286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2957 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2957  urea amidolyase related protein  100 
 
 
336 aa  660    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2833  allophanate hydrolase subunit 2  77.78 
 
 
335 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.636901  normal  0.872567 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2635  allophanate hydrolase subunit 2  78.57 
 
 
335 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.238129  decreased coverage  0.0000404715 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1502  allophanate hydrolase subunit 2  67.57 
 
 
339 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0900497 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2623  allophanate hydrolase subunit 2  70.27 
 
 
334 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2041  allophanate hydrolase subunit 2  68.17 
 
 
345 aa  435  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4133  putative carboxylase, like RuBisCO, small subunit  64.86 
 
 
349 aa  420  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1535  urea amidolyase related protein  52.28 
 
 
339 aa  276  3e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0888352 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1815  urea amidolyase related protein  52.58 
 
 
339 aa  261  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.22285  normal  0.131642 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1708  urea amidolyase related protein  50.89 
 
 
339 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0203426  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5816  urea amidolyase related protein  45.27 
 
 
344 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174826  normal  0.0709434 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1495  urea amidolyase related protein  46.43 
 
 
344 aa  218  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0419081  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3449  putative allophanate hydrolase subunit 2  41.62 
 
 
354 aa  217  2e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3094  urea amidolyase related protein  41.62 
 
 
354 aa  217  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.604778  normal  0.778308 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2048  urea amidolyase related protein  41.32 
 
 
355 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.984998  normal  0.316716 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1105  urea amidolyase related protein  44.44 
 
 
339 aa  209  5e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0170901  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1596  urea amidolyase related protein  36.83 
 
 
334 aa  209  6e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1271  urea amidolyase related protein  38.02 
 
 
329 aa  203  3e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1973  urea amidolyase related protein  41.36 
 
 
348 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2373  urea amidolyase related protein  41.36 
 
 
349 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586718  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3142  urea amidolyase related protein  37.03 
 
 
347 aa  200  3e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.440841  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2170  hypothetical protein  42.33 
 
 
353 aa  199  7e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.723282  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2133  urea amidolyase related protein  43.66 
 
 
359 aa  195  9e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.335875 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1146  urea amidolyase related protein  36.67 
 
 
343 aa  194  2e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.234826  normal  0.390267 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3354  urea amidolyase related protein  45.83 
 
 
338 aa  192  9e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0088  allophanate hydrolase subunit 2  41.08 
 
 
339 aa  187  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419671  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1384  urea amidolyase related protein  38.92 
 
 
338 aa  187  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.669414 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3431  urea amidolyase related protein  41.57 
 
 
354 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.782609  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0520  urea amidolyase related protein  41.86 
 
 
350 aa  183  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1505  allophanate hydrolase subunit 2  42.11 
 
 
353 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0821  allophanate hydrolase, subunit 2  39.22 
 
 
310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0263857  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2873  urea amidolyase related protein  36.18 
 
 
329 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.614704  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2061  urea amidolyase related protein  34.91 
 
 
329 aa  182  6e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.180857  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0836  allophanate hydrolase subunit 2  39.22 
 
 
310 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.631798  hitchhiker  0.00120762 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0760  allophanate hydrolase, subunit 2  39.22 
 
 
310 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0870  allophanate hydrolase subunit 2  39.22 
 
 
310 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.25979 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2921  urea amidolyase related protein  38.83 
 
 
309 aa  181  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0177  urea amidolyase related protein  35.46 
 
 
389 aa  180  2.9999999999999997e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2337  urea amidolyase related protein  37.69 
 
 
323 aa  179  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0773  allophanate hydrolase subunit 2  38.89 
 
 
310 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.905688 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3310  allophanate hydrolase, subunit 2  38.46 
 
 
371 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3368  allophanate hydrolase, subunit 2  38.46 
 
 
371 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2112  allophanate hydrolase, subunit 2  38.46 
 
 
371 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0265  allophanate hydrolase, subunit 2  38.46 
 
 
359 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0143689  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0253  allophanate hydrolase, subunit 2  38.46 
 
 
359 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3394  urea amidolyase related protein  39.49 
 
 
315 aa  179  4.999999999999999e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0656137 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2980  allophanate hydrolase, subunit 2  38.46 
 
 
371 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.409998  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0448  urea amidolyase-like protein  38.46 
 
