More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2857 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2857  ribosomal protein L11 methyltransferase  100 
 
 
290 aa  588  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2573  ribosomal protein L11 methyltransferase  76.47 
 
 
292 aa  456  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.316492  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2834  ribosomal protein L11 methyltransferase  75.78 
 
 
292 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180106  normal  0.0556009 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2054  ribosomal protein L11 methyltransferase  71.28 
 
 
297 aa  435  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.118265 
 
 
-
 
NC_004310  BR1417  ribosomal protein L11 methyltransferase  55.17 
 
 
285 aa  317  2e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1759  ribosomal protein L11 methyltransferase  53.79 
 
 
298 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.608796  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1993  ribosomal protein L11 methyltransferase  52.76 
 
 
290 aa  292  5e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.78676  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0935  ribosomal protein L11 methyltransferase  47.77 
 
 
291 aa  280  2e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199402  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2012  ribosomal L11 methyltransferase  47.7 
 
 
296 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2435  ribosomal L11 methyltransferase  45.14 
 
 
310 aa  232  7.000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.299408  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2367  ribosomal L11 methyltransferase  46.88 
 
 
321 aa  230  2e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.234607  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3377  ribosomal L11 methyltransferase  47 
 
 
295 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288967  decreased coverage  0.00145631 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4031  ribosomal L11 methyltransferase  47.2 
 
 
296 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0295987  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3290  ribosomal L11 methyltransferase  43.73 
 
 
296 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.448463  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2746  ribosomal L11 methyltransferase  44.01 
 
 
298 aa  226  5.0000000000000005e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6159  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  42.96 
 
 
298 aa  215  7e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0834072  normal  0.0516426 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0776  ribosomal L11 methyltransferase  42.91 
 
 
300 aa  205  6e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.374062  normal  0.266147 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4993  ribosomal L11 methyltransferase  41.64 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.135783  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1594  ribosomal L11 methyltransferase  42.8 
 
 
288 aa  198  7.999999999999999e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.77497  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4944  ribosomal L11 methyltransferase  41.28 
 
 
305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.478731 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4479  ribosomal L11 methyltransferase  40.93 
 
 
305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2334  ribosomal L11 methyltransferase  42.5 
 
 
306 aa  191  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.783538 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0744  ribosomal L11 methyltransferase  41.61 
 
 
310 aa  189  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0961  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  42.35 
 
 
290 aa  188  8e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2089  ribosomal L11 methyltransferase  41.11 
 
 
306 aa  187  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0554  ribosomal L11 methyltransferase  43.2 
 
 
323 aa  177  2e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.125025  normal  0.11263 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1100  ribosomal L11 methyltransferase  40.78 
 
 
289 aa  177  3e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.441785 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0622  ribosomal L11 methyltransferase  42.06 
 
 
289 aa  176  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2210  ribosomal L11 methyltransferase  38.49 
 
 
291 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.928859  normal  0.97027 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0558  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  38.49 
 
 
291 aa  175  9e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1746  ribosomal L11 methyltransferase  41.64 
 
 
309 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.365551  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1227  ribosomal L11 methyltransferase  40.16 
 
 
291 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.764225 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2376  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  39.25 
 
 
289 aa  171  1e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.06603  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1424  ribosomal L11 methyltransferase  40.85 
 
 
308 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1315  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  38.85 
 
 
325 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213416  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2866  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  38.58 
 
 
297 aa  162  6e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2060  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  45.7 
 
 
286 aa  160  2e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0217  ribosomal L11 methyltransferase  43.72 
 
 
305 aa  160  3e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0212  ribosomal L11 methyltransferase  41.75 
 
 
301 aa  152  7e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.257276  normal  0.0793007 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1742  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  34.12 
 
 
318 aa  141  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.39 
 
 
287 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0167166  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0246  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  44.39 
 
 
287 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0486812  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0256  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.39 
 
 
287 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0442  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.97 
 
 
294 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2959  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.39 
 
 
309 aa  132  6e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000148567  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2286  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  36.9 
 
 
299 aa  130  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3155  ribosomal L11 methyltransferase  41.13 
 
 
286 aa  126  5e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11124 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1724  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.14 
 
 
327 aa  125  9e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3066  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.22 
 
 
304 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0208  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.72 
 
 
506 aa  123  4e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00971698  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3386  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  40.1 
 
 
299 aa  122  7e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0387461  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0505  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.64 
 
 
300 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0529  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.64 
 
 
300 aa  122  8e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.579214  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.59 
 
 
286 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.210387 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0447  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.57 
 
 
299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3219  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.5 
 
 
307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607744  hitchhiker  0.0000170628 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0228  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.86 
 
 
328 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00278387  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1432  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  34.54 
 
 
283 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.362511  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2788  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.71 
 
 
298 aa  120  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0225  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.19 
 
 
306 aa  118  9e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0572  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.89 
 
 
300 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573675 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2837  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.08 
 
 
294 aa  118  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.104112  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0241  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.82 
 
 
306 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000356795  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3686  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.5 
 
 
300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0120  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.89 
 
 
300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06940  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.55 
 
 
292 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.174775  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0603  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.89 
 
 
300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3428  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.48 
 
 
300 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.244966  normal  0.0610073 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1943  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  43.18 
 
 
299 aa  117  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151109  normal  0.858484 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1348  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.67 
 
 
275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4290  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.84 
 
 
315 aa  116  5e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135815  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2156  ribosomal L11 methyltransferase  40.19 
 
 
296 aa  116  5e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.176074 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2781  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.54 
 
 
300 aa  116  6e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3033  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.88 
 
 
298 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2623  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.99 
 
 
298 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.906319 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1004  ribosomal L11 methyltransferase  32.75 
 
 
282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2631  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.54 
 
 
300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00173  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.8 
 
 
295 aa  114  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2867  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.79 
 
 
297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712304  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0530  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.86 
 
 
300 aa  112  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.982055  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0972  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.94 
 
 
315 aa  112  6e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1372  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.03 
 
 
303 aa  112  9e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.71577  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3845  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.32 
 
 
295 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.393013  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0367  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.71 
 
 
290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2871  ribosomal L11 methyltransferase  36.8 
 
 
284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0920  ribosomal L11 methyltransferase  35.58 
 
 
283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.276703 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4297  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.71 
 
 
312 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000247915  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1161  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.4 
 
 
300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.879401  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2687  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.37 
 
 
295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000011349  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3505  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.1 
 
 
302 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4421  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.77 
 
 
293 aa  109  5e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00260494  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1146  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.27 
 
 
312 aa  109  6e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3897  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.81 
 
 
290 aa  109  6e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.147825 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3502  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.94 
 
 
300 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3467  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.94 
 
 
300 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3281  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.94 
 
 
300 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2503  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.94 
 
 
300 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1283  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.94 
 
 
300 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0424  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.94 
 
 
300 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3937  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.82 
 
 
296 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0015501  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>