More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3300 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3300  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
385 aa  790    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0283  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 
531 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0314  histidine kinase  30.2 
 
 
531 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0901  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.25 
 
 
374 aa  138  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0602893  normal  0.0705062 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1421  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.39 
 
 
404 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3213  two-component hybrid sensor and regulator  27.22 
 
 
359 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4970  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.93 
 
 
384 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  normal  0.288098 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2410  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.17 
 
 
628 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1495  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.13 
 
 
389 aa  126  6e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1522  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.13 
 
 
389 aa  126  6e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4970  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.6 
 
 
361 aa  125  1e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.121387  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2280  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.28 
 
 
821 aa  125  1e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2179  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.09 
 
 
710 aa  124  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.312055 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 
769 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4101  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.3 
 
 
786 aa  124  4e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0790  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 
566 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.391268  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1143  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 
502 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.36757  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5360  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.33 
 
 
515 aa  119  6e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.183815  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  31.33 
 
 
368 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6179  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.98 
 
 
389 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.271486 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0270  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.71 
 
 
626 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5034  histidine kinase  31.17 
 
 
498 aa  118  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5226  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.74 
 
 
388 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0324  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.43 
 
 
424 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.046409  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0435  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.08 
 
 
409 aa  118  1.9999999999999998e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5112  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
1252 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.758591 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3024  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.03 
 
 
572 aa  117  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.22 
 
 
769 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
760 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
760 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2299  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.49 
 
 
670 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.465317  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3966  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.76 
 
 
817 aa  117  3.9999999999999997e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.2 
 
 
765 aa  116  5e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3898  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.25 
 
 
1003 aa  116  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504038  normal  0.0804481 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1083  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.74 
 
 
973 aa  116  6e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.9 
 
 
767 aa  116  6.9999999999999995e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
1669 aa  116  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1359  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.13 
 
 
628 aa  116  6.9999999999999995e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.117845  decreased coverage  0.00612296 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22960  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  29.18 
 
 
552 aa  116  6.9999999999999995e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.282071 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0906  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 
1195 aa  115  8.999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04304  two-component system sensor protein  29.51 
 
 
603 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2186  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.3 
 
 
381 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000654459  hitchhiker  0.000162526 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1296  histidine kinase  31.3 
 
 
378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.572141  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2911  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.37 
 
 
642 aa  115  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1561  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  26.45 
 
 
443 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.414952 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11543  sensory transduction histidine kinase  31.13 
 
 
952 aa  114  2.0000000000000002e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.166055  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0970  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 
729 aa  115  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0875  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  25.07 
 
 
368 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021337 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29 
 
 
380 aa  115  2.0000000000000002e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.17 
 
 
412 aa  113  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.111362 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2774  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.65 
 
 
535 aa  113  5e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4364  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
517 aa  113  5e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4114  histidine kinase  30.89 
 
 
268 aa  113  6e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0596823  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3297  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.47 
 
 
838 aa  113  6e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0037  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  24.74 
 
 
387 aa  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2049  histidine kinase  33.48 
 
 
494 aa  112  8.000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2148  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
770 aa  112  9e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.74 
 
 
445 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1219  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  25.97 
 
 
396 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000364001 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1670  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  25.38 
 
 
394 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00261958  normal  0.184327 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2077  sensor histidine kinase/response regulator fusion protein (sensor for arcA)  31.74 
 
 
492 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0651522  normal  0.191572 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1660  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 
781 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0994  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 
640 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.620121  normal  0.0418978 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1145  multi-sensor signal transduction multi-kinase  28.05 
 
 
532 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.96 
 
 
883 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4064  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.63 
 
 
639 aa  111  2.0000000000000002e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.12518  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1547  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.75 
 
 
613 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2639  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  25.63 
 
 
396 aa  111  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.136447  normal  0.717158 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3356  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.18 
 
 
401 aa  111  3e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0908  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.33 
 
 
1267 aa  110  3e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.142245  normal  0.539943 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2531  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.69 
 
 
880 aa  110  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2988  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 
529 aa  111  3e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.633654  normal  0.687189 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 
758 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4119  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.49 
 
 
380 aa  110  5e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12648  Signal Transduction Histidine Kinase (STHK) with CheB and CheRactivity  27.34 
 
 
1200 aa  110  6e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1131  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  24.93 
 
 
500 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2998  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.74 
 
 
391 aa  109  8.000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3764  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.52 
 
 
538 aa  109  8.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.180542  normal  0.0415669 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2263  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.66 
 
 
632 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1531  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.8 
 
 
643 aa  109  9.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.963114 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2607  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 
1144 aa  109  9.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2827  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.21 
 
 
1064 aa  109  9.000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3854  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  24.87 
 
 
386 aa  108  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11588  two-component sensor histidine kinase  31.02 
 
 
403 aa  108  1e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.339726  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3436  histidine kinase  33.33 
 
 
362 aa  108  1e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1007  sensory box histidine kinase  33.05 
 
 
812 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.572876  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1953  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.66 
 
 
632 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3745  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.65 
 
 
1010 aa  108  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.412805  hitchhiker  0.00597184 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6522  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.92 
 
 
556 aa  108  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0931  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  24.5 
 
 
446 aa  108  2e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.523505  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1125  histidine kinase  30.45 
 
 
564 aa  108  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0010  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.39 
 
 
604 aa  108  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3046  two-component sensor histidine kinase  31.47 
 
 
515 aa  108  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.3846  normal  0.30289 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1483  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.86 
 
 
374 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.67 
 
 
789 aa  107  3e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8461  Bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)-like protein  31.84 
 
 
528 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1510  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.86 
 
 
374 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3739  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  25.73 
 
 
379 aa  107  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0830  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.13 
 
 
394 aa  107  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00410023  normal  0.375315 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  30.8 
 
 
776 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0308443 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>