More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2376 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2376  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  100 
 
 
289 aa  580  1e-164  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.06603  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0961  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  68.51 
 
 
290 aa  389  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2210  ribosomal L11 methyltransferase  68.28 
 
 
291 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.928859  normal  0.97027 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1100  ribosomal L11 methyltransferase  69.44 
 
 
289 aa  379  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.441785 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0558  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  68.28 
 
 
291 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1227  ribosomal L11 methyltransferase  66.21 
 
 
291 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.764225 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0622  ribosomal L11 methyltransferase  65.74 
 
 
289 aa  350  2e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0554  ribosomal L11 methyltransferase  42.56 
 
 
323 aa  209  3e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.125025  normal  0.11263 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2367  ribosomal L11 methyltransferase  42.76 
 
 
321 aa  203  2e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.234607  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2435  ribosomal L11 methyltransferase  42.95 
 
 
310 aa  203  3e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.299408  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2012  ribosomal L11 methyltransferase  43.69 
 
 
296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2746  ribosomal L11 methyltransferase  42.96 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1759  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.5 
 
 
298 aa  196  5.000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.608796  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4031  ribosomal L11 methyltransferase  42.66 
 
 
296 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0295987  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1315  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  40.34 
 
 
325 aa  191  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213416  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3377  ribosomal L11 methyltransferase  43.68 
 
 
295 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288967  decreased coverage  0.00145631 
 
 
-
 
NC_004310  BR1417  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.14 
 
 
285 aa  186  3e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0935  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.08 
 
 
291 aa  186  4e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199402  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6159  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  43.45 
 
 
298 aa  185  6e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0834072  normal  0.0516426 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2089  ribosomal L11 methyltransferase  42.39 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3290  ribosomal L11 methyltransferase  43.3 
 
 
296 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.448463  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1993  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.98 
 
 
290 aa  179  5.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.78676  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1594  ribosomal L11 methyltransferase  40.39 
 
 
288 aa  178  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.77497  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0744  ribosomal L11 methyltransferase  40.43 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2573  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.29 
 
 
292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.316492  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2060  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  42.66 
 
 
286 aa  172  5e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2834  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.39 
 
 
292 aa  171  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180106  normal  0.0556009 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2054  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.31 
 
 
297 aa  172  9e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.118265 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2857  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.25 
 
 
290 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4993  ribosomal L11 methyltransferase  37.68 
 
 
305 aa  171  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.135783  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0776  ribosomal L11 methyltransferase  39.06 
 
 
300 aa  167  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.374062  normal  0.266147 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4944  ribosomal L11 methyltransferase  38.16 
 
 
305 aa  165  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.478731 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4479  ribosomal L11 methyltransferase  37.54 
 
 
305 aa  165  8e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0217  ribosomal L11 methyltransferase  45.6 
 
 
305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2866  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  36.54 
 
 
297 aa  163  3e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1742  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  37.6 
 
 
318 aa  162  4.0000000000000004e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2334  ribosomal L11 methyltransferase  38.03 
 
 
306 aa  159  5e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.783538 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0212  ribosomal L11 methyltransferase  37.33 
 
 
301 aa  153  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.257276  normal  0.0793007 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1746  ribosomal L11 methyltransferase  38.93 
 
 
309 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.365551  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1424  ribosomal L11 methyltransferase  40.45 
 
 
308 aa  145  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2494  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.08 
 
 
308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00440175  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2871  ribosomal L11 methyltransferase  39.23 
 
 
284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3937  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.89 
 
 
296 aa  122  8e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0015501  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0246  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  40.55 
 
 
287 aa  119  6e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0486812  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0256  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.18 
 
 
287 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.18 
 
 
287 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0167166  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.79 
 
 
286 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.210387 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1432  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  38.32 
 
 
283 aa  116  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.362511  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1724  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.68 
 
 
327 aa  116  5e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0208  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.5 
 
 
506 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00971698  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0442  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.65 
 
 
294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3155  ribosomal L11 methyltransferase  37.07 
 
 
286 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11124 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2867  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.57 
 
 
297 aa  112  9e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712304  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1549  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.96 
 
 
304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1796  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.02 
 
 
316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.508174  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0228  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.5 
 
 
328 aa  110  3e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00278387  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3386  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  34.86 
 
 
299 aa  109  6e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0387461  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3219  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.33 
 
 
307 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607744  hitchhiker  0.0000170628 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1762  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.28 
 
 
275 aa  108  1e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3109  ribosomal protein L11 methyltransferase  32 
 
 
321 aa  108  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00713701  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2788  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.83 
 
 
298 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0951  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.24 
 
 
294 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0180  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.07 
 
 
296 aa  107  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0841101 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1004  ribosomal L11 methyltransferase  36.07 
 
 
282 aa  107  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1994  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.87 
 
 
316 aa  107  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.467353  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4290  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.59 
 
 
315 aa  107  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135815  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1372  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.93 
 
 
303 aa  107  3e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.71577  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3208  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.32 
 
 
300 aa  107  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0770215  decreased coverage  0.00369905 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4117  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.35 
 
 
293 aa  107  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0350894  hitchhiker  0.000425949 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3066  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.56 
 
 
304 aa  106  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0447  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.59 
 
 
299 aa  106  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2959  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.08 
 
 
309 aa  106  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000148567  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3390  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.41 
 
 
297 aa  106  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.375634 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2156  ribosomal L11 methyltransferase  34.85 
 
 
296 aa  105  8e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.176074 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0506  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.8 
 
 
293 aa  104  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0662184  hitchhiker  0.00329443 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1998  ribosomal L11 methyltransferase  33.09 
 
 
253 aa  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.831895  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0446  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.8 
 
 
293 aa  103  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.119875  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3033  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.33 
 
 
298 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0972  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.34 
 
 
315 aa  102  6e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2781  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.98 
 
 
300 aa  102  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3963  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.39 
 
 
293 aa  102  8e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00574631  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3442  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.65 
 
 
293 aa  102  9e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.116345  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0920  ribosomal L11 methyltransferase  35.05 
 
 
283 aa  101  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.276703 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12780  ribosomal protein L11 methyltransferase  28.5 
 
 
289 aa  101  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.0000157571  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3037  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.33 
 
 
341 aa  102  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1348  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.95 
 
 
275 aa  102  1e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2623  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.33 
 
 
298 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.906319 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1101  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.38 
 
 
298 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0205003  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0529  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.08 
 
 
300 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.579214  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0505  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.08 
 
 
300 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3938  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.94 
 
 
293 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000797733  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2286  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  35.41 
 
 
299 aa  100  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3886  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.94 
 
 
293 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.393855  hitchhiker  0.00000257617 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2427  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.73 
 
 
296 aa  99.8  4e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.493009  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4818  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.93 
 
 
292 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.983059  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4693  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.93 
 
 
292 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15391  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.22 
 
 
303 aa  99.8  5e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0572  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.64 
 
 
300 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573675 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1496  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.65 
 
 
296 aa  99.4  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0603  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.64 
 
 
300 aa  99  8e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>