286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2027 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2027  putative allophanate hydrolase subunit 2  100 
 
 
338 aa  662    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.124744 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2056  allophanate hydrolase subunit 2  57.14 
 
 
341 aa  352  7e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2048  urea amidolyase related protein  40.83 
 
 
355 aa  179  7e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.984998  normal  0.316716 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3094  urea amidolyase related protein  40.29 
 
 
354 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.604778  normal  0.778308 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3449  putative allophanate hydrolase subunit 2  40.29 
 
 
354 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3431  urea amidolyase related protein  40.68 
 
 
354 aa  153  4e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.782609  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1535  urea amidolyase related protein  36.76 
 
 
339 aa  152  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0888352 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0063  allophanate hydrolase subunit 2  39.53 
 
 
339 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0253  allophanate hydrolase, subunit 2  37.42 
 
 
359 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0448  urea amidolyase-like protein  37.42 
 
 
359 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0265  allophanate hydrolase, subunit 2  37.42 
 
 
359 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0143689  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3310  allophanate hydrolase, subunit 2  37.42 
 
 
371 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3368  allophanate hydrolase, subunit 2  37.42 
 
 
371 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2112  allophanate hydrolase, subunit 2  37.42 
 
 
371 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2980  allophanate hydrolase, subunit 2  37.42 
 
 
371 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.409998  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0088  allophanate hydrolase subunit 2  37.81 
 
 
339 aa  146  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419671  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2170  hypothetical protein  40 
 
 
353 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.723282  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2949  urea amidolyase related protein  36.25 
 
 
356 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.485355  normal  0.639437 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1949  urea amidolyase related protein  31.29 
 
 
328 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000276448  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01990  biotin-dependent carboxylase-like protein  34.06 
 
 
365 aa  144  2e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.564153 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0177  urea amidolyase related protein  32.6 
 
 
389 aa  144  3e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1168  urea amidolyase related protein  35.86 
 
 
316 aa  144  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000170574  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1116  biotin-dependent carboxylase domain-containing protein  35.86 
 
 
316 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000309284  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3083  urea amidolyase related protein  36.5 
 
 
356 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0022  Urea carboxylase  37.71 
 
 
310 aa  142  6e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00319916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1495  urea amidolyase related protein  36.49 
 
 
344 aa  142  9e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0419081  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3590  biotin-dependent carboxylase domain-containing protein  35.53 
 
 
316 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2921  urea amidolyase related protein  36.48 
 
 
309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3057  urea amidolyase related protein  35.95 
 
 
355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.027939 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2424  allophanate hydrolase subunit 2  35.95 
 
 
355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3038  urea amidolyase related protein  35.95 
 
 
355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0229  urea amidolyase-related protein  37.07 
 
 
359 aa  139  7e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2273  urea amidolyase related protein  37.05 
 
 
323 aa  138  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2373  urea amidolyase related protein  37.42 
 
 
349 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586718  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1815  urea amidolyase related protein  36.45 
 
 
339 aa  138  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.22285  normal  0.131642 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1973  urea amidolyase related protein  37.42 
 
 
348 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3033  urea amidolyase related protein  36.06 
 
 
355 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.74353 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5816  urea amidolyase related protein  37.57 
 
 
344 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174826  normal  0.0709434 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1105  urea amidolyase related protein  39.71 
 
 
339 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0170901  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0194  Urea amidolyase-related protein  33.83 
 
 
350 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3394  urea amidolyase related protein  38.19 
 
 
315 aa  136  7.000000000000001e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0656137 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4133  putative carboxylase, like RuBisCO, small subunit  33.94 
 
 
349 aa  135  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2957  urea amidolyase related protein  37.19 
 
 
336 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1227  urea amidolyase related protein  34.52 
 
 
314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0718  hypothetical protein  33.89 
 
 
309 aa  134  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00184612  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1384  urea amidolyase related protein  35.06 
 
 
338 aa  134  3e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.669414 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2904  urea amidolyase related protein  33.23 
 
 
350 aa  133  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.293477 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3109  urea amidolyase related protein  34.2 
 
 
314 aa  133  6e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3742  urea amidolyase related protein  33.87 
 
 
350 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.485682 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2337  urea amidolyase related protein  34.17 
 
 
323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1256  urea amidolyase related protein  34.87 
 
