More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0622 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0622  ribosomal L11 methyltransferase  100 
 
 
289 aa  570  1e-161  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2376  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  65.74 
 
 
289 aa  373  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.06603  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0961  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  63.19 
 
 
290 aa  360  1e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2210  ribosomal L11 methyltransferase  65.86 
 
 
291 aa  346  2e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.928859  normal  0.97027 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0558  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  65.86 
 
 
291 aa  345  4e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1227  ribosomal L11 methyltransferase  64.83 
 
 
291 aa  340  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.764225 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1100  ribosomal L11 methyltransferase  62.72 
 
 
289 aa  334  1e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.441785 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2367  ribosomal L11 methyltransferase  45.55 
 
 
321 aa  211  1e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.234607  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1759  ribosomal protein L11 methyltransferase  47.08 
 
 
298 aa  210  3e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.608796  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2746  ribosomal L11 methyltransferase  44.64 
 
 
298 aa  204  1e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1417  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.91 
 
 
285 aa  201  9.999999999999999e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6159  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  48.21 
 
 
298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0834072  normal  0.0516426 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4031  ribosomal L11 methyltransferase  47.84 
 
 
296 aa  199  5e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0295987  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0744  ribosomal L11 methyltransferase  44.14 
 
 
310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0554  ribosomal L11 methyltransferase  44.23 
 
 
323 aa  195  6e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.125025  normal  0.11263 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3377  ribosomal L11 methyltransferase  44.33 
 
 
295 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288967  decreased coverage  0.00145631 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2012  ribosomal L11 methyltransferase  44.44 
 
 
296 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2435  ribosomal L11 methyltransferase  42.05 
 
 
310 aa  194  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.299408  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1993  ribosomal protein L11 methyltransferase  45.59 
 
 
290 aa  192  4e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.78676  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3290  ribosomal L11 methyltransferase  44.57 
 
 
296 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.448463  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0776  ribosomal L11 methyltransferase  40.88 
 
 
300 aa  185  8e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.374062  normal  0.266147 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2857  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.46 
 
 
290 aa  182  5.0000000000000004e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0935  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.45 
 
 
291 aa  182  8.000000000000001e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199402  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4993  ribosomal L11 methyltransferase  40.99 
 
 
305 aa  181  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.135783  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2573  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.75 
 
 
292 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.316492  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1594  ribosomal L11 methyltransferase  40.16 
 
 
288 aa  177  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.77497  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2060  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  45.35 
 
 
286 aa  176  3e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2834  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.92 
 
 
292 aa  175  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180106  normal  0.0556009 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1315  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  40.77 
 
 
325 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213416  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4944  ribosomal L11 methyltransferase  40.36 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.478731 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4479  ribosomal L11 methyltransferase  40.07 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1746  ribosomal L11 methyltransferase  43.45 
 
 
309 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.365551  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2054  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.09 
 
 
297 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.118265 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2089  ribosomal L11 methyltransferase  43.95 
 
 
306 aa  171  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2334  ribosomal L11 methyltransferase  43.01 
 
 
306 aa  168  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.783538 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2866  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  37.07 
 
 
297 aa  161  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0217  ribosomal L11 methyltransferase  42.79 
 
 
305 aa  161  1e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1742  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  37.21 
 
 
318 aa  156  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0212  ribosomal L11 methyltransferase  41.06 
 
 
301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.257276  normal  0.0793007 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1424  ribosomal L11 methyltransferase  39.86 
 
 
308 aa  145  9e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1372  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.57 
 
 
303 aa  129  7.000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.71577  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2871  ribosomal L11 methyltransferase  38.76 
 
 
284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.11 
 
 
287 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0167166  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0256  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.11 
 
 
287 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0246  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  40.83 
 
 
287 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0486812  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3386  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  35.91 
 
 
299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0387461  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3208  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.5 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0770215  decreased coverage  0.00369905 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0573  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  38.39 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2959  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.91 
 
 
309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000148567  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0228  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.03 
 
 
328 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00278387  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.55 
 
 
286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.210387 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3155  ribosomal L11 methyltransferase  36.47 
 
 
286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11124 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0447  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.12 
 
 
299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0442  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.9 
 
 
294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3219  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.53 
 
 
307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607744  hitchhiker  0.0000170628 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3937  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.28 
 
 
296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0015501  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2286  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  35.57 
 
 
299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0208  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.32 
 
 
506 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00971698  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1432  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  38.22 
 
 
283 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.362511  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2781  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.01 
 
 
300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1724  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.83 
 
 
327 aa  109  6e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0529  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.32 
 
 
300 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.579214  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0505  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.32 
 
 
300 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4393  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.79 
 
 
312 aa  108  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000946748  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1994  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.83 
 
 
316 aa  108  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.467353  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0530  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.77 
 
 
300 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.982055  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0572  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.56 
 
 
300 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573675 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4445  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.79 
 
 
312 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000232951  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3686  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.74 
 
 
300 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0120  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.56 
 
 
300 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1762  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.6 
 
 
275 aa  107  2e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0603  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.56 
 
 
300 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2788  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.55 
 
 
298 aa  106  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4211  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.79 
 
 
312 aa  106  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000228671  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4049  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.79 
 
 
312 aa  106  4e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0005166  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4059  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.79 
 
 
312 aa  106  4e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000479623  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4334  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.79 
 
 
312 aa  106  4e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.10013e-48 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4537  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.79 
 
 
312 aa  106  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0104704  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1998  ribosomal L11 methyltransferase  36.11 
 
 
253 aa  106  5e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.831895  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2156  ribosomal L11 methyltransferase  38.76 
 
 
296 aa  106  5e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.176074 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2623  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.84 
 
 
298 aa  105  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.906319 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2631  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.91 
 
 
300 aa  105  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3428  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.71 
 
 
300 aa  105  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.244966  normal  0.0610073 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3033  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.84 
 
 
298 aa  105  9e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4431  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.33 
 
 
312 aa  105  9e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00225658  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3447  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.32 
 
 
300 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.801921  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1161  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.53 
 
 
300 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.879401  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3505  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.82 
 
 
302 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1015  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.33 
 
 
312 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3281  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.04 
 
 
300 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2503  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.04 
 
 
300 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3467  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.82 
 
 
300 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2867  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.52 
 
 
297 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712304  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0180  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.24 
 
 
296 aa  104  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0841101 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3502  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.82 
 
 
300 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0424  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.04 
 
 
300 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0805  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.33 
 
 
312 aa  104  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000461178  decreased coverage  1.14716e-22 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1283  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.04 
 
 
300 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3845  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.2 
 
 
295 aa  103  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.393013  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4290  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.22 
 
 
315 aa  103  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135815  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>