More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2672 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2672  major facilitator transporter  100 
 
 		 412 aa  810    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1372  major facilitator transporter  73.82 
 
 		 412 aa  618  1e-176  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0040  major facilitator transporter  74.06 
 
 		 412 aa  619  1e-176  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0030  major facilitator transporter  73.63 
 
 		 433 aa  616  1e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2770  major facilitator transporter  71.74 
 
 		 414 aa  593  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.824791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0055  major facilitator transporter  70.52 
 
 		 415 aa  589  1e-167  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0111  transmembrane transporter  69.7 
 
 		 411 aa  572  1.0000000000000001e-162  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2047  major facilitator superfamily transporter  66.09 
 
 		 421 aa  551  1e-156  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.341858  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1369  major facilitator transporter  42.51 
 
 		 417 aa  316  4e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.919983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0953  major facilitator transporter  43.1 
 
 		 412 aa  311  2e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3808  major facilitator transporter  42.75 
 
 		 406 aa  304  1.0000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0698  major facilitator transporter  42.61 
 
 		 412 aa  305  1.0000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.933566 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1609  major facilitator superfamily MFS_1  41.83 
 
 		 405 aa  302  6.000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0283587  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2363  putative MFS permease  40.88 
 
 		 414 aa  299  6e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.161703 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2560  putative MFS transporter  40.5 
 
 		 407 aa  290  3e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.399252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2637  major facilitator transporter  38.03 
 
 		 414 aa  286  4e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2522  major facilitator transporter  38.88 
 
 		 403 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.957719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0839  major facilitator transporter  38.61 
 
 		 402 aa  278  1e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0258567 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3503  major facilitator transporter  41.55 
 
 		 436 aa  278  1e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.993279  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1282  major facilitator transporter  41.28 
 
 		 400 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.800461 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4035  major facilitator transporter  40.79 
 
 		 400 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3167  major facilitator transporter  38.86 
 
 		 417 aa  272  7e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3671  major facilitator transporter  39.95 
 
 		 402 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112178  normal  0.0907085 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4144  major facilitator transporter  37.53 
 
 		 404 aa  270  5e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0444016  hitchhiker  0.00345151 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1663  major facilitator superfamily transporter  39.9 
 
 		 430 aa  269  5.9999999999999995e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.145421  normal  0.283107 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2099  major facilitator transporter  39.7 
 
 		 406 aa  268  1e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0898  major facilitator transporter  36.97 
 
 		 410 aa  267  2.9999999999999995e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1718  transporter, putative  40.2 
 
 		 402 aa  266  4e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1684  major facilitator transporter  40.15 
 
 		 406 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.926861 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2359  major facilitator transporter  37.56 
 
 		 425 aa  266  5e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.313379  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05284  hypothetical protein  36.6 
 
 		 404 aa  265  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2279  major facilitator transporter  36.27 
 
 		 404 aa  265  2e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.47059  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1339  major facilitator superfamily transporter  37.29 
 
 		 412 aa  263  4.999999999999999e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5086  major facilitator transporter  37.56 
 
 		 408 aa  260  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.90358  hitchhiker  0.0097128 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16310  major facilitator superfamily transporter  40.64 
 
 		 402 aa  260  3e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3429  major facilitator superfamily MFS_1  38.14 
 
 		 407 aa  259  4e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1652  major facilitator transporter  39.75 
 
 		 402 aa  259  6e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00579086 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0927  major facilitator superfamily MFS_1  38.5 
 
 		 405 aa  259  7e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1013  major facilitator superfamily transporter  38.5 
 
 		 405 aa  259  9e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0951  major facilitator transporter  39.71 
 
 		 416 aa  257  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.161729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1242  major facilitator transporter  41.22 
 
 		 400 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.346574  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1198  major facilitator superfamily transporter  37.47 
 
 		 413 aa  256  4e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.852259 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4676  major facilitator superfamily MFS_1  38.52 
 
 		 416 aa  253  3e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2297  hypothetical protein  37.91 
 
 		 528 aa  254  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47560  putative MFS transporter  39.2 
 
 		 399 aa  254  3e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.973553 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1761  major facilitator transporter  40.93 
 
 		 401 aa  252  9.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0133349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4104  MFS family transporter  39.36 
 
 		 399 aa  250  3e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5585  major facilitator protein family permease  38.35 
 
 		 480 aa  250  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3111  major facilitator superfamily MFS_1  38.21 
 
 		 408 aa  246  6e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1392  major facilitator superfamily MFS_1  39.2 
 
