199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0398 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  100 
 
 		 296 aa  600  1.0000000000000001e-171  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2602  helix-turn-helix domain-containing protein  45.71 
 
 		 295 aa  265  8e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0577635  normal  0.0482464 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2449  helix-turn-helix domain-containing protein  46.64 
 
 		 293 aa  256  4e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17027  normal  0.257338 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  44.79 
 
 		 293 aa  245  8e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.61958  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1349  hypothetical protein  44.44 
 
 		 293 aa  244  9.999999999999999e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.426132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 292 aa  221  9.999999999999999e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  43.01 
 
 		 283 aa  217  2e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  43.6 
 
 		 289 aa  214  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  43.75 
 
 		 287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 288 aa  207  1e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  41.22 
 
 		 290 aa  206  5e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 293 aa  205  7e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  41.64 
 
 		 288 aa  204  1e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  39.93 
 
 		 288 aa  204  2e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  43.31 
 
 		 293 aa  202  5e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  41.32 
 
 		 288 aa  201  9e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  41.46 
 
 		 292 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0644  helix-turn-helix domain-containing protein  40.56 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  40.14 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  39.86 
 
 		 410 aa  197  1.0000000000000001e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  39.86 
 
 		 303 aa  193  2e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  44.36 
 
 		 295 aa  192  5e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  41.87 
 
 		 291 aa  191  9e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  43.98 
 
 		 295 aa  190  2e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  41.15 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  38.93 
 
 		 278 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  39.5 
 
 		 287 aa  189  4e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  40.07 
 
 		 288 aa  188  8e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 296 aa  186  4e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  41.72 
 
 		 310 aa  186  4e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  38.33 
 
 		 285 aa  186  5e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  37.89 
 
 		 302 aa  186  5e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.72 
 
 		 292 aa  185  9e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  39.41 
 
 		 285 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  40.28 
 
 		 280 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  39.44 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  41.03 
 
 		 299 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  42.22 
 
 		 283 aa  181  9.000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  37.59 
 
 		 291 aa  181  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  39.11 
 
 		 280 aa  181  2e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  39.31 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  39.93 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 282 aa  178  1e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  38.2 
 
 		 284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  38.43 
 
 		 290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  37.5 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  38.1 
 
 		 278 aa  168  8e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  36.76 
 
 		 276 aa  169  8e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0234  helix-turn-helix domain-containing protein  35.99 
 
 		 285 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  39.44 
 
 		 282 aa  165  6.9999999999999995e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  36.1 
 
 		 287 aa  165  8e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  37.1 
 
 		 287 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  37.65 
 
 		 284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 278 aa  163  3e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  35.13 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1835  helix-turn-helix domain protein  35.19 
 
 		 284 aa  161  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.660299  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  34.62 
 
 		 308 aa  159  7e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.5 
 
 		 278 aa  157  1e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4751  helix-turn-helix domain-containing protein  34.35 
 
 		 276 aa  157  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0264271  normal  0.0594951 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.72 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 282 aa  154  1e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0030  helix-turn-helix domain protein  36.18 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  34.93 
 
 		 287 aa  154  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  34.5 
 
 		 291 aa  152  4e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0090  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.96 
 
 		 283 aa  151  1e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  34.23 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0512  helix-turn-helix domain-containing protein  38.55 
 
 		 270 aa  150  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.89469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  35.44 
 
 		 328 aa  149  4e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.96 
 
 		 281 aa  149  6e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  36.33 
 
 		 284 aa  147  3e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  34.98 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1626  hypothetical protein  36.86 
 
 		 262 aa  143  3e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1944  transcriptional regulator, XRE family  33.1 
 
 		 279 aa  141  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  33.93 
 
 		 282 aa  140  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  35.22 
 
 		 281 aa  139  7.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0520  helix-turn-helix domain protein  31.67 
 
 		 285 aa  139  7.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0089  hypothetical protein  36.51 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.51 
 
 		 279 aa  135  8e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  31.41 
 
 		 291 aa  135  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0442  helix-turn-helix domain protein  34.02 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8469  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 319 aa  132  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.487946 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4987  transcriptional regulator, XRE family  31.11 
 
 		 285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.815997  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6434  helix-turn-helix domain protein  30.24 
 
 		 279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.147514  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0579  transcriptional regulator, XRE family  34.55 
 
 		 290 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0574085  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  32.07 
 
 		 285 aa  129  7.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  33.45 
 
 		 286 aa  125  9e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4270  helix-turn-helix domain protein  34.38 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  32.74 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0178303  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1005  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  35.68 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  34.01 
 
 		 281 aa  121  9.999999999999999e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0264  helix-turn-helix domain protein  33.1 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0859021  normal  0.68216 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4158  hypothetical protein  36.02 
 
 		 212 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2091  hypothetical protein  31.92 
 
 		 273 aa  120  3.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.167193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3358  hypothetical protein  38.97 
 
 		 274 aa  119  4.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0307286  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36660  predicted transcriptional regulator with C-terminal CBS domains  29.25 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0372485  normal  0.380414 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1351  putative DNA-binding protein  30.3 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298494  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36600  Helix-turn-helix protein  29.58 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0503658  normal  0.196065 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4415  helix-turn-helix domain-containing protein  32.64 
 
 		 283 aa  115  6.9999999999999995e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241665  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>