More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1315 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1315  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  100 
 
 
325 aa  655    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213416  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0554  ribosomal L11 methyltransferase  58.67 
 
 
323 aa  334  1e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.125025  normal  0.11263 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1742  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  50.5 
 
 
318 aa  277  2e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1227  ribosomal L11 methyltransferase  44.49 
 
 
291 aa  209  7e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.764225 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2435  ribosomal L11 methyltransferase  46.74 
 
 
310 aa  204  1e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.299408  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2210  ribosomal L11 methyltransferase  43.38 
 
 
291 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.928859  normal  0.97027 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0558  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  43.38 
 
 
291 aa  203  3e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2376  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  40.34 
 
 
289 aa  191  1e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.06603  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1759  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.96 
 
 
298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.608796  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0961  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  45.38 
 
 
290 aa  182  1e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1417  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.8 
 
 
285 aa  181  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1594  ribosomal L11 methyltransferase  40.91 
 
 
288 aa  175  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.77497  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2054  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.36 
 
 
297 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.118265 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2834  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.71 
 
 
292 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180106  normal  0.0556009 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0622  ribosomal L11 methyltransferase  43.95 
 
 
289 aa  169  4e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0935  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.46 
 
 
291 aa  169  6e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199402  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2089  ribosomal L11 methyltransferase  38.46 
 
 
306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1100  ribosomal L11 methyltransferase  42.92 
 
 
289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.441785 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4031  ribosomal L11 methyltransferase  41.94 
 
 
296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0295987  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2857  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.85 
 
 
290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2573  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.04 
 
 
292 aa  162  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.316492  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3290  ribosomal L11 methyltransferase  41.18 
 
 
296 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.448463  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2367  ribosomal L11 methyltransferase  40.62 
 
 
321 aa  159  5e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.234607  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2012  ribosomal L11 methyltransferase  41.89 
 
 
296 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3377  ribosomal L11 methyltransferase  40.84 
 
 
295 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288967  decreased coverage  0.00145631 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2746  ribosomal L11 methyltransferase  44.39 
 
 
298 aa  154  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1993  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.06 
 
 
290 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.78676  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2060  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  39.92 
 
 
286 aa  151  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0776  ribosomal L11 methyltransferase  37.25 
 
 
300 aa  150  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.374062  normal  0.266147 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0744  ribosomal L11 methyltransferase  37.73 
 
 
310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4993  ribosomal L11 methyltransferase  35.27 
 
 
305 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.135783  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6159  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  39.54 
 
 
298 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0834072  normal  0.0516426 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2866  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  33.99 
 
 
297 aa  143  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4944  ribosomal L11 methyltransferase  34.59 
 
 
305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.478731 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4479  ribosomal L11 methyltransferase  34.25 
 
 
305 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1372  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.18 
 
 
303 aa  139  8.999999999999999e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.71577  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2334  ribosomal L11 methyltransferase  35.97 
 
 
306 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.783538 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0217  ribosomal L11 methyltransferase  39.22 
 
 
305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1424  ribosomal L11 methyltransferase  34.85 
 
 
308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1746  ribosomal L11 methyltransferase  37.82 
 
 
309 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.365551  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0246  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  41.3 
 
 
287 aa  126  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0486812  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0442  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.02 
 
 
294 aa  125  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0256  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.87 
 
 
287 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.87 
 
 
287 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0167166  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0212  ribosomal L11 methyltransferase  43.72 
 
 
301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.257276  normal  0.0793007 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2751  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.78 
 
 
304 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2494  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.21 
 
 
308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00440175  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.39 
 
 
286 aa  116  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.210387 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0194  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.99 
 
 
292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0373  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.99 
 
 
292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0981448 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2687  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.89 
 
 
295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000011349  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1762  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.42 
 
 
275 aa  114  3e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0228  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.12 
 
 
328 aa  113  5e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00278387  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2286  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  35.55 
 
 
299 aa  113  5e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0243  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.68 
 
 
295 aa  113  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0239  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.12 
 
 
295 aa  112  8.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3219  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.68 
 
 
307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607744  hitchhiker  0.0000170628 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1210  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.94 
 
 
306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000191055  normal  0.886421 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0208  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.68 
 
 
506 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00971698  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3687  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.73 
 
 
295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.768619  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4421  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.18 
 
 
293 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00260494  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0454  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.94 
 
 
293 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0388  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.94 
 
 
293 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000022526  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3386  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  36.56 
 
 
299 aa  110  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0387461  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1004  ribosomal L11 methyltransferase  34.5 
 
 
282 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1432  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  34.55 
 
 
283 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.362511  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3155  ribosomal L11 methyltransferase  36.65 
 
 
286 aa  110  5e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11124 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0180  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.26 
 
 
296 aa  110  5e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0841101 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3845  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.53 
 
 
295 aa  109  6e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.393013  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1998  ribosomal L11 methyltransferase  34.55 
 
 
253 aa  108  9.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.831895  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0447  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.94 
 
 
299 aa  108  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3208  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.21 
 
 
300 aa  108  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0770215  decreased coverage  0.00369905 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0566  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.45 
 
 
296 aa  108  1e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0178303  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2623  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.75 
 
 
298 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.906319 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00173  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.05 
 
 
295 aa  108  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0395  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.55 
 
 
293 aa  107  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2867  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.27 
 
 
297 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712304  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1491  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.92 
 
 
307 aa  107  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2788  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.87 
 
 
298 aa  107  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3066  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.24 
 
 
304 aa  106  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1994  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.93 
 
 
316 aa  107  4e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.467353  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0401  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.36 
 
 
293 aa  106  5e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0130632  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3624  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.36 
 
 
293 aa  106  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000162524  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0400  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.36 
 
 
293 aa  106  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0151894  normal  0.0533338 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0920  ribosomal L11 methyltransferase  34.38 
 
 
283 aa  106  6e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.276703 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1496  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.78 
 
 
296 aa  105  8e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0446  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.59 
 
 
293 aa  105  8e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.119875  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4117  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.04 
 
 
293 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0350894  hitchhiker  0.000425949 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3033  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.36 
 
 
298 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2309  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.91 
 
 
333 aa  105  1e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000281824  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2503  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.61 
 
 
300 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3502  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.61 
 
 
300 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0424  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.61 
 
 
300 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1283  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.61 
 
 
300 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3467  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.61 
 
 
300 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3281  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.61 
 
 
300 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0506  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.89 
 
 
293 aa  104  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0662184  hitchhiker  0.00329443 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0367  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.2 
 
 
290 aa  105  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2959  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.63 
 
 
309 aa  104  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000148567  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3505  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.15 
 
 
302 aa  104  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>