195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0644 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_0644  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 
297 aa  603  9.999999999999999e-173  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2602  helix-turn-helix domain-containing protein  41.55 
 
 
295 aa  210  2e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0577635  normal  0.0482464 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  40.42 
 
 
296 aa  206  4e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  41.41 
 
 
293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.61958  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1349  hypothetical protein  40.07 
 
 
293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.426132  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2449  helix-turn-helix domain-containing protein  39.39 
 
 
293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17027  normal  0.257338 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  40.59 
 
 
290 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  36.59 
 
 
287 aa  178  1e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  40.2 
 
 
292 aa  174  9.999999999999999e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  38.38 
 
 
294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  36.3 
 
 
303 aa  169  4e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  36.55 
 
 
285 aa  169  5e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  37.45 
 
 
292 aa  169  5e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  35.76 
 
 
283 aa  169  5e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  37.55 
 
 
288 aa  168  9e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  36.61 
 
 
288 aa  168  9e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  38.1 
 
 
280 aa  167  2e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  38.04 
 
 
288 aa  166  5.9999999999999996e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 
293 aa  165  9e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  36.4 
 
 
293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  37.73 
 
 
280 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  37.41 
 
 
296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  36.52 
 
 
285 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  38.23 
 
 
287 aa  162  7e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  36.3 
 
 
289 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  35.15 
 
 
301 aa  160  3e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  36.43 
 
 
278 aa  159  7e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  34.35 
 
 
288 aa  158  1e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  36.18 
 
 
303 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  34.13 
 
 
288 aa  156  3e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  34.69 
 
 
302 aa  155  6e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  34.35 
 
 
287 aa  154  1e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  35.37 
 
 
296 aa  154  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  34.59 
 
 
300 aa  154  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  34.77 
 
 
283 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  36.52 
 
 
289 aa  152  8e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  34.72 
 
 
282 aa  151  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  35.96 
 
 
410 aa  151  1e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  34.45 
 
 
291 aa  150  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  34.77 
 
 
291 aa  149  5e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  38.14 
 
 
301 aa  149  6e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  37.5 
 
 
295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  36.76 
 
 
295 aa  145  1e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.58 
 
 
281 aa  144  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.41 
 
 
284 aa  143  4e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  35.62 
 
 
299 aa  143  4e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  34.32 
 
 
278 aa  142  5e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  32.73 
 
 
286 aa  140  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  34.24 
 
 
301 aa  140  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  35.55 
 
 
276 aa  139  7.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  34.36 
 
 
282 aa  139  7.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  33.11 
 
 
291 aa  138  8.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  33.57 
 
 
284 aa  137  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  32.88 
 
 
287 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  32.17 
 
 
310 aa  136  4e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  33.58 
 
 
278 aa  136  5e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  31.74 
 
 
284 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  34.93 
 
 
308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 
282 aa  133  3e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.86 
 
 
278 aa  132  6e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  33.09 
 
 
284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.76 
 
 
292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  30.99 
 
 
328 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  34.18 
 
 
290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  30.88 
 
 
282 aa  130  3e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  32.98 
 
 
291 aa  129  8.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0090  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.85 
 
 
283 aa  127  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  33.11 
 
 
287 aa  125  9e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  33 
 
 
294 aa  125  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  33.08 
 
 
287 aa  124  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4751  helix-turn-helix domain-containing protein  31.03 
 
 
276 aa  122  7e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0264271  normal  0.0594951 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  32.17 
 
 
281 aa  122  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0234  helix-turn-helix domain-containing protein  32.06 
 
 
285 aa  120  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0442  helix-turn-helix domain protein  34.48 
 
 
284 aa  119  6e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  32.52 
 
 
281 aa  119  7.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1835  helix-turn-helix domain protein  31.6 
 
 
284 aa  118  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.660299  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8469  transcriptional regulator, XRE family  31 
 
 
319 aa  118  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.487946 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  31.12 
 
 
286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  31.12 
 
 
286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0178303  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1626  hypothetical protein  32.02 
 
 
262 aa  117  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0520  helix-turn-helix domain protein  31.44 
 
 
285 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4987  transcriptional regulator, XRE family  33.78 
 
 
285 aa  116  5e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.815997  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0512  helix-turn-helix domain-containing protein  30.04 
 
 
270 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.89469  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1479  hypothetical protein  30.58 
 
 
284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  33.61 
 
 
285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36600  Helix-turn-helix protein  30.74 
 
 
302 aa  114  3e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0503658  normal  0.196065 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1472  hypothetical protein  29.97 
 
 
287 aa  114  3e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.355759  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3648  transcriptional regulator, XRE family  31.03 
 
 
283 aa  112  7.000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.783622  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1944  helix-turn-helix domain protein  31.71 
 
 
293 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00923208  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0264  helix-turn-helix domain protein  30.83 
 
 
314 aa  108  7.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0859021  normal  0.68216 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4270  helix-turn-helix domain protein  34.4 
 
 
290 aa  108  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1133  helix-turn-helix domain-containing protein  29.57 
 
 
291 aa  107  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.924131  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3358  hypothetical protein  35.45 
 
 
274 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0307286  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4490  transcriptional regulator, XRE family  32.38 
 
 
284 aa  107  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  27.95 
 
 
291 aa  105  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0030  helix-turn-helix domain protein  32.2 
 
 
302 aa  104  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0488  transcriptional regulator, XRE family  31.75 
 
 
267 aa  104  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0632  helix-turn-helix domain-containing protein  28.22 
 
 
285 aa  103  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4681  transcriptional regulator, XRE family  29.5 
 
 
278 aa  103  4e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.52911  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27070  Helix-turn-helix protein  29.85 
 
 
295 aa  102  5e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>