More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2837 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2837  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 133 aa  254  3e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.156081 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1990  transcriptional regulator, MerR family  67.72 
 
 		 147 aa  177  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137012  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4022  MerR family transcriptional regulator  66.92 
 
 		 141 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.605309  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3541  MerR family transcriptional regulator  66.17 
 
 		 141 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1905  MerR family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 141 aa  170  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.380273  normal  0.440167 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4236  MerR family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 141 aa  169  9e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3389  MerR family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 141 aa  169  9e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.879982 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4130  MerR family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 141 aa  169  9e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.601713  normal  0.465162 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2683  MerR family transcriptional regulator  69.35 
 
 		 142 aa  167  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.903809  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3269  MerR family transcriptional regulator  69.35 
 
 		 142 aa  167  3e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2694  MerR family transcriptional regulator  69.35 
 
 		 142 aa  167  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0035  MerR family transcriptional regulator  69.35 
 
 		 142 aa  167  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1858  MerR family transcriptional regulator  69.35 
 
 		 142 aa  167  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15558  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0035  MerR family transcriptional regulator  69.35 
 
 		 142 aa  167  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0248  MerR family transcriptional regulator  69.67 
 
 		 183 aa  166  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.849473  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0033  MerR family transcriptional regulator  69.11 
 
 		 164 aa  166  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.696294  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67550  putative transcriptional regulator  71.67 
 
 		 141 aa  165  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0955895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01184  Transcriptional regulator, MerR family protein  60.16 
 
 		 137 aa  164  2.9999999999999998e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3347  MerR family transcriptional regulator  62.7 
 
 		 144 aa  161  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4462  MerR family transcriptional regulator  60.15 
 
 		 141 aa  160  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5849  putative transcriptional regulator  70 
 
 		 141 aa  160  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00369897  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3439  MerR family transcriptional regulator  60.47 
 
 		 136 aa  152  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0423  MerR family transcriptional regulator  62.4 
 
 		 140 aa  152  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2579  MerR family transcriptional regulator  60.66 
 
 		 143 aa  151  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136218  normal  0.025304 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2902  regulatory protein, MerR  56.56 
 
 		 143 aa  147  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2682  putative regulatory protein  58.4 
 
 		 172 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.537318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4691  MerR family transcriptional regulator  56 
 
 		 159 aa  140  7e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0382  MerR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 154 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4273  MerR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 139 aa  138  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.652565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1595  MerR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 139 aa  137  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.146181 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3589  MerR family transcriptional regulator  52.8 
 
 		 137 aa  137  7e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3837  MerR family transcriptional regulator  55.2 
 
 		 139 aa  137  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.265561  normal  0.533813 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2614  MerR family transcriptional regulator  51.94 
 
 		 141 aa  135  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.144793 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1460  transcriptional regulator, MerR family  48.46 
 
 		 151 aa  131  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0645797  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000248  transcriptional regulator  48.44 
 
 		 135 aa  129  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4260  MerR family transcriptional regulator  51.91 
 
 		 141 aa  126  9.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.49412 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2311  transcriptional regulator, MerR family  54.96 
 
 		 135 aa  125  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113317  normal  0.278177 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3152  MerR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 131 aa  66.6  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.335124  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0225  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  36.28 
 
 		 148 aa  66.2  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3280  MerR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 139 aa  66.2  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.06 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  33.06 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14720  predicted transcriptional regulator  40.52 
 
 		 148 aa  63.9  0.0000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.590627  normal  0.772199 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000675  redox-sensitive transcriptional activator soxR  31.25 
 
 		 143 aa  62.8  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.27209  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.23 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.23 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.23 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1151  MerR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 133 aa  62.8  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.100669  hitchhiker  0.000000311334 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2435  MerR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.23 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06555  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  30.36 
 
 		 145 aa  61.2  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5717  transcriptional regulator, MerR family  41.59 
 
 		 163 aa  61.2  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.4 
 
 		 136 aa  60.8  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4237  MerR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 136 aa  60.8  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.428618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1612  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  40.59 
 
 		 156 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3642  transcriptional regulator, MerR family  36.89 
 
 		 158 aa  60.1  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2125  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  32.28 
 
 		 150 aa  59.7  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0226644  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  33.06 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  33.06 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0056  soxR protein  31.25 
 
 		 148 aa  58.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0560475  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1003  MerR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 159 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.926369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  33.06 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.06 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  31.71 
 
 		 132 aa  58.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1032  transcriptional regulator, MerR family  30.58 
 
 		 144 aa  58.9  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.920994  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3218  transcriptional regulator, MerR family  31.4 
 
 		 138 aa  58.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3141  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.48 
 
 		 159 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.814433  normal  0.503062 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10940  transcriptional regulator, MerR family  40.54 
 
 		 153 aa  59.3  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.07291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6360  transcriptional regulator, MerR family  37.84 
 
 		 152 aa  58.9  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1029  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.2 
 
 		 161 aa  58.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352753  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.06 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4130  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 158 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.442587  normal  0.0543283 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.06 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.06 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1546  MerR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 161 aa  58.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.548833  normal  0.109608 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  37.01 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4594  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 158 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00608405 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1565  transcriptional regulator, MerR family protein  30.16 
 
 		 146 aa  58.5  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.183057  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.23 
 
 		 135 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0586  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.23 
 
 		 135 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.775911 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1053  MerR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 173 aa  57.8  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.582501 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1579  MerR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 151 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0323657  normal  0.536322 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3453  MerR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 163 aa  57.8  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0445527  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  37.01 
 
 		 129 aa  57.8  0.00000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01780  transcriptional regulator, MerR family  39.02 
 
 		 158 aa  57.8  0.00000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.95899 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3680  MerR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 151 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3929  MerR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 159 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2060  transcriptional regulator SoxR  32.79 
 
 		 151 aa  57  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2087  MerR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 140 aa  57  0.00000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.183046  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2133  MerR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 140 aa  57  0.00000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0098213 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2070  MerR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 140 aa  57  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00505229  normal  0.800786 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4304  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 164 aa  56.6  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  34.65 
 
 		 140 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0713  MerR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 125 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.979534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001159  transcriptional regulator  30.37 
 
 		 145 aa  56.6  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 155 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3920  MerR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 152 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.692968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3941  MerR family transcriptional regulator  30 
 
 		 128 aa  55.5  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.708141  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1098  transcriptional regulator, MerR family  31.4 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4747  MerR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 159 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00623543 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>