.6  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.116487 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  37.86 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6434  helix-turn-helix domain protein  34.62 
 
 		 279 aa  77.8  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.147514  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  34.07 
 
 		 292 aa  77.4  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  32.04 
 
 		 282 aa  77.4  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5446  helix-turn-helix domain protein  34.46 
 
 		 270 aa  76.6  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.284222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  33.54 
 
 		 282 aa  76.6  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  37.78 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2769  transcriptional regulator, XRE family  31.41 
 
 		 271 aa  76.3  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.310894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36600  Helix-turn-helix protein  35.81 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0503658  normal  0.196065 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4158  hypothetical protein  37.6 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1351  putative DNA-binding protein  32.77 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298494  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  35.38 
 
 		 303 aa  75.5  0.0000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  35.71 
 
 		 301 aa  75.5  0.0000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.33 
 
 		 292 aa  75.1  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  34.85 
 
 		 410 aa  74.7  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  36.62 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  38.06 
 
 		 287 aa  73.6  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  39.39 
 
 		 286 aa  73.6  0.000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  39.69 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4415  helix-turn-helix domain-containing protein  26.92 
 
 		 283 aa  72.8  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241665  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  36.57 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  33.57 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20620  Helix-turn-helix protein  29.9 
 
 		 281 aa  72.4  0.000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0588198  normal  0.440077 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  32.64 
 
 		 287 aa  72  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0520  helix-turn-helix domain protein  35.38 
 
 		 285 aa  72  0.000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 278 aa  72  0.000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  36.92 
 
 		 284 aa  72  0.000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0707  hypothetical protein  46.24 
 
 		 149 aa  71.6  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2309  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 		 256 aa  71.6  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  35.88 
 
 		 286 aa  71.2  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0178303  normal  0.0304655 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>