More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2746 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2746  ribosomal L11 methyltransferase  100 
 
 
298 aa  592  1e-168  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2367  ribosomal L11 methyltransferase  85.81 
 
 
321 aa  511  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.234607  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3290  ribosomal L11 methyltransferase  70.45 
 
 
296 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.448463  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6159  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  66.55 
 
 
298 aa  385  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0834072  normal  0.0516426 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2012  ribosomal L11 methyltransferase  70.28 
 
 
296 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4031  ribosomal L11 methyltransferase  69.93 
 
 
296 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0295987  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3377  ribosomal L11 methyltransferase  70.03 
 
 
295 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288967  decreased coverage  0.00145631 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2089  ribosomal L11 methyltransferase  52.45 
 
 
306 aa  276  2e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0776  ribosomal L11 methyltransferase  48.6 
 
 
300 aa  251  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.374062  normal  0.266147 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1424  ribosomal L11 methyltransferase  49.08 
 
 
308 aa  243  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4993  ribosomal L11 methyltransferase  48.04 
 
 
305 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.135783  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4944  ribosomal L11 methyltransferase  47.69 
 
 
305 aa  236  3e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.478731 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4479  ribosomal L11 methyltransferase  47.69 
 
 
305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2334  ribosomal L11 methyltransferase  51.44 
 
 
306 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.783538 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2054  ribosomal protein L11 methyltransferase  47.16 
 
 
297 aa  230  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.118265 
 
 
-
 
NC_004310  BR1417  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.36 
 
 
285 aa  228  8e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0744  ribosomal L11 methyltransferase  49.12 
 
 
310 aa  226  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2857  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.01 
 
 
290 aa  226  5.0000000000000005e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1759  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.01 
 
 
298 aa  225  8e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.608796  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2435  ribosomal L11 methyltransferase  50 
 
 
310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.299408  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2834  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.88 
 
 
292 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180106  normal  0.0556009 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2573  ribosomal protein L11 methyltransferase  45.23 
 
 
292 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.316492  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1746  ribosomal L11 methyltransferase  51.07 
 
 
309 aa  211  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.365551  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0961  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  45.02 
 
 
290 aa  204  1e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1993  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.53 
 
 
290 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.78676  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0622  ribosomal L11 methyltransferase  44.85 
 
 
289 aa  199  6e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0935  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.79 
 
 
291 aa  198  7.999999999999999e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199402  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2210  ribosomal L11 methyltransferase  44.91 
 
 
291 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.928859  normal  0.97027 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2376  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  42.96 
 
 
289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.06603  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0558  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  44.87 
 
 
291 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1227  ribosomal L11 methyltransferase  44.87 
 
 
291 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.764225 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1100  ribosomal L11 methyltransferase  42.16 
 
 
289 aa  185  7e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.441785 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1594  ribosomal L11 methyltransferase  40.68 
 
 
288 aa  184  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.77497  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0217  ribosomal L11 methyltransferase  39.38 
 
 
305 aa  180  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2060  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  43.17 
 
 
286 aa  172  9e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2866  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  35.94 
 
 
297 aa  168  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0554  ribosomal L11 methyltransferase  47.47 
 
 
323 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.125025  normal  0.11263 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1315  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  44.39 
 
 
325 aa  154  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213416  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0212  ribosomal L11 methyltransferase  43.33 
 
 
301 aa  150  3e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.257276  normal  0.0793007 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2286  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  36.68 
 
 
299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0208  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.1 
 
 
506 aa  133  5e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00971698  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0228  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.14 
 
 
328 aa  122  6e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00278387  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1742  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  38.99 
 
 
318 aa  122  7e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0442  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.1 
 
 
294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.74 
 
 
286 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.210387 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3386  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  33.21 
 
 
299 aa  120  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0387461  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0246  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  42.23 
 
 
287 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0486812  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0180  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.03 
 
 
296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0841101 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0447  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.44 
 
 
299 aa  119  6e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.23 
 
 
287 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0167166  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1135  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.21 
 
 
281 aa  118  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0604  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.21 
 
 
282 aa  118  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0256  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.23 
 
 
287 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1260  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.73 
 
 
281 aa  116  5e-25  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.269015  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2788  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.89 
 
 
298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2867  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.29 
 
 
297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712304  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3066  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.45 
 
 
304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0529  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.19 
 
 
300 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.579214  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2623  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.93 
 
 
298 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.906319 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0505  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.19 
 
 
300 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3686  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.76 
 
 
300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3033  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.93 
 
 
298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2631  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.49 
 
 
300 aa  109  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2781  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.61 
 
 
300 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12780  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.18 
 
 
289 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.0000157571  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0572  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.33 
 
 
300 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573675 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2959  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.26 
 
 
309 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000148567  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3937  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.12 
 
 
296 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0015501  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0367  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.45 
 
 
290 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1549  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.51 
 
 
304 aa  107  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1004  ribosomal L11 methyltransferase  38.05 
 
 
282 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0120  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.33 
 
 
300 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0603  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.33 
 
 
300 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3505  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.81 
 
 
302 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1161  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.33 
 
 
300 aa  105  7e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.879401  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4290  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.79 
 
 
315 aa  105  8e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135815  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3281  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.33 
 
 
300 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2503  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.33 
 
 
300 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1283  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.33 
 
 
300 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1648  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.94 
 
 
308 aa  105  1e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.411566  hitchhiker  0.000715669 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0424  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.33 
 
 
300 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3219  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.92 
 
 
307 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607744  hitchhiker  0.0000170628 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3467  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.33 
 
 
300 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3502  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.33 
 
 
300 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1348  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.78 
 
 
275 aa  103  2e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1622  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.25 
 
 
307 aa  103  3e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174777  unclonable  0.000000000413669 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1796  ribosomal protein L11 methyltransferase  28.24 
 
 
316 aa  103  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.508174  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1724  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.91 
 
 
327 aa  103  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3428  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.58 
 
 
300 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.244966  normal  0.0610073 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2687  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.3 
 
 
295 aa  102  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000011349  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1998  ribosomal L11 methyltransferase  36.71 
 
 
253 aa  102  6e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.831895  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2871  ribosomal L11 methyltransferase  36.29 
 
 
284 aa  102  6e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0530  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.61 
 
 
300 aa  102  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.982055  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00173  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.17 
 
 
295 aa  102  8e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1470  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.9 
 
 
308 aa  102  1e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.456616  unclonable  0.00000118267 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0920  ribosomal L11 methyltransferase  37.61 
 
 
283 aa  102  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.276703 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0241  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.68 
 
 
306 aa  100  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000356795  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1762  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.21 
 
 
275 aa  100  2e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1372  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.22 
 
 
303 aa  101  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.71577  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3897  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.7 
 
 
290 aa  100  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.147825 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>