188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5038 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_5038  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 287 aa  573  1.0000000000000001e-162  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1479  hypothetical protein  40.62 
 
 		 284 aa  187  1e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0107  helix-turn-helix domain protein  38.33 
 
 		 297 aa  168  9e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6373  hypothetical protein  35.71 
 
 		 286 aa  141  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  36.43 
 
 		 293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  35.19 
 
 		 291 aa  134  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 		 291 aa  133  3.9999999999999996e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 293 aa  132  6.999999999999999e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  32.36 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  34.93 
 
 		 410 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.11 
 
 		 281 aa  127  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  35 
 
 		 283 aa  127  3e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  33.44 
 
 		 328 aa  126  4.0000000000000003e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  32.03 
 
 		 284 aa  126  5e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  33.81 
 
 		 292 aa  126  5e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 		 282 aa  125  9e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  32.28 
 
 		 283 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.33 
 
 		 279 aa  124  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  33.7 
 
 		 287 aa  123  4e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  32.71 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  33.94 
 
 		 291 aa  120  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  32.6 
 
 		 303 aa  119  7e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  31.3 
 
 		 285 aa  119  7.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  31.54 
 
 		 285 aa  118  9e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0090  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.32 
 
 		 283 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  34.2 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 286 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1835  helix-turn-helix domain protein  32.49 
 
 		 284 aa  115  8.999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.660299  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  30.74 
 
 		 290 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  32.1 
 
 		 276 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.56 
 
 		 292 aa  113  3e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  35.71 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  32.09 
 
 		 303 aa  112  9e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  30.39 
 
 		 285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  29 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0520  helix-turn-helix domain protein  31.6 
 
 		 285 aa  109  5e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4158  hypothetical protein  38.33 
 
 		 212 aa  109  5e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  31.54 
 
 		 288 aa  109  5e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  32.17 
 
 		 282 aa  108  7.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  32.86 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  28.99 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  34.08 
 
 		 280 aa  108  1e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36600  Helix-turn-helix protein  32.65 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0503658  normal  0.196065 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.97 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  31.16 
 
 		 287 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  34.27 
 
 		 280 aa  105  6e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.57 
 
 		 284 aa  104  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  31.03 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  32.46 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36660  predicted transcriptional regulator with C-terminal CBS domains  30.45 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0372485  normal  0.380414 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20620  Helix-turn-helix protein  31.88 
 
 		 281 aa  105  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0588198  normal  0.440077 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  30.25 
 
 		 281 aa  104  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5233  hypothetical protein  33.86 
 
 		 272 aa  103  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.610741  normal  0.357314 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1626  hypothetical protein  33.33 
 
 		 262 aa  103  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  27.99 
 
 		 287 aa  103  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4245  transcriptional regulator, XRE family  30.24 
 
 		 288 aa  102  6e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.116487 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  30.95 
 
 		 288 aa  102  7e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  30.34 
 
 		 286 aa  102  9e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0178303  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  30.42 
 
 		 287 aa  101  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0234  helix-turn-helix domain-containing protein  31.34 
 
 		 285 aa  101  1e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  32.48 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  31.07 
 
 		 287 aa  100  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  32.97 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  32.12 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  28.11 
 
 		 284 aa  99.8  5e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  29.66 
 
 		 284 aa  99.4  6e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  30.47 
 
 		 296 aa  99  9e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1248  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.12 
 
 		 267 aa  98.2  1e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  29.96 
 
 		 278 aa  97.8  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0414  helix-turn-helix domain protein  32.58 
 
 		 284 aa  97.4  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0254314  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1944  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 		 279 aa  97.8  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  30.04 
 
 		 294 aa  97.4  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  33.7 
 
 		 281 aa  95.9  6e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  31.37 
 
 		 301 aa  95.9  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4681  transcriptional regulator, XRE family  30.99 
 
 		 278 aa  95.1  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.52911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5407  hypothetical protein  32.51 
 
 		 272 aa  95.5  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.186042 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12010  predicted transcription factor, MBF1 like protein  28.99 
 
 		 284 aa  94.7  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14260  Helix-turn-helix protein  30 
 
 		 291 aa  95.1  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  31.66 
 
 		 278 aa  94.4  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 278 aa  93.6  3e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1133  helix-turn-helix domain-containing protein  29.45 
 
 		 291 aa  92.8  6e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.924131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0644  helix-turn-helix domain-containing protein  29.5 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 282 aa  90.5  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  30.66 
 
 		 287 aa  90.1  4e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1351  putative DNA-binding protein  29.35 
 
 		 299 aa  89.4  7e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298494  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3358  hypothetical protein  33.33 
 
 		 274 aa  88.6  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0307286  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4567  hypothetical protein  27.09 
 
 		 264 aa  88.2  1e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.266381 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  28.57 
 
 		 310 aa  88.2  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4907  helix-turn-helix domain-containing protein  31.45 
 
 		 271 aa  87.8  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.460606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4415  helix-turn-helix domain-containing protein  25.45 
 
 		 283 aa  87.4  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0902  helix-turn-helix domain protein  28.42 
 
 		 292 aa  86.7  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.579826  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0264  helix-turn-helix domain protein  29.43 
 
 		 314 aa  86.3  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0859021  normal  0.68216 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1656  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.5 
 
 		 267 aa  85.1  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1944  helix-turn-helix domain protein  27.62 
 
 		 293 aa  85.5  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00923208  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  27.6 
 
 		 290 aa  85.1  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4780  hypothetical protein  35 
 
 		 269 aa  85.5  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>