More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3622 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1889  major facilitator superfamily MFS_1  90.02 
 
 
411 aa  750    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1676  major facilitator transporter  92.7 
 
 
411 aa  765    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3739  major facilitator transporter  84.2 
 
 
413 aa  696    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.101854  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3622  major facilitator transporter  100 
 
 
411 aa  814    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.769068  normal  0.781308 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1797  major facilitator transporter  51.94 
 
 
389 aa  353  2e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1682  major facilitator transporter  49.25 
 
 
411 aa  335  1e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000413695  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2522  major facilitator transporter  43.32 
 
 
403 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.957719  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4676  major facilitator superfamily MFS_1  43.69 
 
 
416 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2359  major facilitator transporter  43.5 
 
 
425 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.313379  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0951  major facilitator transporter  43.86 
 
 
416 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.161729  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0898  major facilitator transporter  41.52 
 
 
410 aa  298  1e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2297  hypothetical protein  43.68 
 
 
528 aa  297  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3109  major facilitator transporter  45.33 
 
 
414 aa  290  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.953505  normal  0.200859 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2637  major facilitator transporter  40.4 
 
 
414 aa  288  2e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4035  major facilitator transporter  43.15 
 
 
400 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1282  major facilitator transporter  42.39 
 
 
400 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.800461 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2293  major facilitator family transporter  43.13 
 
 
417 aa  286  4e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1314  major facilitator family transporter  43.13 
 
 
417 aa  286  4e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3184  major facilitator family transporter  43.13 
 
 
417 aa  286  4e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.965464  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1401  oxalate/formate antiporter  43.13 
 
 
417 aa  286  4e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3057  major facilitator family transporter  43.13 
 
 
417 aa  286  4e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1027  major facilitator family transporter  43.13 
 
 
417 aa  286  4e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.492633  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2004  hypothetical protein  43.13 
 
 
398 aa  286  5e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5487  major facilitator transporter  42.75 
 
 
410 aa  286  5e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397179  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0927  major facilitator superfamily MFS_1  40.53 
 
 
405 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1013  major facilitator superfamily transporter  40.53 
 
 
405 aa  285  2.0000000000000002e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1093  major facilitator transporter  42.03 
 
 
410 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121635  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2560  putative MFS transporter  41.22 
 
 
407 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.399252  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2363  putative MFS permease  40.05 
 
 
414 aa  282  7.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.161703 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2216  major facilitator transporter  43 
 
 
410 aa  282  9e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.744121  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5086  major facilitator transporter  39.95 
 
 
408 aa  280  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.90358  hitchhiker  0.0097128 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2279  major facilitator transporter  38.65 
 
 
404 aa  280  2e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.47059  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1198  major facilitator superfamily transporter  39.6 
 
 
413 aa  280  4e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.852259 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1684  major facilitator transporter  42.53 
 
 
406 aa  279  6e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.926861 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3167  major facilitator transporter  39.33 
 
 
417 aa  279  6e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2093  major facilitator transporter  43.26 
 
 
410 aa  279  7e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5900  major facilitator transporter  43.01 
 
 
410 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00598208  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2177  major facilitator transporter  43.01 
 
 
410 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404965  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0839  major facilitator transporter  39.85 
 
 
402 aa  277  3e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0258567 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3671  major facilitator transporter  41.54 
 
 
402 aa  276  4e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112178  normal  0.0907085 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3808  major facilitator transporter  39.2 
 
 
406 aa  276  4e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2194  major facilitator transporter  41.9 
 
 
410 aa  275  8e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05284  hypothetical protein  39.63 
 
 
404 aa  275  9e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4144  major facilitator transporter  36.92 
 
 
404 aa  275  9e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0444016  hitchhiker  0.00345151 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0953  major facilitator transporter  38.29 
 
 
412 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1718  transporter, putative  42.05 
 
 
402 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1242  major facilitator transporter  43.68 
 
 
400 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.346574  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1339  major facilitator superfamily transporter  38.92 
 
 
412 aa  272  7e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0030  major facilitator transporter  39.55 
 
 
433 aa  272  7e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2770  major facilitator transporter  37.35 
 
 
414 aa  272  8.000000000000001e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.824791  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16310  major facilitator superfamily transporter  42.93 
 
 
402 aa  271  1e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5585  major facilitator protein family permease  41.56 
 
