More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1227 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1227  ribosomal L11 methyltransferase  100 
 
 
291 aa  571  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.764225 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0558  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  94.16 
 
 
291 aa  511  1e-144  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2210  ribosomal L11 methyltransferase  93.79 
 
 
291 aa  507  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.928859  normal  0.97027 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2376  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  66.21 
 
 
289 aa  382  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.06603  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0961  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  63.1 
 
 
290 aa  353  1e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1100  ribosomal L11 methyltransferase  63.92 
 
 
289 aa  354  1e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.441785 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0622  ribosomal L11 methyltransferase  64.83 
 
 
289 aa  335  7e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0554  ribosomal L11 methyltransferase  45.3 
 
 
323 aa  218  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.125025  normal  0.11263 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2435  ribosomal L11 methyltransferase  45 
 
 
310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.299408  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1315  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  44.56 
 
 
325 aa  212  7e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213416  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2367  ribosomal L11 methyltransferase  44.52 
 
 
321 aa  209  5e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.234607  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1759  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.55 
 
 
298 aa  202  6e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.608796  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2746  ribosomal L11 methyltransferase  43.62 
 
 
298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4031  ribosomal L11 methyltransferase  44.52 
 
 
296 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0295987  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1417  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.82 
 
 
285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1993  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.96 
 
 
290 aa  191  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.78676  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3377  ribosomal L11 methyltransferase  42.76 
 
 
295 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288967  decreased coverage  0.00145631 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4993  ribosomal L11 methyltransferase  42.32 
 
 
305 aa  188  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.135783  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2012  ribosomal L11 methyltransferase  42.86 
 
 
296 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3290  ribosomal L11 methyltransferase  42.32 
 
 
296 aa  185  9e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.448463  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0935  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.86 
 
 
291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199402  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6159  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  41.69 
 
 
298 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0834072  normal  0.0516426 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2054  ribosomal protein L11 methyltransferase  38 
 
 
297 aa  183  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.118265 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0744  ribosomal L11 methyltransferase  45.04 
 
 
310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4479  ribosomal L11 methyltransferase  42.52 
 
 
305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4944  ribosomal L11 methyltransferase  42.52 
 
 
305 aa  182  6e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.478731 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2834  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.44 
 
 
292 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180106  normal  0.0556009 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2573  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.86 
 
 
292 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.316492  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1594  ribosomal L11 methyltransferase  40.38 
 
 
288 aa  176  3e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.77497  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2089  ribosomal L11 methyltransferase  43.68 
 
 
306 aa  176  5e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2334  ribosomal L11 methyltransferase  43.06 
 
 
306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.783538 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2857  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.16 
 
 
290 aa  172  5e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0776  ribosomal L11 methyltransferase  41.75 
 
 
300 aa  171  1e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.374062  normal  0.266147 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2060  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  44.57 
 
 
286 aa  170  3e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1742  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  39.77 
 
 
318 aa  167  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1746  ribosomal L11 methyltransferase  45.23 
 
 
309 aa  166  5e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.365551  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0217  ribosomal L11 methyltransferase  44.27 
 
 
305 aa  155  9e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0212  ribosomal L11 methyltransferase  38.33 
 
 
301 aa  143  3e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.257276  normal  0.0793007 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2866  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  34.87 
 
 
297 aa  142  7e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1424  ribosomal L11 methyltransferase  37.91 
 
 
308 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1432  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  39.46 
 
 
283 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.362511  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0246  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  41.28 
 
 
287 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0486812  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0256  ribosomal protein L11 methyltransferase  40 
 
 
287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2494  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.88 
 
 
308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00440175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3386  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  37.27 
 
 
299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0387461  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  40 
 
 
287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0167166  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3155  ribosomal L11 methyltransferase  38.24 
 
 
286 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11124 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1372  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.38 
 
 
303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.71577  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.91 
 
 
286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.210387 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0208  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.71 
 
 
506 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00971698  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1004  ribosomal L11 methyltransferase  40.53 
 
 
282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0573  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  37.38 
 
 
318 aa  110  4.0000000000000004e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0225  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.21 
 
 
306 aa  108  7.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1762  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.86 
 
 
275 aa  108  9.000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1998  ribosomal L11 methyltransferase  33.7 
 
 
253 aa  108  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.831895  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1549  ribosomal protein L11 methyltransferase  28.95 
 
 
304 aa  108  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2871  ribosomal L11 methyltransferase  38.03 
 
 
284 aa  107  3e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3760  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.44 
 
 
306 aa  106  4e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149604  normal  0.05102 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2788  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.04 
 
 
298 aa  105  8e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2286  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  34.67 
 
 
299 aa  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0442  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.58 
 
 
294 aa  104  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1500  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.86 
 
 
299 aa  104  2e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0241  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.28 
 
 
306 aa  104  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000356795  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0920  ribosomal L11 methyltransferase  39.53 
 
 
283 aa  103  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.276703 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0447  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.36 
 
 
299 aa  103  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4290  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.74 
 
 
315 aa  103  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135815  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0951  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.22 
 
 
294 aa  103  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3447  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.12 
 
 
300 aa  102  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.801921  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3390  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.75 
 
 
297 aa  102  7e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.375634 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2959  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.07 
 
 
309 aa  102  7e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000148567  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3066  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.32 
 
 
304 aa  102  9e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0228  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.71 
 
 
328 aa  101  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00278387  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3937  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.65 
 
 
296 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0015501  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4393  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.6 
 
 
312 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000946748  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2867  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.14 
 
 
297 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712304  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4334  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.6 
 
 
312 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.10013e-48 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4211  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.6 
 
 
312 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000228671  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4049  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.6 
 
 
312 aa  100  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0005166  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4059  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.6 
 
 
312 aa  100  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000479623  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4537  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.6 
 
 
312 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0104704  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3505  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.29 
 
 
302 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4445  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.6 
 
 
312 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000232951  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3208  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.42 
 
 
300 aa  99.8  4e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0770215  decreased coverage  0.00369905 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3281  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.29 
 
 
300 aa  99.8  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2503  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.29 
 
 
300 aa  99.8  4e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2623  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.68 
 
 
298 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.906319 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1283  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.29 
 
 
300 aa  99.8  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0424  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.29 
 
 
300 aa  99.8  4e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3502  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.29 
 
 
300 aa  99.8  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0530  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.39 
 
 
300 aa  99.8  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.982055  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2837  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.72 
 
 
294 aa  99.8  5e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.104112  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3467  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.29 
 
 
300 aa  99.8  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1496  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.44 
 
 
296 aa  99.4  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4431  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.72 
 
 
312 aa  99.4  6e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00225658  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1994  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.62 
 
 
316 aa  99.4  6e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.467353  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3033  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.68 
 
 
298 aa  99.4  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0572  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.29 
 
 
300 aa  99.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573675 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4163  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.04 
 
 
312 aa  99  8e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000153463  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3845  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.45 
 
 
295 aa  99  8e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.393013  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3038  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.16 
 
 
312 aa  99  8e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000244532  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>