More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3290 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3290  ribosomal L11 methyltransferase  100 
 
 
296 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.448463  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2746  ribosomal L11 methyltransferase  70.45 
 
 
298 aa  408  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2367  ribosomal L11 methyltransferase  68.04 
 
 
321 aa  390  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.234607  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6159  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  68.04 
 
 
298 aa  378  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0834072  normal  0.0516426 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2012  ribosomal L11 methyltransferase  67.01 
 
 
296 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4031  ribosomal L11 methyltransferase  64.97 
 
 
296 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0295987  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3377  ribosomal L11 methyltransferase  68.53 
 
 
295 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288967  decreased coverage  0.00145631 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2089  ribosomal L11 methyltransferase  53.15 
 
 
306 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4993  ribosomal L11 methyltransferase  51.59 
 
 
305 aa  264  1e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.135783  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4479  ribosomal L11 methyltransferase  51.41 
 
 
305 aa  263  3e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4944  ribosomal L11 methyltransferase  51.06 
 
 
305 aa  261  6.999999999999999e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.478731 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0776  ribosomal L11 methyltransferase  48.95 
 
 
300 aa  251  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.374062  normal  0.266147 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2334  ribosomal L11 methyltransferase  53.02 
 
 
306 aa  247  1e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.783538 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0744  ribosomal L11 methyltransferase  51.43 
 
 
310 aa  237  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1424  ribosomal L11 methyltransferase  49.45 
 
 
308 aa  228  9e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2857  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.73 
 
 
290 aa  226  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2054  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.26 
 
 
297 aa  226  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.118265 
 
 
-
 
NC_004310  BR1417  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.97 
 
 
285 aa  223  4e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2834  ribosomal protein L11 methyltransferase  45.55 
 
 
292 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180106  normal  0.0556009 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2573  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.84 
 
 
292 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.316492  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1759  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.73 
 
 
298 aa  216  4e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.608796  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1746  ribosomal L11 methyltransferase  50.53 
 
 
309 aa  216  5e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.365551  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2435  ribosomal L11 methyltransferase  48.95 
 
 
310 aa  215  9e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.299408  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0935  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.73 
 
 
291 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199402  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1993  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.77 
 
 
290 aa  208  9e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.78676  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0961  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  43.85 
 
 
290 aa  194  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2210  ribosomal L11 methyltransferase  44.27 
 
 
291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.928859  normal  0.97027 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0622  ribosomal L11 methyltransferase  44.19 
 
 
289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1227  ribosomal L11 methyltransferase  44.66 
 
 
291 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.764225 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0558  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  44.27 
 
 
291 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2866  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  38.04 
 
 
297 aa  181  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2376  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  43.3 
 
 
289 aa  179  4.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.06603  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2060  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  42.18 
 
 
286 aa  177  2e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1594  ribosomal L11 methyltransferase  44.6 
 
 
288 aa  176  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.77497  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1100  ribosomal L11 methyltransferase  41.31 
 
 
289 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.441785 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0217  ribosomal L11 methyltransferase  45.05 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0554  ribosomal L11 methyltransferase  42.75 
 
 
323 aa  160  2e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.125025  normal  0.11263 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1315  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  41.18 
 
 
325 aa  159  4e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213416  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0212  ribosomal L11 methyltransferase  41.82 
 
 
301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.257276  normal  0.0793007 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1742  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  37.5 
 
 
318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2286  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  35.59 
 
 
299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0180  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.13 
 
 
296 aa  125  9e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0841101 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3386  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  37.99 
 
 
299 aa  123  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0387461  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2631  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.34 
 
 
300 aa  122  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.52 
 
 
287 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0167166  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0256  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.52 
 
 
287 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2781  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.27 
 
 
300 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0505  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.43 
 
 
300 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0529  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.43 
 
 
300 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.579214  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0246  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  42.41 
 
 
287 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0486812  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0920  ribosomal L11 methyltransferase  40.27 
 
 
283 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.276703 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.13 
 
 
286 aa  119  6e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.210387 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3505  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.98 
 
 
302 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0572  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.46 
 
 
300 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573675 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0208  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.28 
 
 
506 aa  119  7e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00971698  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3686  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.85 
 
 
300 aa  119  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2867  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.53 
 
 
297 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712304  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0120  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.46 
 
 
300 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0603  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.46 
 
 
300 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1161  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.98 
 
 
300 aa  119  9e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.879401  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1283  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.98 
 
 
300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3467  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.98 
 
 
300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2503  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.98 
 
 
300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3281  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.98 
 
 
300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3937  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.79 
 
 
296 aa  118  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0015501  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3502  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.98 
 
 
300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3066  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.73 
 
 
304 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0424  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.98 
 
 
300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0228  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.38 
 
 
328 aa  117  3e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00278387  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0530  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.91 
 
 
300 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.982055  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1004  ribosomal L11 methyltransferase  40 
 
 
282 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0442  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.02 
 
 
294 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00173  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.9 
 
 
295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3428  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.59 
 
 
300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.244966  normal  0.0610073 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2788  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.7 
 
 
298 aa  113  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12780  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.63 
 
 
289 aa  114  3e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.0000157571  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4290  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.68 
 
 
315 aa  112  5e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135815  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2623  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.7 
 
 
298 aa  112  9e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.906319 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2837  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.78 
 
 
294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.104112  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002195  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.68 
 
 
295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00271176  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2871  ribosomal L11 methyltransferase  35.83 
 
 
284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1549  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.29 
 
 
304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3033  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.24 
 
 
298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3214  methyltransferase of 50S ribosomal subunit protein L11  33.17 
 
 
311 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1348  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.86 
 
 
275 aa  110  4.0000000000000004e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1796  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.3 
 
 
316 aa  108  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.508174  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1724  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.07 
 
 
327 aa  108  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0367  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.81 
 
 
290 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3208  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.84 
 
 
300 aa  108  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0770215  decreased coverage  0.00369905 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0566  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.78 
 
 
296 aa  108  1e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0178303  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3845  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.36 
 
 
295 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.393013  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2751  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.63 
 
 
304 aa  106  5e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0241  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.57 
 
 
306 aa  105  8e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000356795  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2687  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.55 
 
 
295 aa  105  9e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000011349  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1432  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  35.16 
 
 
283 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.362511  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1372  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.98 
 
 
303 aa  105  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.71577  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0447  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.03 
 
 
299 aa  104  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1994  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.09 
 
 
316 aa  104  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.467353  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3687  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.9 
 
 
295 aa  103  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.768619  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3219  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.44 
 
 
307 aa  103  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607744  hitchhiker  0.0000170628 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>