284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2056 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2056  allophanate hydrolase subunit 2  100 
 
 		 341 aa  669    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2027  putative allophanate hydrolase subunit 2  57.14 
 
 		 338 aa  354  1e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.124744 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3310  allophanate hydrolase, subunit 2  40.06 
 
 		 371 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3368  allophanate hydrolase, subunit 2  40.06 
 
 		 371 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2112  allophanate hydrolase, subunit 2  40.06 
 
 		 371 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2980  allophanate hydrolase, subunit 2  40.06 
 
 		 371 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.409998  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0265  allophanate hydrolase, subunit 2  40.06 
 
 		 359 aa  164  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0143689  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0448  urea amidolyase-like protein  40.06 
 
 		 359 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0253  allophanate hydrolase, subunit 2  40.06 
 
 		 359 aa  164  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2048  urea amidolyase related protein  37.1 
 
 		 355 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.984998  normal  0.316716 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2833  allophanate hydrolase subunit 2  37.54 
 
 		 335 aa  159  8e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.636901  normal  0.872567 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3449  putative allophanate hydrolase subunit 2  36.92 
 
 		 354 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2424  allophanate hydrolase subunit 2  38.54 
 
 		 355 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3038  urea amidolyase related protein  38.54 
 
 		 355 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3057  urea amidolyase related protein  38.54 
 
 		 355 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.027939 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3094  urea amidolyase related protein  36.71 
 
 		 354 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.604778  normal  0.778308 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0063  allophanate hydrolase subunit 2  39.53 
 
 		 339 aa  155  7e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1535  urea amidolyase related protein  36.48 
 
 		 339 aa  152  8e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0888352 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4133  putative carboxylase, like RuBisCO, small subunit  33.62 
 
 		 349 aa  152  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1973  urea amidolyase related protein  37.75 
 
 		 348 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2373  urea amidolyase related protein  37.75 
 
 		 349 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586718  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0229  urea amidolyase-related protein  38.91 
 
 		 359 aa  150  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3083  urea amidolyase related protein  37.46 
 
 		 356 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2949  urea amidolyase related protein  37.46 
 
 		 356 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.485355  normal  0.639437 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3033  urea amidolyase related protein  37.58 
 
 		 355 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.74353 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2623  allophanate hydrolase subunit 2  37.99 
 
 		 334 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2635  allophanate hydrolase subunit 2  36.91 
 
 		 335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.238129  decreased coverage  0.0000404715 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01990  biotin-dependent carboxylase-like protein  32.62 
 
 		 365 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.564153 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1502  allophanate hydrolase subunit 2  37.18 
 
 		 339 aa  147  3e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0900497 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6385  allophanate hydrolase subunit 2  38.06 
 
 		 355 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2957  urea amidolyase related protein  36.31 
 
 		 336 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2904  urea amidolyase related protein  35.49 
 
 		 350 aa  146  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.293477 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2170  hypothetical protein  38.08 
 
 		 353 aa  143  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.723282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0194  Urea amidolyase-related protein  37.03 
 
 		 350 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3394  urea amidolyase related protein  35.28 
 
 		 315 aa  143  5e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0656137 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3431  urea amidolyase related protein  37.22 
 
 		 354 aa  143  5e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.782609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1495  urea amidolyase related protein  37.09 
 
 		 344 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0419081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1215  urea amidolyase related protein  35.33 
 
 		 310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.478811  normal  0.0330317 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2921  urea amidolyase related protein  35.92 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1146  urea amidolyase related protein  29.13 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.234826  normal  0.390267 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0088  allophanate hydrolase subunit 2  36.68 
 
 		 339 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419671  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00672  predicted enzyme subunit  34.52 
 
 		 310 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2924  urea amidolyase related protein  34.52 
 
 		 310 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.126507  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0760  allophanate hydrolase, subunit 2  34.52 
 
 		 310 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00661  hypothetical protein  34.52 
 
 		 310 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2943  urea amidolyase related protein  34.52 
 
 		 310 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3742  urea amidolyase related protein  36.71 
 
 		 350 aa  139  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.485682 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0802  allophanate hydrolase, subunit 2  34.49 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.316983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2041  allophanate hydrolase subunit 2  34.84 
 
