More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3213 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3213  two-component hybrid sensor and regulator  100 
 
 
359 aa  734    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3854  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  32.22 
 
 
386 aa  157  3e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0037  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.52 
 
 
387 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1844  sensory box histidine kinase  34.75 
 
 
723 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1934  two-component sensor kinase protein  34.75 
 
 
723 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0908  sensory box histidine kinase  34.75 
 
 
723 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0382  sensory box histidine kinase  34.75 
 
 
723 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1215  sensor for regulator EvgA  32.71 
 
 
553 aa  149  7e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0300686  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0474  sensory box histidine kinase  34.75 
 
 
821 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1434  sensory box histidine kinase  34.75 
 
 
821 aa  149  8e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0174  sensory box histidine kinase  34.75 
 
 
821 aa  149  8e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1522  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.61 
 
 
389 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1862  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
869 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.557725  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1495  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.61 
 
 
389 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1007  sensory box histidine kinase  33.9 
 
 
812 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.572876  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3745  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.81 
 
 
1010 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.412805  hitchhiker  0.00597184 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
960 aa  145  7.0000000000000006e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 
380 aa  145  1e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 
368 aa  145  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3966  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.89 
 
 
817 aa  142  6e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4101  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.11 
 
 
786 aa  142  9.999999999999999e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.56 
 
 
767 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2280  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 
821 aa  140  3e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2049  histidine kinase  33.33 
 
 
494 aa  139  4.999999999999999e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1826  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.17 
 
 
363 aa  139  7e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 
883 aa  139  1e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1447  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 
1028 aa  139  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.722583  unclonable  0.0000177894 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 
681 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2687  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.73 
 
 
1013 aa  138  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.70216  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0970  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.66 
 
 
729 aa  137  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2410  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.47 
 
 
628 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.68 
 
 
799 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.190357  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1083  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
973 aa  135  9e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2607  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 
1144 aa  135  9e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4329  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.96 
 
 
683 aa  135  9.999999999999999e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.213628  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3338  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.59 
 
 
526 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00782598 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1067  sensor histidine kinase  34.25 
 
 
666 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.42028 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2911  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
642 aa  134  3e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.77 
 
 
775 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  33.88 
 
 
776 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4114  histidine kinase  29.48 
 
 
268 aa  133  5e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0596823  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4064  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.64 
 
 
639 aa  133  5e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.12518  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3347  sensor histidine kinase  35.43 
 
 
1020 aa  133  6e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3202  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
896 aa  132  7.999999999999999e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.67 
 
 
793 aa  132  1.0000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3744  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.82 
 
 
502 aa  132  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3300  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.22 
 
 
385 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1901  two-component sensor histidine kinase  34.14 
 
 
931 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0313083  normal  0.0871787 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 
765 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.49 
 
 
779 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0270  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.95 
 
 
626 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2168  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.85 
 
 
828 aa  130  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.419482 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3954  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29 
 
 
792 aa  130  3e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.64 
 
 
789 aa  130  5.0000000000000004e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5034  histidine kinase  32.48 
 
 
498 aa  129  5.0000000000000004e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1663  sensor for ctr capsule biosynthesis, histidine kinase acting on RcsB  35.39 
 
 
1093 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.749752  normal  0.503363 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2200  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 
678 aa  130  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.541226  hitchhiker  0.00764394 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4479  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 
502 aa  129  6e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0314  histidine kinase  29.49 
 
 
531 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1143  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.62 
 
 
502 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.36757  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 
775 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1656  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.54 
 
 
478 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.999121 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2606  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  31.05 
 
 
664 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.383776  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.67 
 
 
1532 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2837  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 
716 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3133  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.32 
 
 
543 aa  128  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.863254  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 
1068 aa  127  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0262  bacteriophytochrome-like protein  33.19 
 
 
505 aa  127  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.268371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4420  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.73 
 
 
922 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0348998  normal  0.536892 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3297  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.92 
 
 
838 aa  127  3e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3188  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.92 
 
 
810 aa  127  3e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0386  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.75 
 
 
674 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.963585  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1463  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.5 
 
 
1118 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000390432  normal  0.0407868 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2719  histidine kinase  32.06 
 
 
490 aa  127  4.0000000000000003e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.369287 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3546  sensor protein (histidine protein kinase), acting on arcA  34.84 
 
 
586 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00933538  normal  0.0548176 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0668  histidine kinase  29.59 
 
 
700 aa  127  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0742794 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0790  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.48 
 
 
566 aa  126  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.391268  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1264  histidine kinase  28.03 
 
 
421 aa  126  6e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.557954  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 
769 aa  126  7e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0908  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 
1267 aa  125  8.000000000000001e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.142245  normal  0.539943 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2907  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
520 aa  125  9e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3898  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.65 
 
 
1003 aa  125  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504038  normal  0.0804481 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7206  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  29.41 
 
 
1499 aa  125  9e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 
760 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 
760 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1670  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  24.16 
 
 
394 aa  125  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00261958  normal  0.184327 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0338  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.56 
 
 
568 aa  125  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127973  decreased coverage  0.00024777 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2084  sensor for ctr capsule biosynthesis; sensor histidine kinase  31.67 
 
 
660 aa  125  1e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2882  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.02 
 
 
528 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1748  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.18 
 
 
550 aa  125  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1676  histidine kinase  33.33 
 
 
881 aa  124  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31 
 
 
674 aa  124  2e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1219  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.32 
 
 
396 aa  124  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000364001 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0906  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.24 
 
 
1195 aa  125  2e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.93 
 
 
1140 aa  125  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
532 aa  124  2e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.030472 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0283  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  29.58 
 
 
531 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4011  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.76 
 
 
418 aa  124  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.139178  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1725  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.46 
 
 
407 aa  123  4e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4970  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.63 
 
 
361 aa  124  4e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.121387  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>