More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1031 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1031  response regulator receiver protein  100 
 
 
131 aa  269  7e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.670237  normal  0.107472 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0366  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  37.6 
 
 
1081 aa  83.2  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0283  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  40.83 
 
 
531 aa  82  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0314  histidine kinase  42.15 
 
 
531 aa  80.1  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1892  putative PAS/PAC sensor protein  38.24 
 
 
632 aa  79.7  0.00000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.487702  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
1808 aa  80.1  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2329  response regulator receiver  33.64 
 
 
301 aa  79  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.25746  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2350  putative PAS/PAC sensor protein  37.4 
 
 
450 aa  78.2  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1525  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.19 
 
 
813 aa  78.6  0.00000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4417  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
1548 aa  75.9  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.409401 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3601  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.75 
 
 
399 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4726  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 
368 aa  74.3  0.0000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1354  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.01 
 
 
1276 aa  73.9  0.0000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.530457  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3038  signal transduction histidine kinase  31.07 
 
 
878 aa  73.6  0.0000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3763  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.83 
 
 
1255 aa  73.6  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.24 
 
 
530 aa  73.2  0.000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2749  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.19 
 
 
486 aa  72.8  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.778475  normal  0.579466 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4665  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.62 
 
 
235 aa  72.4  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.880727  normal  0.209776 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0664  Signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
344 aa  71.6  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1421  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
404 aa  71.6  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1649  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.36 
 
 
479 aa  71.2  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1518  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.29 
 
 
769 aa  71.2  0.000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1287  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.19 
 
 
570 aa  68.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2085  response regulator  32.77 
 
 
339 aa  68.9  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0330  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 
758 aa  68.9  0.00000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3325  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.4 
 
 
667 aa  69.3  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.26 
 
 
921 aa  69.3  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.627886  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0720  DNA-binding response regulator  35.64 
 
 
229 aa  68.2  0.00000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.503154 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0622  putative PAS/PAC sensor protein  30.53 
 
 
440 aa  68.2  0.00000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2409  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.25 
 
 
759 aa  68.2  0.00000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.456195  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3017  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.62 
 
 
452 aa  67.8  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0144454 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3356  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36 
 
 
484 aa  67.8  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0931  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.51 
 
 
446 aa  67.8  0.00000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.523505  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0840  response regulator receiver domain-containing protein  31.43 
 
 
196 aa  67.4  0.00000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.351248  normal  0.247104 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1919  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 
862 aa  67.4  0.00000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.592004  normal  0.385421 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3793  response regulator receiver protein  38.46 
 
 
133 aa  67  0.00000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2986  putative PAS/PAC sensor protein  32.38 
 
 
474 aa  67.4  0.00000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0090  two component LuxR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
210 aa  67.4  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1005  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.11 
 
 
646 aa  67  0.00000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.442988  decreased coverage  0.0000217029 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
1714 aa  66.2  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0970  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.33 
 
 
459 aa  66.2  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000694494  normal  0.524712 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.86 
 
 
448 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1419  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.48 
 
 
769 aa  66.6  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0849788  normal  0.753623 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2499  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.86 
 
 
448 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0553938  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2412  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.86 
 
 
448 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.408341  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4645  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.71 
 
 
644 aa  66.2  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.224961  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3617  two component transcriptional regulator  33.01 
 
 
221 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1561  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 
443 aa  65.5  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.414952 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.59 
 
 
453 aa  66.2  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4779  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.6 
 
 
494 aa  65.9  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0545  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.01 
 
 
896 aa  65.9  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.91043  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1607  response regulator receiver domain-containing protein  32.38 
 
 
186 aa  65.5  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.790082 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3300  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
385 aa  65.9  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.24 
 
 
454 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4900  DNA-binding response regulator  32.04 
 
 
221 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0788  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 
634 aa  65.1  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0121  two component LuxR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
210 aa  65.1  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.830531  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.01 
 
 
460 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3337  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.94 
 
 
685 aa  65.5  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1335  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
1113 aa  65.1  0.0000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2457  metal dependent phosphohydrolase  31.62 
 
 
358 aa  65.1  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.8 
 
 
765 aa  65.1  0.0000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5362  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.79 
 
 
643 aa  65.1  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5298  signal transduction histidine kinase  33.81 
 
 
732 aa  65.5  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0496  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.58 
 
 
896 aa  64.7  0.0000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5173  DNA-binding response regulator  32.04 
 
 
221 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4744  response regulator  32.04 
 
 
221 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4763  response regulator  32.04 
 
 
221 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1167  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.48 
 
 
544 aa  64.7  0.0000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.230477  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5275  DNA-binding response regulator  32.04 
 
 
221 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0504  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.39 
 
 
443 aa  64.7  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2761  response regulator receiver  31.82 
 
 
300 aa  64.7  0.0000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.428071  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5144  DNA-binding response regulator  32.04 
 
 
221 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5188  DNA-binding response regulator  32.04 
 
 
221 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4859  two component transcriptional regulator  32.04 
 
 
221 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0071  DNA-binding response regulator  32.04 
 
 
221 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5179  DNA-binding response regulator  32.04 
 
 
221 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5952  signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 
355 aa  64.7  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.113414 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2078  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.51 
 
 
210 aa  64.3  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2816  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.08 
 
 
682 aa  63.9  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0864703 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0054  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.31 
 
 
467 aa  64.3  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1873  two component LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
219 aa  64.3  0.0000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.48 
 
 
931 aa  63.9  0.0000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1571  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.97 
 
 
223 aa  63.9  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2172  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.51 
 
 
210 aa  63.5  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.39 
 
 
443 aa  63.5  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141325  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0141  putative PAS/PAC sensor protein  32.38 
 
 
837 aa  63.5  0.0000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  decreased coverage  0.00355903 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0537  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.39 
 
 
446 aa  63.5  0.0000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2550  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.18 
 
 
685 aa  63.5  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2147  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  36.45 
 
 
712 aa  63.5  0.000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2507  winged helix family two component transcriptional regulator  33.08 
 
 
233 aa  63.2  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.1 
 
 
650 aa  63.2  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0348  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  38.18 
 
 
700 aa  62.8  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1208  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.48 
 
 
619 aa  62.8  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0242207  normal  0.0474084 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1723  signal transduction histidine kinase  29.25 
 
 
764 aa  63.2  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2980  response regulator receiver protein  38 
 
 
138 aa  63.5  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0945  two component LuxR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
210 aa  63.2  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1089  two component LuxR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
210 aa  63.2  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3194  putative PAS/PAC sensor protein  28.57 
 
 
740 aa  63.2  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.27782  normal  0.189469 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1360  signal transduction histidine kinase  30.69 
 
 
524 aa  62.8  0.000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0984724 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>