 		 345 aa  138  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1256  urea amidolyase related protein  34.95 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0977176  normal  0.848518 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0737  allophanate hydrolase, subunit 2  34.52 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0773  allophanate hydrolase subunit 2  35.05 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.905688 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0727  allophanate hydrolase, subunit 2  34.18 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.25799  normal  0.390135 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0821  allophanate hydrolase, subunit 2  35.05 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0263857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0760  allophanate hydrolase, subunit 2  35.05 
 
 		 310 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0836  allophanate hydrolase subunit 2  35.05 
 
 		 310 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.631798  hitchhiker  0.00120762 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0870  allophanate hydrolase subunit 2  35.05 
 
 		 310 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.25979 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0629  allophanate hydrolase, subunit 2  34.19 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2826  urea amidolyase related protein  36.48 
 
 		 318 aa  136  5e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.196428  hitchhiker  0.00928055 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2273  urea amidolyase related protein  35.07 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1815  urea amidolyase related protein  35.53 
 
 		 339 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.22285  normal  0.131642 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1384  urea amidolyase related protein  35.19 
 
 		 338 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.669414 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5816  urea amidolyase related protein  38.01 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174826  normal  0.0709434 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06480  putative hydrolase  34.77 
 
 		 325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000202222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0177  urea amidolyase related protein  30.55 
 
 		 389 aa  132  6e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2809  urea amidolyase-like protein  30.32 
 
 		 329 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1116  biotin-dependent carboxylase domain-containing protein  35.62 
 
 		 316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000309284  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05797  allophanate hydrolase, subunit 2  33.56 
 
 		 312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1171  urea amidolyase-related protein  28.39 
 
 		 334 aa  130  3e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1168  urea amidolyase related protein  35.57 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000170574  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0718  hypothetical protein  34.83 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00184612  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3120  urea amidolyase-related protein  30 
 
 		 329 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3590  biotin-dependent carboxylase domain-containing protein  35.29 
 
 		 316 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2804  allophanate hydrolase subunit 2  35.38 
 
 		 330 aa  129  6e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.776372 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1105  urea amidolyase related protein  34.31 
 
 		 339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0170901  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4366  urea amidolyase related protein  35.6 
 
 		 332 aa  129  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1949  urea amidolyase related protein  28.01 
 
 		 328 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000276448  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2593  urea amidolyase related protein  34.74 
 
 		 326 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0709  urea amidolyase related protein  33.33 
 
 		 353 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0199666  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0007  urea amidolyase related protein  34.29 
 
 		 310 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00148703 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00380  biotin-dependent carboxylase-like protein  35.79 
 
 		 285 aa  128  2.0000000000000002e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.301441 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3549  urea amidolyase related protein  32.53 
 
 		 315 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2848  urea amidolyase-like protein  29.68 
 
 		 329 aa  127  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2873  urea amidolyase related protein  29.77 
 
 		 329 aa  127  3e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.614704  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3119  urea amidolyase-related protein  29.68 
 
 		 329 aa  126  5e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000401066  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3087  urea amidolyase-related protein  28.97 
 
 		 329 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0373  urea amidolyase related protein  36.55 
 
 		 317 aa  125  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.550706 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0011  UreA amidolyase related protein  31.91 
 
 		 328 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000028869 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3101  urea amidolyase-related protein  29.35 
 
 		 329 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2149  urea amidolyase-related protein  29.68 
 
 		 329 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0022  Urea carboxylase  34.09 
 
 		 310 aa  125  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00319916 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2133  urea amidolyase related protein  35.84 
 
 		 359 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.335875 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2881  urea amidolyase-related protein  28.62 
 
 		 320 aa  124  3e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.224569  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3096  urea amidolyase-related protein  28.62 
 
 		 320 aa  124  3e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.379223  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1827  urea amidolyase related protein  33.11 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.678216  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0544  putative allophanate hydrolase  32.89 
 
 		 549 aa  123  6e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00179093  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1985  allophanate hydrolase domain-containing protein  31.54 
 
 		 322 aa  122  7e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4553  urea amidolyase related protein  31.73 
 
 		 331 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.16518 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1708  urea amidolyase related protein  33.68 
 
 		 339 aa  122  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0203426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4581  urea amidolyase related protein  33.23 
 
 		 338 aa  122  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.625746  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>