52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1588 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1588  Outer membrane autotransporter barrel  100 
 
 		 1184 aa  2315    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.635077 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2009  autotransporter-associated beta strand repeat protein  34.85 
 
 		 1806 aa  133  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.979207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2696  outer membrane autotransporter  29.11 
 
 		 2194 aa  128  7e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.533245 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3285  Outer membrane autotransporter barrel  27.6 
 
 		 1895 aa  126  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.761058 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2781  outer membrane autotransporter  32.94 
 
 		 2886 aa  125  6e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1491  type 3a cellulose-binding domain protein  32.43 
 
 		 2344 aa  124  9e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0251  outer membrane autotransporter  24.73 
 
 		 1359 aa  105  4e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0490823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1645  hypothetical protein  33.55 
 
 		 2487 aa  94  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0210  C protein alpha-antigen  33.77 
 
 		 730 aa  85.1  0.000000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1985  FG-GAP repeat-containing protein  28.24 
 
 		 2064 aa  80.9  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.518601  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1690  beta strand repeat-containing protein  42.07 
 
 		 1632 aa  77.8  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.638042 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3412  hypothetical protein  29.43 
 
 		 2625 aa  67.4  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1798  Fibronectin type III domain protein  29.35 
 
 		 827 aa  64.7  0.000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1039  Fibronectin type III domain protein  28.34 
 
 		 2927 aa  63.5  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.761605 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2852  beta-glycosidase-like protein  28.09 
 
 		 1152 aa  63.2  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.359276  normal  0.0739949 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2392  cell wall associated biofilm protein  26.7 
 
 		 2402 aa  62  0.00000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1197  PKD domain containing protein  36.32 
 
 		 2079 aa  60.8  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0884  KP-43 peptidase  22.29 
 
 		 2552 aa  60.5  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.92948  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4113  hypothetical protein  31.33 
 
 		 3562 aa  59.3  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0537133 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2903  large repetitive protein  28.62 
 
 		 3721 aa  59.7  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1161  hypothetical protein  40.86 
 
 		 1902 aa  59.3  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.125794  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5863  Cadherin  38.46 
 
 		 3227 aa  58.2  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.510613 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1677  hypothetical protein  28.33 
 
 		 2233 aa  58.2  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3119  putative outer membrane adhesin like proteiin  28.18 
 
 		 3552 aa  57  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0912825 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2835  VCBS repeat-containing protein  28.45 
 
 		 3824 aa  57  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21200  copper binding protein, plastocyanin/azurin family  31.17 
 
 		 513 aa  56.6  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.229231  normal  0.551456 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2905  large repetitive protein  27.58 
 
 		 3824 aa  55.5  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2383  putative surface protein  29.4 
 
 		 929 aa  54.3  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3709  hemolysin-type calcium-binding region  29.9 
 
 		 2704 aa  54.7  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.406778 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3022  hypothetical protein  28.71 
 
 		 3586 aa  54.3  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5260  hypothetical protein  27.27 
 
 		 1879 aa  53.5  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3017  VCBS repeat-containing protein  27.48 
 
 		 3739 aa  53.5  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4272  hypothetical protein  33.04 
 
 		 852 aa  52.4  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.176048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1799  Fibronectin type III domain protein  28.99 
 
 		 1096 aa  52.4  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4024  putative invasin  29.63 
 
 		 2933 aa  52.4  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.43506  normal  0.407201 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000465  fibronectin type III domain protein  29.84 
 
 		 2839 aa  52  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3066  hypothetical protein  27.68 
 
 		 3925 aa  50.8  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.455665 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2157  fibronectin, type III domain-containing protein  29.93 
 
 		 1141 aa  51.2  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.445714  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2886  large repetitive protein  27.98 
 
 		 3824 aa  51.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.659132 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1235  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  30.15 
 
 		 6885 aa  50.1  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4538  von Willebrand factor, type A  26.12 
 
 		 2588 aa  49.7  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40260  hypothetical protein  27.62 
 
 		 2456 aa  49.7  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.702086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1325  YD repeat protein  27.61 
 
 		 2350 aa  49.3  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0779  periplasmic copper-binding protein  31.39 
 
 		 1332 aa  48.9  0.0006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.195346  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0725  Outer membrane autotransporter barrel  23.68 
 
 		 3504 aa  47.8  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1547  S-layer domain protein  26.3 
 
 		 3320 aa  47.4  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4328  cadherin domain-containing protein  30.35 
 
 		 2193 aa  47  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.859375  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2870  hypothetical protein  35.62 
 
 		 1243 aa  46.6  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.772535  hitchhiker  0.00123304 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1001  C-type lectin domain-containing protein  29.11 
 
 		 3325 aa  46.6  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01455  cell wall associated biofilm protein  28.52 
 
 		 3089 aa  45.8  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13428  hypothetical protein  29.49 
 
 		 1634 aa  45.4  0.006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24870  predicted xylanase/chitin deacetylase  37.01 
 
 		 503 aa  45.1  0.008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>