203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1780 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  582  1.0000000000000001e-165  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  60.22 
 
 		 289 aa  319  3e-86  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  54.74 
 
 		 301 aa  314  9.999999999999999e-85  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  58.15 
 
 		 287 aa  304  1.0000000000000001e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  51.14 
 
 		 292 aa  275  6e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 288 aa  273  3e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  52.09 
 
 		 288 aa  268  1e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  52.27 
 
 		 285 aa  266  4e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  51.77 
 
 		 300 aa  266  4e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  47.08 
 
 		 288 aa  266  4e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  51.09 
 
 		 288 aa  259  3e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  47.39 
 
 		 285 aa  259  4e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  46.18 
 
 		 303 aa  258  1e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  52.63 
 
 		 295 aa  255  7e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  45.26 
 
 		 296 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  50.94 
 
 		 303 aa  253  2.0000000000000002e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  48.28 
 
 		 288 aa  253  4.0000000000000004e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  49.04 
 
 		 290 aa  252  6e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45.07 
 
 		 292 aa  251  1e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  50.55 
 
 		 295 aa  250  2e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  49.81 
 
 		 296 aa  248  8e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  46.76 
 
 		 294 aa  247  2e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  50.18 
 
 		 299 aa  246  3e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  47.52 
 
 		 283 aa  243  1.9999999999999999e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  46.24 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  44.17 
 
 		 291 aa  238  1e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  47.1 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  49.22 
 
 		 276 aa  237  2e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  45.86 
 
 		 308 aa  235  7e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  43.46 
 
 		 296 aa  229  3e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  44.79 
 
 		 287 aa  229  3e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  43.62 
 
 		 410 aa  228  1e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  46.01 
 
 		 290 aa  228  1e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  45.45 
 
 		 282 aa  223  3e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  43.11 
 
 		 284 aa  223  4e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  44.29 
 
 		 310 aa  223  4e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  44.44 
 
 		 287 aa  221  9.999999999999999e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  45.09 
 
 		 289 aa  219  3.9999999999999997e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  43.77 
 
 		 291 aa  219  3.9999999999999997e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 293 aa  218  7e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 		 282 aa  216  2.9999999999999998e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  42.91 
 
 		 291 aa  216  4e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0520  helix-turn-helix domain protein  41.96 
 
 		 285 aa  215  5e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  43.75 
 
 		 293 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  44 
 
 		 287 aa  208  9e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  42.7 
 
 		 287 aa  207  2e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  41.85 
 
 		 283 aa  206  3e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  46.07 
 
 		 278 aa  205  8e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  45.45 
 
 		 284 aa  204  1e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2602  helix-turn-helix domain-containing protein  38.78 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0577635  normal  0.0482464 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  46.57 
 
 		 278 aa  203  2e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2449  helix-turn-helix domain-containing protein  41.84 
 
 		 293 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17027  normal  0.257338 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  44.24 
 
 		 281 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0030  helix-turn-helix domain protein  41.11 
 
 		 302 aa  193  2e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  37.02 
 
 		 328 aa  193  3e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  43.06 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.93 
 
 		 284 aa  192  6e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4681  transcriptional regulator, XRE family  39.63 
 
 		 278 aa  192  7e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.52911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  40.29 
 
 		 291 aa  190  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.59 
 
 		 281 aa  189  5e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  41.22 
 
 		 284 aa  189  5e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 282 aa  189  5.999999999999999e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 278 aa  187  2e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  39.85 
 
 		 278 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 287 aa  181  9.000000000000001e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  42.45 
 
 		 281 aa  181  9.000000000000001e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0644  helix-turn-helix domain-containing protein  38.64 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  40.81 
 
 		 280 aa  176  3e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  39.64 
 
 		 293 aa  176  3e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.61958  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  40.44 
 
 		 280 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1835  helix-turn-helix domain protein  38.67 
 
 		 284 aa  171  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.660299  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.4 
 
 		 279 aa  171  2e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1349  hypothetical protein  37.59 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.426132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0089  hypothetical protein  43.67 
 
 		 276 aa  169  7e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0234  helix-turn-helix domain-containing protein  38.11 
 
 		 285 aa  168  8e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0090  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.31 
 
 		 283 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4567  hypothetical protein  38.31 
 
 		 264 aa  162  6e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.266381 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 286 aa  162  8.000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1944  transcriptional regulator, XRE family  35.97 
 
 		 279 aa  161  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4415  helix-turn-helix domain-containing protein  35.13 
 
 		 283 aa  160  2e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4158  hypothetical protein  46.11 
 
 		 212 aa  159  4e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  37.64 
 
 		 285 aa  159  5e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0512  helix-turn-helix domain-containing protein  36.74 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.89469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  37.15 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  39.27 
 
 		 286 aa  155  5.0000000000000005e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0178303  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  33.1 
 
 		 282 aa  155  6e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  38.87 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3648  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 		 283 aa  154  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.783622  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1626  hypothetical protein  38.63 
 
 		 262 aa  152  5e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4578  transcriptional regulator, XRE family  37.3 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4987  transcriptional regulator, XRE family  34.28 
 
 		 285 aa  149  6e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.815997  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1479  hypothetical protein  38.46 
 
 		 284 aa  148  9e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4245  transcriptional regulator, XRE family  34.04 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.116487 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6434  helix-turn-helix domain protein  36.1 
 
 		 279 aa  144  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.147514  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8469  transcriptional regulator, XRE family  37.76 
 
 		 319 aa  143  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.487946 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36660  predicted transcriptional regulator with C-terminal CBS domains  34.64 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0372485  normal  0.380414 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6444  putative transcriptional regulator, XRE family  37.12 
 
 		 380 aa  143  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.504715  normal  0.0391985 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5038  helix-turn-helix domain protein  34.28 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0414  helix-turn-helix domain protein  34.41 
 
 		 284 aa  139  3.9999999999999997e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0254314  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0902  helix-turn-helix domain protein  35.52 
 
 		 292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.579826  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>