 
310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0977176  normal  0.848518 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3354  urea amidolyase related protein  37.9 
 
 
338 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1137  urea amidolyase related protein  34.29 
 
 
309 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.878292  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0010  urea amidolyase related protein  31.63 
 
 
306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0117619 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0010  urea amidolyase related protein  31.63 
 
 
306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1665  hypothetical protein  29.49 
 
 
336 aa  129  6e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1699  hypothetical protein  29.49 
 
 
336 aa  129  6e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6385  allophanate hydrolase subunit 2  35.78 
 
 
355 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0006  urea amidolyase related protein  31.63 
 
 
306 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4553  urea amidolyase related protein  35.65 
 
 
331 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.16518 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1215  urea amidolyase related protein  33.77 
 
 
310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.478811  normal  0.0330317 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1502  allophanate hydrolase subunit 2  35.14 
 
 
339 aa  127  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0900497 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1708  urea amidolyase related protein  36.34 
 
 
339 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0203426  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2873  urea amidolyase related protein  31.08 
 
 
329 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.614704  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05797  allophanate hydrolase, subunit 2  33.1 
 
 
312 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0010  urea amidolyase related protein  31.29 
 
 
306 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000528176 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0629  allophanate hydrolase, subunit 2  33.44 
 
 
310 aa  125  8.000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2833  allophanate hydrolase subunit 2  34.49 
 
 
335 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.636901  normal  0.872567 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2789  urea amidolyase related protein  33.75 
 
 
345 aa  125  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3556  urea amidolyase related protein  36.77 
 
 
308 aa  125  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.392081  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0026  allophanate hydrolase, subunit 2  31.44 
 
 
309 aa  124  2e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2133  urea amidolyase related protein  36.03 
 
 
359 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.335875 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00672  predicted enzyme subunit  33.11 
 
 
310 aa  122  6e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2924  urea amidolyase related protein  33.11 
 
 
310 aa  122  6e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.126507  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00661  hypothetical protein  33.11 
 
 
310 aa  122  6e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0760  allophanate hydrolase, subunit 2  33.11 
 
 
310 aa  122  6e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2943  urea amidolyase related protein  33.11 
 
 
310 aa  122  6e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4366  urea amidolyase related protein  35.99 
 
 
332 aa  122  8e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0737  allophanate hydrolase, subunit 2  33.11 
 
 
310 aa  122  8e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0727  allophanate hydrolase, subunit 2  33.11 
 
 
310 aa  122  9e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.25799  normal  0.390135 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2593  urea amidolyase related protein  35.96 
 
 
326 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7658  hypothetical protein  34.45 
 
 
332 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.403453  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1573  urea amidolyase related protein  38.22 
 
 
325 aa  121  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.266865 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0836  allophanate hydrolase subunit 2  33.12 
 
 
310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.631798  hitchhiker  0.00120762 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1099  allophanate hydrolase subunit 2  31.82 
 
 
307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.154385 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1968  allophanate hydrolase subunit 2  35.86 
 
 
286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.138307  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000164  allophanate hydrolase subunit 2  31.86 
 
 
311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.732807  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0760  allophanate hydrolase, subunit 2  33.12 
 
 
310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0821  allophanate hydrolase, subunit 2  33.12 
 
 
310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0263857  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0870  allophanate hydrolase subunit 2  33.12 
 
 
310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.25979 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0802  allophanate hydrolase, subunit 2  32.79 
 
 
310 aa  120  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.316983  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1596  urea amidolyase related protein  30.93 
 
 
334 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3142  urea amidolyase related protein  32.78 
 
 
347 aa  119  6e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.440841  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0773  allophanate hydrolase subunit 2  32.8 
 
 
310 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.905688 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2975  allophanate hydrolase  35.71 
 
 
288 aa  119  7.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0524316  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2041  allophanate hydrolase subunit 2  33.82 
 
 
345 aa  119  7.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1827  urea amidolyase related protein  32.38 
 
 
310 aa  119  9e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.678216  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6366  urea amidolyase related protein  33.23 
 
 
331 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2826  urea amidolyase related protein  35.4 
 
 
318 aa  118  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.196428  hitchhiker  0.00928055 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2635  allophanate hydrolase subunit 2  33.87 
 
 
335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.238129  decreased coverage  0.0000404715 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>