195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3648 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3648  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 283 aa  580  1.0000000000000001e-165  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.783622  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  34.78 
 
 		 285 aa  154  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  33.82 
 
 		 288 aa  147  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  34.46 
 
 		 283 aa  143  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36660  predicted transcriptional regulator with C-terminal CBS domains  33.58 
 
 		 293 aa  139  3.9999999999999997e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0372485  normal  0.380414 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 292 aa  139  4.999999999999999e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  33.79 
 
 		 285 aa  139  6e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  34.56 
 
 		 287 aa  139  6e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  31.18 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1835  helix-turn-helix domain protein  32.62 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.660299  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  34.7 
 
 		 303 aa  136  3.0000000000000003e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  34.57 
 
 		 291 aa  136  5e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  33.81 
 
 		 287 aa  135  7.000000000000001e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  32.09 
 
 		 293 aa  135  9.999999999999999e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  34.08 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  33.33 
 
 		 294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  32.03 
 
 		 288 aa  132  9e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  35.25 
 
 		 284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  30.43 
 
 		 296 aa  128  9.000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.8 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4158  hypothetical protein  39.2 
 
 		 212 aa  126  3e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  32.85 
 
 		 299 aa  126  3e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  31.77 
 
 		 292 aa  126  5e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  30.69 
 
 		 290 aa  125  7e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  34.86 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 291 aa  123  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  34.39 
 
 		 284 aa  122  6e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0520  helix-turn-helix domain protein  31.88 
 
 		 285 aa  122  7e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  31.88 
 
 		 410 aa  120  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  31.62 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  32.06 
 
 		 282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  30.28 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  34.95 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  31.47 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  29.78 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.75 
 
 		 281 aa  116  3e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  31.23 
 
 		 283 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  29.97 
 
 		 289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  31.9 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0902  helix-turn-helix domain protein  34.16 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.579826  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0030  helix-turn-helix domain protein  33.09 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  32.06 
 
 		 282 aa  112  6e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30 
 
 		 284 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  32.8 
 
 		 278 aa  112  9e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  31.91 
 
 		 287 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36600  Helix-turn-helix protein  31.43 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0503658  normal  0.196065 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  30.23 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3358  hypothetical protein  31.91 
 
 		 274 aa  109  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0307286  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  31.54 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0644  helix-turn-helix domain-containing protein  31.03 
 
 		 297 aa  108  9.000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0090  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.52 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  29.14 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  31.11 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  30.25 
 
 		 287 aa  107  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  29.82 
 
 		 276 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  32.48 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  27.89 
 
 		 278 aa  105  8e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4987  transcriptional regulator, XRE family  30.47 
 
 		 285 aa  103  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.815997  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  31.18 
 
 		 282 aa  103  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8469  transcriptional regulator, XRE family  29.39 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.487946 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  29.35 
 
 		 291 aa  103  4e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4567  hypothetical protein  31.46 
 
 		 264 aa  103  5e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.266381 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  28.79 
 
 		 285 aa  102  7e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  29.54 
 
 		 287 aa  100  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4490  transcriptional regulator, XRE family  30.71 
 
 		 284 aa  100  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  31.62 
 
 		 284 aa  99.8  5e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2127  helix-turn-helix domain protein  35.44 
 
 		 287 aa  99.8  5e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1248  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.93 
 
 		 267 aa  99.4  6e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.47 
 
 		 278 aa  99  8e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4681  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 		 278 aa  99  8e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.52911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0977  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.26 
 
 		 282 aa  98.2  1e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.820681  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  29.29 
 
 		 296 aa  97.4  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0414  helix-turn-helix domain protein  30.25 
 
 		 284 aa  97.1  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0254314  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7002  transcriptional regulator, XRE family  30.42 
 
 		 288 aa  97.1  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  29.5 
 
 		 280 aa  95.5  8e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 282 aa  95.5  9e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  29.59 
 
 		 286 aa  93.2  5e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  27.11 
 
 		 308 aa  92.4  8e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  28.31 
 
 		 280 aa  91.7  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1479  hypothetical protein  31.65 
 
 		 284 aa  91.7  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32 
 
 		 279 aa  90.9  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0107  helix-turn-helix domain protein  29.59 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1656  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.04 
 
 		 267 aa  89.4  6e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1626  hypothetical protein  28.44 
 
 		 262 aa  89.4  6e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14260  Helix-turn-helix protein  27.44 
 
 		 291 aa  89  9e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0512  helix-turn-helix domain-containing protein  29.78 
 
 		 270 aa  88.2  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.89469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4751  helix-turn-helix domain-containing protein  30.67 
 
 		 276 aa  87  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0264271  normal  0.0594951 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4907  helix-turn-helix domain-containing protein  30.16 
 
 		 271 aa  87.4  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.460606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0442  helix-turn-helix domain protein  30.55 
 
 		 284 aa  86.7  4e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6434  helix-turn-helix domain protein  27.99 
 
 		 279 aa  86.7  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.147514  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  29.5 
 
 		 281 aa  86.3  5e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2602  helix-turn-helix domain-containing protein  27.01 
 
 		 295 aa  85.9  6e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0577635  normal  0.0482464 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2127  helix-turn-helix domain-containing protein  29.81 
 
 		 268 aa  85.1  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0935212  normal  0.339255 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5038  helix-turn-helix domain protein  28.73 
 
 		 287 aa  84.3  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>