 
480 aa  271  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1609  major facilitator superfamily MFS_1  42.19 
 
 
405 aa  271  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0283587  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47560  putative MFS transporter  43.08 
 
 
399 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.973553 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1652  major facilitator transporter  41.98 
 
 
402 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00579086 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2920  major facilitator transporter  43.16 
 
 
410 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2099  major facilitator transporter  39.3 
 
 
406 aa  268  1e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4104  MFS family transporter  42.82 
 
 
399 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0698  major facilitator transporter  38.75 
 
 
412 aa  266  4e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.933566 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3111  major facilitator superfamily MFS_1  42.9 
 
 
408 aa  264  2e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3004  major facilitator superfamily MFS_1  43.01 
 
 
408 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1372  major facilitator transporter  38.31 
 
 
412 aa  263  6e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0040  major facilitator transporter  38.31 
 
 
412 aa  261  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0716  major facilitator superfamily MFS_1  41.16 
 
 
409 aa  259  8e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.449869 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1663  major facilitator superfamily transporter  38.83 
 
 
430 aa  258  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.145421  normal  0.283107 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0703  major facilitator transporter  41.39 
 
 
409 aa  258  1e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3503  major facilitator transporter  39.84 
 
 
436 aa  256  6e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.993279  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1369  major facilitator transporter  38.87 
 
 
417 aa  252  8.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.919983  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3429  major facilitator superfamily MFS_1  38.93 
 
 
407 aa  249  6e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1761  major facilitator transporter  40.77 
 
 
401 aa  247  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0133349  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2047  major facilitator superfamily transporter  35.35 
 
 
421 aa  247  3e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.341858  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1392  major facilitator superfamily MFS_1  40.93 
 
 
405 aa  247  3e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306054  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1328  major facilitator superfamily MFS_1  40.45 
 
 
405 aa  243  6e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0933962 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2672  major facilitator transporter  34 
 
 
412 aa  239  8e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0055  major facilitator transporter  34.9 
 
 
415 aa  236  5.0000000000000005e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0111  transmembrane transporter  34.25 
 
 
411 aa  229  5e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3581  major facilitator transporter  33.67 
 
 
405 aa  218  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.857286 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3544  major facilitator transporter  36.67 
 
 
415 aa  214  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  0.279857 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2922  transmembrane transport protein  35.36 
 
 
421 aa  207  3e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2977  major facilitator superfamily transporter  36.19 
 
 
412 aa  204  2e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.719308  normal  0.188598 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0314  major facilitator transporter  32.88 
 
 
403 aa  202  7e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.330821  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1698  major facilitator transporter  34.88 
 
 
427 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.418951  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1692  major facilitator superfamily transporter  28.43 
 
 
452 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.183372 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2011  major facilitator superfamily MFS_1  28.22 
 
 
452 aa  131  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0738  major facilitator transporter  30.79 
 
 
422 aa  127  3e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3053  major facilitator transporter  29.2 
 
 
414 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0592542 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3842  major facilitator superfamily MFS_1  27.92 
 
 
442 aa  119  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.474269  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3203  major facilitator superfamily MFS_1  27.55 
 
 
405 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.455292  unclonable  0.000000000018384 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2288  major facilitator superfamily MFS_1  28.72 
 
 
433 aa  109  8.000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.16784  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4323  major facilitator transporter  27.91 
 
 
436 aa  106  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.189699  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7202  major facilitator transporter  28.5 
 
 
431 aa  105  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.63867  normal  0.101194 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4904  MFS superfamily transporter  26.53 
 
 
435 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00499167  normal  0.0129591 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1521  putative transporter  27.63 
 
 
429 aa  99.8  8e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488674  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1573  transporter, putative  27.86 
 
 
430 aa  98.6  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1789  major facilitator transporter  29.84 
 
 
400 aa  98.6  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.790734  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1958  major facilitator transporter  27.67 
 
 
409 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.716163  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3859  major facilitator transporter  29.13 
 
 
402 aa  97.4  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.526422 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1994  major facilitator transporter  27.54 
 
 
411 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.392153  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2923  major facilitator superfamily MFS_1  25.3 
 
 
438 aa  94.7  3e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000215921  hitchhiker  0.0000549805 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0079  major facilitator transporter  25.85 
 
 
428 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.129235  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>