 
359 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01990  biotin-dependent carboxylase-like protein  36.39 
 
 
365 aa  178  1e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.564153 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2904  urea amidolyase related protein  37.16 
 
 
350 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.293477 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1827  urea amidolyase related protein  38.26 
 
 
310 aa  177  2e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.678216  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3109  urea amidolyase related protein  37.38 
 
 
314 aa  177  3e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1902  hypothetical protein  36.9 
 
 
321 aa  176  6e-43  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1256  urea amidolyase related protein  38.78 
 
 
310 aa  176  7e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0977176  normal  0.848518 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1137  urea amidolyase related protein  37.83 
 
 
309 aa  176  7e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.878292  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3119  urea amidolyase-related protein  34.1 
 
 
329 aa  175  9e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000401066  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2809  urea amidolyase-like protein  33.55 
 
 
329 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00672  predicted enzyme subunit  39.03 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2924  urea amidolyase related protein  39.03 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.126507  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0760  allophanate hydrolase, subunit 2  39.03 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00661  hypothetical protein  39.03 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2943  urea amidolyase related protein  39.03 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1949  urea amidolyase related protein  32.31 
 
 
328 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000276448  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3087  urea amidolyase-related protein  34.1 
 
 
329 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0802  allophanate hydrolase, subunit 2  38.29 
 
 
310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.316983  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0718  hypothetical protein  37.34 
 
 
309 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00184612  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3101  urea amidolyase-related protein  34.09 
 
 
329 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1714  hypothetical protein  37.46 
 
 
321 aa  172  9e-42  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.768443  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2149  urea amidolyase-related protein  33.77 
 
 
329 aa  171  1e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0737  allophanate hydrolase, subunit 2  38.71 
 
 
310 aa  171  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1528  hypothetical protein  37.46 
 
 
321 aa  172  1e-41  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3057  urea amidolyase related protein  37.7 
 
 
355 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.027939 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0229  urea amidolyase-related protein  38.44 
 
 
359 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2424  allophanate hydrolase subunit 2  37.7 
 
 
355 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3083  urea amidolyase related protein  38.17 
 
 
356 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3038  urea amidolyase related protein  37.7 
 
 
355 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1227  urea amidolyase related protein  37.38 
 
 
314 aa  170  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0629  allophanate hydrolase, subunit 2  38.71 
 
 
310 aa  170  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2881  urea amidolyase-related protein  34.09 
 
 
320 aa  169  4e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.224569  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2848  urea amidolyase-like protein  33.22 
 
 
329 aa  169  4e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3096  urea amidolyase-related protein  34.09 
 
 
320 aa  169  4e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.379223  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3120  urea amidolyase-related protein  34.42 
 
 
329 aa  169  5e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06480  putative hydrolase  37.97 
 
 
325 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000202222  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1985  allophanate hydrolase domain-containing protein  35.76 
 
 
322 aa  169  6e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0709  urea amidolyase related protein  35.89 
 
 
353 aa  169  7e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0199666  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2949  urea amidolyase related protein  36.31 
 
 
356 aa  169  7e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.485355  normal  0.639437 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3033  urea amidolyase related protein  37.7 
 
 
355 aa  169  9e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.74353 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0727  allophanate hydrolase, subunit 2  37.66 
 
 
310 aa  168  9e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.25799  normal  0.390135 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3556  urea amidolyase related protein  40.21 
 
 
308 aa  168  1e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.392081  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6385  allophanate hydrolase subunit 2  38.74 
 
 
355 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0063  allophanate hydrolase subunit 2  40.45 
 
 
339 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1168  urea amidolyase related protein  38.51 
 
 
316 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000170574  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1116  biotin-dependent carboxylase domain-containing protein  38.51 
 
 
316 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000309284  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0477  allophanate hydrolase, subunit 2  37.74 
 
 
330 aa  167  2e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230499  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0359  urea amidolyase related protein  35.62 
 
 
307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0883531  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3590  biotin-dependent carboxylase domain-containing protein  38.19 
 
 
316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4366  urea amidolyase related protein  38.83 
 
 
332 aa  166  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1215  urea amidolyase related protein  37.1 
 
 
310 aa  166  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.478811  normal  0.0330317 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0194  Urea amidolyase-related protein  35.35 
 
 
350 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3742  urea amidolyase related protein  35.35 
 
 
350 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.485682 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>