193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_5053 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 310 aa  629  1e-179  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  58.9 
 
 		 303 aa  350  2e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  53.17 
 
 		 288 aa  299  3e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  56.41 
 
 		 292 aa  296  3e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 288 aa  294  1e-78  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  55.81 
 
 		 290 aa  291  1e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  52.88 
 
 		 303 aa  287  2e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  52.33 
 
 		 295 aa  285  7e-76  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  50.18 
 
 		 276 aa  284  1.0000000000000001e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  51.59 
 
 		 288 aa  283  3.0000000000000004e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  51.97 
 
 		 295 aa  281  8.000000000000001e-75  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  52.46 
 
 		 300 aa  280  2e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  51.23 
 
 		 296 aa  279  4e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  50.89 
 
 		 288 aa  278  8e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  54.26 
 
 		 288 aa  276  4e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  51.88 
 
 		 294 aa  272  4.0000000000000004e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  54.09 
 
 		 299 aa  267  1e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  50.36 
 
 		 285 aa  266  2e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  54.44 
 
 		 287 aa  265  8e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  51.92 
 
 		 301 aa  263  2e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  52.21 
 
 		 302 aa  263  3e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  50.71 
 
 		 296 aa  261  8.999999999999999e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0030  helix-turn-helix domain protein  48.79 
 
 		 302 aa  254  9e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.96 
 
 		 292 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  53.38 
 
 		 308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  47.7 
 
 		 290 aa  243  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  49.12 
 
 		 301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  45.23 
 
 		 287 aa  226  4e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 292 aa  209  5e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  45.39 
 
 		 283 aa  208  1e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  44.94 
 
 		 289 aa  207  2e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0520  helix-turn-helix domain protein  40.07 
 
 		 285 aa  202  5e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 291 aa  192  7e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 293 aa  189  4e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  41.72 
 
 		 296 aa  186  5e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  38.06 
 
 		 293 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  38.24 
 
 		 285 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  39.62 
 
 		 283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  37.32 
 
 		 287 aa  172  5e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  38.73 
 
 		 282 aa  166  5.9999999999999996e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  37.81 
 
 		 287 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2602  helix-turn-helix domain-containing protein  35.89 
 
 		 295 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0577635  normal  0.0482464 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 278 aa  154  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  36.75 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 284 aa  154  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  36.46 
 
 		 410 aa  150  2e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 278 aa  150  4e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2449  helix-turn-helix domain-containing protein  33.9 
 
 		 293 aa  149  6e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17027  normal  0.257338 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  35.23 
 
 		 289 aa  149  6e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  36.26 
 
 		 280 aa  149  7e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  35.03 
 
 		 291 aa  149  8e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  37.01 
 
 		 278 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  36.64 
 
 		 280 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 291 aa  145  6e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  32.73 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  34.88 
 
 		 287 aa  138  8.999999999999999e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.04 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 		 281 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  36.4 
 
 		 293 aa  136  6.0000000000000005e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.61958  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1349  hypothetical protein  35.52 
 
 		 293 aa  134  9.999999999999999e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.426132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0644  helix-turn-helix domain-containing protein  31.93 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 282 aa  133  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  29.75 
 
 		 328 aa  132  6e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  34.74 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  34.95 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  33.69 
 
 		 285 aa  129  5.0000000000000004e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0089  hypothetical protein  35.42 
 
 		 276 aa  129  6e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.81 
 
 		 281 aa  129  6e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  34.13 
 
 		 284 aa  125  8.000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  35.48 
 
 		 281 aa  124  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4681  transcriptional regulator, XRE family  31.1 
 
 		 278 aa  123  3e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.52911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.7 
 
 		 279 aa  123  4e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1835  helix-turn-helix domain protein  30.63 
 
 		 284 aa  122  9e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.660299  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8469  transcriptional regulator, XRE family  32.4 
 
 		 319 aa  122  9e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.487946 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.34 
 
 		 284 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0234  helix-turn-helix domain-containing protein  32.63 
 
 		 285 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6444  putative transcriptional regulator, XRE family  33.69 
 
 		 380 aa  119  6e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.504715  normal  0.0391985 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  33.94 
 
 		 286 aa  118  9.999999999999999e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0178303  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  33.1 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1005  transcriptional regulator, XRE family  33.22 
 
 		 309 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36660  predicted transcriptional regulator with C-terminal CBS domains  30.8 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0372485  normal  0.380414 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0512  helix-turn-helix domain-containing protein  33.59 
 
 		 270 aa  117  3e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.89469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0090  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.6 
 
 		 283 aa  116  5e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  33.94 
 
 		 286 aa  115  6e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4270  helix-turn-helix domain protein  39.68 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3358  hypothetical protein  34.44 
 
 		 274 aa  112  6e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0307286  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  32.18 
 
 		 286 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2542  putative transcriptional regulator, XRE family  31.77 
 
 		 277 aa  111  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4578  transcriptional regulator, XRE family  30.66 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4245  transcriptional regulator, XRE family  31.71 
 
 		 288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.116487 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0264  helix-turn-helix domain protein  39.9 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0859021  normal  0.68216 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3648  transcriptional regulator, XRE family  31.54 
 
 		 283 aa  109  7.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.783622  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  33.46 
 
 		 282 aa  109  7.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1626  hypothetical protein  33.19 
 
 		 262 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1351  putative DNA-binding protein  31.87 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298494  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0902  helix-turn-helix domain protein  34.42 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.579826  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1656  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.46 
 
 		 267 aa  106  6e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4158  hypothetical protein  40.37 
 
 		 212 aa  105  8e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0442  helix-turn-helix domain protein  31.07 
 
 		 284 aa  105  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>