197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0229 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  603  9.999999999999999e-173  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  71.23 
 
 		 287 aa  426  1e-118  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  54.74 
 
 		 292 aa  303  3.0000000000000004e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  52.63 
 
 		 289 aa  298  1e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  51.58 
 
 		 291 aa  286  2e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  50.35 
 
 		 292 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  50 
 
 		 283 aa  277  2e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  50.19 
 
 		 290 aa  273  3e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 288 aa  269  5e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  50.55 
 
 		 293 aa  268  8e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  52 
 
 		 300 aa  268  1e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  48.04 
 
 		 288 aa  267  2e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  50.55 
 
 		 293 aa  265  8.999999999999999e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  47.14 
 
 		 288 aa  262  4.999999999999999e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  45.96 
 
 		 285 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  48.21 
 
 		 288 aa  258  6e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  45.88 
 
 		 288 aa  257  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  45.23 
 
 		 285 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  48.85 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  44.96 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  45.79 
 
 		 296 aa  252  5.000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  51.46 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  49.11 
 
 		 301 aa  249  6e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  47.21 
 
 		 283 aa  246  2e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.13 
 
 		 292 aa  246  4.9999999999999997e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  46.93 
 
 		 295 aa  243  3e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  46.57 
 
 		 295 aa  242  6e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 296 aa  239  4e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  45.09 
 
 		 294 aa  237  2e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  46.05 
 
 		 308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  44.76 
 
 		 287 aa  234  2.0000000000000002e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  44.93 
 
 		 302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  44.06 
 
 		 287 aa  230  2e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  46.98 
 
 		 278 aa  229  3e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  45.02 
 
 		 282 aa  229  4e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  45.02 
 
 		 290 aa  225  6e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 278 aa  225  6e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  44.37 
 
 		 291 aa  222  6e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  40.94 
 
 		 296 aa  221  9.999999999999999e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  42.61 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  43.77 
 
 		 276 aa  219  3e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  43.07 
 
 		 284 aa  220  3e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0520  helix-turn-helix domain protein  43.82 
 
 		 285 aa  219  5e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  44.06 
 
 		 282 aa  219  6e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  42.09 
 
 		 291 aa  218  8.999999999999998e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  42.7 
 
 		 287 aa  217  2e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  46.32 
 
 		 301 aa  216  2e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  41.75 
 
 		 289 aa  214  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  44.28 
 
 		 287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 410 aa  210  2e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  41.96 
 
 		 291 aa  209  4e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2602  helix-turn-helix domain-containing protein  40.96 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0577635  normal  0.0482464 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  36.71 
 
 		 328 aa  207  2e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  43.21 
 
 		 284 aa  206  3e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  42.8 
 
 		 278 aa  205  8e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  43.73 
 
 		 280 aa  204  1e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  45.02 
 
 		 280 aa  205  1e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2449  helix-turn-helix domain-containing protein  41.52 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17027  normal  0.257338 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  41.81 
 
 		 284 aa  196  5.000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  40.82 
 
 		 281 aa  193  3e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.93 
 
 		 284 aa  193  4e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0030  helix-turn-helix domain protein  41.3 
 
 		 302 aa  191  9e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1349  hypothetical protein  39.93 
 
 		 293 aa  189  7e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.426132  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  37.63 
 
 		 287 aa  187  2e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0512  helix-turn-helix domain-containing protein  40.89 
 
 		 270 aa  186  3e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.89469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  40.42 
 
 		 293 aa  186  5e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.61958  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 282 aa  184  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  40.45 
 
 		 281 aa  179  4.999999999999999e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1835  helix-turn-helix domain protein  36.68 
 
 		 284 aa  178  1e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.660299  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 285 aa  175  9e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4987  transcriptional regulator, XRE family  35.25 
 
 		 285 aa  174  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.815997  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0234  helix-turn-helix domain-containing protein  39.86 
 
 		 285 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.47 
 
 		 279 aa  171  2e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  38.6 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8469  transcriptional regulator, XRE family  39.67 
 
 		 319 aa  166  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.487946 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4681  transcriptional regulator, XRE family  37.81 
 
 		 278 aa  166  5e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.52911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  39.26 
 
 		 281 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0442  helix-turn-helix domain protein  36.81 
 
 		 284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  34.66 
 
 		 282 aa  159  4e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1626  hypothetical protein  38.98 
 
 		 262 aa  159  5e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4270  helix-turn-helix domain protein  40.83 
 
 		 290 aa  159  6e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  38.21 
 
 		 286 aa  159  6e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0178303  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1944  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 279 aa  159  6e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  38.57 
 
 		 286 aa  157  2e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  36.64 
 
 		 286 aa  156  5.0000000000000005e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.59 
 
 		 278 aa  155  6e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0644  helix-turn-helix domain-containing protein  34.25 
 
 		 297 aa  155  7e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4415  helix-turn-helix domain-containing protein  34.51 
 
 		 283 aa  155  9e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0090  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.96 
 
 		 283 aa  154  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4578  transcriptional regulator, XRE family  36.05 
 
 		 290 aa  153  4e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0414  helix-turn-helix domain protein  36.1 
 
 		 284 aa  149  4e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0254314  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1005  transcriptional regulator, XRE family  36.33 
 
 		 309 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0579  transcriptional regulator, XRE family  38.73 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0574085  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1479  hypothetical protein  35.21 
 
 		 284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4245  transcriptional regulator, XRE family  36.14 
 
 		 288 aa  145  7.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.116487 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4158  hypothetical protein  42.86 
 
 		 212 aa  145  1e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3648  transcriptional regulator, XRE family  34.63 
 
 		 283 aa  142  5e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.783622  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1472  hypothetical protein  35.18 
 
 		 287 aa  142  8e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.355759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0632  helix-turn-helix domain-containing protein  32.03 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5038  helix-turn-helix domain protein  36.63 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>