More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6159 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6159  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  100 
 
 
298 aa  590  1e-168  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0834072  normal  0.0516426 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2367  ribosomal L11 methyltransferase  66.89 
 
 
321 aa  387  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.234607  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2746  ribosomal L11 methyltransferase  66.55 
 
 
298 aa  385  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4031  ribosomal L11 methyltransferase  69.55 
 
 
296 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0295987  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3290  ribosomal L11 methyltransferase  68.04 
 
 
296 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.448463  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2012  ribosomal L11 methyltransferase  67.13 
 
 
296 aa  367  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3377  ribosomal L11 methyltransferase  65.99 
 
 
295 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288967  decreased coverage  0.00145631 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2089  ribosomal L11 methyltransferase  52.61 
 
 
306 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4993  ribosomal L11 methyltransferase  48.41 
 
 
305 aa  245  6.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.135783  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0776  ribosomal L11 methyltransferase  47.22 
 
 
300 aa  244  9.999999999999999e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.374062  normal  0.266147 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4479  ribosomal L11 methyltransferase  47.35 
 
 
305 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4944  ribosomal L11 methyltransferase  47 
 
 
305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.478731 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0744  ribosomal L11 methyltransferase  49.3 
 
 
310 aa  228  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1424  ribosomal L11 methyltransferase  50.72 
 
 
308 aa  224  1e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2334  ribosomal L11 methyltransferase  48.41 
 
 
306 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.783538 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2857  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.96 
 
 
290 aa  215  7e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1759  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.36 
 
 
298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.608796  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1417  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.11 
 
 
285 aa  211  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2054  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.11 
 
 
297 aa  208  8e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.118265 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0935  ribosomal protein L11 methyltransferase  47.47 
 
 
291 aa  207  2e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199402  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2834  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.05 
 
 
292 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180106  normal  0.0556009 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2573  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.99 
 
 
292 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.316492  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1746  ribosomal L11 methyltransferase  47.86 
 
 
309 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.365551  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0961  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  47.15 
 
 
290 aa  202  7e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1993  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.71 
 
 
290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.78676  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0622  ribosomal L11 methyltransferase  47.6 
 
 
289 aa  196  4.0000000000000005e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2435  ribosomal L11 methyltransferase  47.41 
 
 
310 aa  195  6e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.299408  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2376  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  43.45 
 
 
289 aa  185  6e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.06603  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1594  ribosomal L11 methyltransferase  46.86 
 
 
288 aa  184  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.77497  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0558  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  43.94 
 
 
291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2210  ribosomal L11 methyltransferase  43.56 
 
 
291 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.928859  normal  0.97027 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1227  ribosomal L11 methyltransferase  43.56 
 
 
291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.764225 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2866  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  38.71 
 
 
297 aa  178  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1100  ribosomal L11 methyltransferase  41.02 
 
 
289 aa  176  5e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.441785 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0217  ribosomal L11 methyltransferase  46.73 
 
 
305 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2060  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  44.35 
 
 
286 aa  158  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0212  ribosomal L11 methyltransferase  43.6 
 
 
301 aa  154  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.257276  normal  0.0793007 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0554  ribosomal L11 methyltransferase  41.15 
 
 
323 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.125025  normal  0.11263 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1315  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  39.54 
 
 
325 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213416  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2871  ribosomal L11 methyltransferase  39.92 
 
 
284 aa  124  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0228  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.1 
 
 
328 aa  124  3e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00278387  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0246  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  44.13 
 
 
287 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0486812  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.26 
 
 
286 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.210387 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0208  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.62 
 
 
506 aa  119  6e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00971698  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0442  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.86 
 
 
294 aa  119  6e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1742  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  37.04 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0256  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.78 
 
 
287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.78 
 
 
287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0167166  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0920  ribosomal L11 methyltransferase  38.97 
 
 
283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.276703 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0529  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.27 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.579214  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0505  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.27 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2631  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.33 
 
 
300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0447  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.71 
 
 
299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0572  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.1 
 
 
300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573675 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3686  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.82 
 
 
300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0120  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.1 
 
 
300 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0603  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.1 
 
 
300 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2781  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.62 
 
 
300 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1372  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.41 
 
 
303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.71577  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0180  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.38 
 
 
296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0841101 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3155  ribosomal L11 methyltransferase  39.27 
 
 
286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11124 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1796  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.34 
 
 
316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.508174  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4290  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.43 
 
 
315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135815  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2286  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  33.76 
 
 
299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2623  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.28 
 
 
298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.906319 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3033  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.28 
 
 
298 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0566  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.08 
 
 
296 aa  110  3e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0178303  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0241  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.79 
 
 
306 aa  109  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000356795  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2867  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.14 
 
 
297 aa  109  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712304  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2788  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.95 
 
 
298 aa  109  7.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1004  ribosomal L11 methyltransferase  40.38 
 
 
282 aa  108  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3386  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  35.5 
 
 
299 aa  108  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0387461  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1161  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.67 
 
 
300 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.879401  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2687  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.98 
 
 
295 aa  106  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000011349  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3897  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.48 
 
 
290 aa  106  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.147825 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12780  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.37 
 
 
289 aa  106  5e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.0000157571  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3428  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.36 
 
 
300 aa  106  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.244966  normal  0.0610073 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2503  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.07 
 
 
300 aa  105  7e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0424  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.07 
 
 
300 aa  105  7e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2837  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.19 
 
 
294 aa  105  7e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.104112  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1283  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.07 
 
 
300 aa  105  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1998  ribosomal L11 methyltransferase  38.43 
 
 
253 aa  105  7e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.831895  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3281  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.07 
 
 
300 aa  105  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3505  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.19 
 
 
302 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3219  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.65 
 
 
307 aa  105  9e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607744  hitchhiker  0.0000170628 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3502  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.19 
 
 
300 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3467  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.19 
 
 
300 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0530  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.89 
 
 
300 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.982055  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1135  ribosomal protein L11 methyltransferase  29 
 
 
281 aa  104  2e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3066  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.19 
 
 
304 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1549  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.24 
 
 
304 aa  104  2e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0225  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.87 
 
 
306 aa  103  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0604  ribosomal protein L11 methyltransferase  29 
 
 
282 aa  103  3e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1432  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  38.99 
 
 
283 aa  103  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.362511  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0367  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.57 
 
 
290 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1320  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.26 
 
 
313 aa  103  3e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.740107  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1260  ribosomal protein L11 methyltransferase  29 
 
 
281 aa  103  4e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.269015  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2156  ribosomal L11 methyltransferase  38.14 
 
 
296 aa  103  4e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.176074 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00173  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.92 
 
 
295 aa  103  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2959  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.39 
 
 
309 aa  102  7e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000148567  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>