129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_1542 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_1542  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 257 aa  519  1e-146  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.336937  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2309  transcriptional regulator, XRE family  55.08 
 
 		 256 aa  274  9e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4136  transcriptional regulator, XRE family  42.02 
 
 		 259 aa  199  3e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1089  transcriptional regulator, XRE family  39.92 
 
 		 258 aa  188  9e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.618021 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3931  transcriptional regulator, XRE family  42.02 
 
 		 253 aa  177  1e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5040  transcriptional regulator, XRE family  31.54 
 
 		 274 aa  101  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.727846 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1656  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.34 
 
 		 267 aa  89.7  4e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2542  putative transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 277 aa  87.4  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0926  helix-turn-helix domain-containing protein  30.92 
 
 		 265 aa  79.7  0.00000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2769  transcriptional regulator, XRE family  28.14 
 
 		 271 aa  79.7  0.00000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.310894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2127  helix-turn-helix domain-containing protein  27.94 
 
 		 268 aa  77  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0935212  normal  0.339255 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1248  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.62 
 
 		 267 aa  75.1  0.0000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1787  helix-turn-helix domain-containing protein  29.37 
 
 		 265 aa  75.1  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00189431 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1651  transcriptional regulator, XRE family  26.95 
 
 		 272 aa  72.4  0.000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.115849  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  32.98 
 
 		 288 aa  72.4  0.000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3358  hypothetical protein  27.18 
 
 		 274 aa  72  0.000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0307286  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1231  transcriptional regulator, XRE family  23.08 
 
 		 268 aa  70.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0892392  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4236  helix-turn-helix domain-containing protein  25.81 
 
 		 270 aa  67.8  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.359637 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0098  hypothetical protein  31.09 
 
 		 255 aa  67  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0255741  hitchhiker  0.000835874 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20620  Helix-turn-helix protein  27.72 
 
 		 281 aa  67.4  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0588198  normal  0.440077 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  29.49 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  26.23 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20570  Helix-turn-helix protein  27.53 
 
 		 289 aa  65.5  0.0000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.936379 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5446  helix-turn-helix domain protein  24.24 
 
 		 270 aa  64.7  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.284222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0488  transcriptional regulator, XRE family  28.24 
 
 		 267 aa  64.7  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2688  transcriptional regulator, XRE family  25.19 
 
 		 270 aa  63.9  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00295053  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0632  helix-turn-helix domain-containing protein  28.84 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1433  hypothetical protein  28.24 
 
 		 254 aa  61.2  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.669776  hitchhiker  0.000487487 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3365  helix-turn-helix domain-containing protein  30.36 
 
 		 286 aa  61.6  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818505 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  28.24 
 
 		 294 aa  61.6  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 284 aa  62  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  26.94 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  30.85 
 
 		 288 aa  60.1  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1128  hypothetical protein  34.07 
 
 		 102 aa  59.7  0.00000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00280699  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3658  hypothetical protein  29.22 
 
 		 245 aa  59.7  0.00000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.877155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  26.91 
 
 		 288 aa  59.7  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1874  transcriptional regulator, XRE family  28.34 
 
 		 267 aa  59.3  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 288 aa  59.3  0.00000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  29.01 
 
 		 310 aa  59.3  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1414  transcriptional regulator, XRE family  25.59 
 
 		 268 aa  58.9  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0188268  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  25.95 
 
 		 286 aa  58.9  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0102  hypothetical protein  30.26 
 
 		 255 aa  58.5  0.00000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12010  predicted transcription factor, MBF1 like protein  27.98 
 
 		 284 aa  58.5  0.00000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  31.72 
 
 		 290 aa  58.9  0.00000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2581  transcriptional regulator, XRE family  29.95 
 
 		 271 aa  58.5  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.012514 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  33.85 
 
 		 280 aa  57.4  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4567  hypothetical protein  30.1 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.266381 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  27.11 
 
 		 288 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4681  transcriptional regulator, XRE family  28.47 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.52911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  28.41 
 
 		 303 aa  57  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.05 
 
 		 281 aa  56.6  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2449  helix-turn-helix domain-containing protein  30.69 
 
 		 293 aa  56.6  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17027  normal  0.257338 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  26.57 
 
 		 308 aa  56.2  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  26.6 
 
 		 276 aa  56.2  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4415  helix-turn-helix domain-containing protein  27.33 
 
 		 283 aa  54.7  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  26.57 
 
 		 286 aa  55.1  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  27.21 
 
 		 281 aa  54.7  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  26.2 
 
 		 286 aa  54.7  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0178303  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  28.96 
 
 		 301 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0264  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.83 
 
 		 146 aa  54.7  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.269806  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4868  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  25.41 
 
 		 269 aa  54.7  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0639407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  24.24 
 
 		 410 aa  54.3  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  29.43 
 
 		 283 aa  53.9  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  27.38 
 
 		 292 aa  54.3  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 293 aa  53.5  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14260  Helix-turn-helix protein  24.9 
 
 		 291 aa  53.5  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2542  transcriptional regulator, XRE family  24.71 
 
 		 269 aa  53.5  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000099187  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3156  helix-turn-helix domain protein  24.12 
 
 		 272 aa  53.9  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.263344  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4780  hypothetical protein  27.89 
 
 		 269 aa  53.5  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1415  hypothetical protein  28.23 
 
 		 255 aa  53.1  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0574374 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  26.35 
 
 		 291 aa  53.1  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  27.8 
 
 		 285 aa  53.1  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  26.46 
 
 		 285 aa  52.8  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  28.11 
 
 		 291 aa  52.4  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  32.31 
 
 		 280 aa  52  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  31.58 
 
 		 278 aa  51.2  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1378  hypothetical protein  26.32 
 
 		 255 aa  50.4  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.508501  hitchhiker  0.00296839 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1479  hypothetical protein  27.56 
 
 		 284 aa  50.4  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0264  helix-turn-helix domain protein  27.43 
 
 		 314 aa  51.2  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0859021  normal  0.68216 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36660  predicted transcriptional regulator with C-terminal CBS domains  26.15 
 
 		 293 aa  50.8  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0372485  normal  0.380414 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  28.04 
 
 		 287 aa  50.8  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4245  transcriptional regulator, XRE family  33.03 
 
 		 288 aa  51.2  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.116487 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0977  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.8 
 
 		 282 aa  50.1  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.820681  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 292 aa  50.1  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3781  transcriptional regulator, XRE family  27.24 
 
 		 279 aa  49.7  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0644  helix-turn-helix domain-containing protein  25.23 
 
 		 297 aa  49.3  0.00005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  33.55 
 
 		 287 aa  49.7  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 278 aa  49.7  0.00005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  34.95 
 
 		 287 aa  49.7  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.89 
 
 		 278 aa  49.3  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  24.48 
 
 		 284 aa  48.9  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  30.3 
 
 		 295 aa  48.9  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3240  transcriptional regulator, XRE family  24.22 
 
 		 313 aa  48.5  0.00009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.780317 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  26.47 
 
 		 281 aa  48.5  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.04 
 
 		 279 aa  47.8  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  29.26 
 
 		 296 aa  47.4  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2602  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 295 aa  47.4  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0577635  normal  0.0482464 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4123  helix-turn-helix domain-containing protein  28.05 
 
 		 326 aa  47.4  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.54391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  22.83 
 
 		 291 aa  47.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  27.37 
 
 		 291 aa  48.1  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>