 		 405 aa  244  3e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306054  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1676  major facilitator transporter  35.98 
 
 		 411 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1027  major facilitator family transporter  37.95 
 
 		 417 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.492633  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1328  major facilitator superfamily MFS_1  39.35 
 
 		 405 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0933962 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1401  oxalate/formate antiporter  37.95 
 
 		 417 aa  242  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3184  major facilitator family transporter  37.95 
 
 		 417 aa  242  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.965464  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1314  major facilitator family transporter  37.95 
 
 		 417 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2293  major facilitator family transporter  37.95 
 
 		 417 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3057  major facilitator family transporter  37.95 
 
 		 417 aa  242  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3004  major facilitator superfamily MFS_1  38.07 
 
 		 408 aa  241  2e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1889  major facilitator superfamily MFS_1  34.98 
 
 		 411 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3739  major facilitator transporter  35.01 
 
 		 413 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.101854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3622  major facilitator transporter  34 
 
 		 411 aa  239  8e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.769068  normal  0.781308 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2004  hypothetical protein  38.18 
 
 		 398 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5487  major facilitator transporter  34.47 
 
 		 410 aa  238  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1093  major facilitator transporter  36.59 
 
 		 410 aa  236  6e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2216  major facilitator transporter  35.94 
 
 		 410 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.744121  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5900  major facilitator transporter  34.72 
 
 		 410 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00598208  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2177  major facilitator transporter  34.72 
 
 		 410 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404965  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2093  major facilitator transporter  35.94 
 
 		 410 aa  229  5e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3109  major facilitator transporter  38.14 
 
 		 414 aa  229  7e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.953505  normal  0.200859 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2194  major facilitator transporter  34.47 
 
 		 410 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2920  major facilitator transporter  36.72 
 
 		 410 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3581  major facilitator transporter  34.62 
 
 		 405 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.857286 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0703  major facilitator transporter  35.49 
 
 		 409 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0716  major facilitator superfamily MFS_1  35.35 
 
 		 409 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.449869 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0314  major facilitator transporter  34.33 
 
 		 403 aa  203  4e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.330821  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1797  major facilitator transporter  31.8 
 
 		 389 aa  182  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1682  major facilitator transporter  34.02 
 
 		 411 aa  179  5.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000413695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3544  major facilitator transporter  33.74 
 
 		 415 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  0.279857 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2922  transmembrane transport protein  32.41 
 
 		 421 aa  171  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2977  major facilitator superfamily transporter  32.58 
 
 		 412 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.719308  normal  0.188598 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1698  major facilitator transporter  33 
 
 		 427 aa  155  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.418951  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1692  major facilitator superfamily transporter  27.36 
 
 		 452 aa  124  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.183372 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2011  major facilitator superfamily MFS_1  26.95 
 
 		 452 aa  116  6e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3053  major facilitator transporter  26.97 
 
 		 414 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0592542 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3842  major facilitator superfamily MFS_1  27.88 
 
 		 442 aa  108  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.474269  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1521  putative transporter  27.49 
 
 		 429 aa  108  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488674  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1573  transporter, putative  27.42 
 
 		 430 aa  108  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0738  major facilitator transporter  28.94 
 
 		 422 aa  107  3e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3203  major facilitator superfamily MFS_1  27.76 
 
 		 405 aa  107  4e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.455292  unclonable  0.000000000018384 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2288  major facilitator superfamily MFS_1  26.15 
 
 		 433 aa  104  3e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.16784  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0079  major facilitator transporter  26.82 
 
 		 428 aa  101  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.129235  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03015  putative transport transmembrane protein  26.54 
 
 		 432 aa  99.8  8e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.120422 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3966  major facilitator superfamily MFS_1  26.49 
 
 		 432 aa  98.6  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.565807  normal  0.02436 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3852  major facilitator superfamily MFS_1  26.49 
 
 		 432 aa  98.6  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133619  normal  0.862924 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3953  major facilitator transporter  27.41 
 
 		 410 aa  95.5  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.3403  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2923  major facilitator superfamily MFS_1  26.64 
 
 		 438 aa  94  4e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000215921  hitchhiker  0.0000549805 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1594  major facilitator transporter  26.48 
 
 		 457 aa  93.2  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.224646  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7202  major facilitator transporter  25.83 
 
 		 431 aa  92.8  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.63867  normal  0.101194 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2943  major facilitator superfamily MFS_1  28.11 
 
 		 409 aa  92.8  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>