More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000248 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000248  transcriptional regulator  100 
 
 		 135 aa  275  1e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0423  MerR family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 140 aa  147  5e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4462  MerR family transcriptional regulator  53.44 
 
 		 141 aa  140  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320257  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1990  transcriptional regulator, MerR family  48.25 
 
 		 147 aa  140  6e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137012  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3389  MerR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 141 aa  140  8e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.879982 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4236  MerR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 141 aa  140  8e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4130  MerR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 141 aa  140  8e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.601713  normal  0.465162 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01184  Transcriptional regulator, MerR family protein  53.17 
 
 		 137 aa  139  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4260  MerR family transcriptional regulator  53.68 
 
 		 141 aa  138  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.49412 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1905  MerR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 141 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.380273  normal  0.440167 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3541  MerR family transcriptional regulator  51.13 
 
 		 141 aa  135  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4022  MerR family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 141 aa  135  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.605309  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0033  MerR family transcriptional regulator  48.23 
 
 		 164 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.696294  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2683  MerR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 142 aa  134  5e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.903809  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3269  MerR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 142 aa  134  5e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0382  MerR family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 154 aa  134  5e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1858  MerR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 142 aa  134  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15558  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0035  MerR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 142 aa  134  5e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2694  MerR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 142 aa  134  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0248  MerR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 183 aa  133  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.849473  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2902  regulatory protein, MerR  50.79 
 
 		 143 aa  132  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1460  transcriptional regulator, MerR family  50 
 
 		 151 aa  132  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0645797  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0035  MerR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 142 aa  131  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3347  MerR family transcriptional regulator  52.42 
 
 		 144 aa  131  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2614  MerR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 141 aa  131  3.9999999999999996e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.144793 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2579  MerR family transcriptional regulator  49.26 
 
 		 143 aa  131  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136218  normal  0.025304 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67550  putative transcriptional regulator  54.62 
 
 		 141 aa  130  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0955895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3439  MerR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 136 aa  130  6.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3589  MerR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 137 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5849  putative transcriptional regulator  53.78 
 
 		 141 aa  129  9e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00369897  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2837  MerR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 133 aa  129  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.156081 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4691  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 159 aa  128  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1595  MerR family transcriptional regulator  48 
 
 		 139 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.146181 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2682  putative regulatory protein  48.41 
 
 		 172 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.537318  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4273  MerR family transcriptional regulator  47.2 
 
 		 139 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.652565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3837  MerR family transcriptional regulator  48 
 
 		 139 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.265561  normal  0.533813 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2311  transcriptional regulator, MerR family  45.74 
 
 		 135 aa  114  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113317  normal  0.278177 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0631  MerR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 158 aa  68.2  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.170706 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5793  transcriptional regulator, MerR family  30.3 
 
 		 139 aa  67.4  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4237  MerR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 136 aa  67.4  0.00000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.428618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  35.71 
 
 		 129 aa  67  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1546  MerR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 161 aa  65.9  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.548833  normal  0.109608 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  34.92 
 
 		 129 aa  66.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4509  transcriptional regulator, MerR family  36.79 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125189 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  33.04 
 
 		 129 aa  65.9  0.0000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  36.07 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  32.41 
 
 		 129 aa  65.1  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3941  MerR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 128 aa  65.1  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.708141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0267  MerR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 152 aa  65.1  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3680  transcriptional regulator, MerR family  33.87 
 
 		 133 aa  64.7  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.446637  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3280  MerR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 139 aa  64.7  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3453  MerR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 163 aa  64.3  0.0000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0445527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3141  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  31.93 
 
 		 159 aa  64.3  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.814433  normal  0.503062 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1535  MerR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.139036  normal  0.469721 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.33 
 
 		 138 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  34.48 
 
 		 138 aa  63.9  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  34.48 
 
 		 138 aa  63.9  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  34.48 
 
 		 138 aa  63.9  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  34.48 
 
 		 138 aa  63.9  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 131 aa  63.5  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3642  transcriptional regulator, MerR family  33.61 
 
 		 158 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1130  MerR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 140 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3961  MerR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 142 aa  62.8  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.146237  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14720  predicted transcriptional regulator  32.54 
 
 		 148 aa  62.8  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.590627  normal  0.772199 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3623  MerR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 142 aa  62.8  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1287  MerR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 155 aa  62  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.422706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4471  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  30.83 
 
 		 145 aa  61.6  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00882257 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0056  soxR protein  28.69 
 
 		 148 aa  61.6  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0560475  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  34.29 
 
 		 129 aa  61.6  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0734  regulatory protein, MerR  29.27 
 
 		 154 aa  61.2  0.000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.308445  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0667  transcriptional regulator, MerR family  32.41 
 
 		 249 aa  61.2  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.201436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  33.61 
 
 		 132 aa  61.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  33.59 
 
 		 135 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03935  DNA-binding transcriptional dual regulator, Fe-S center for redox-sensing  33.05 
 
 		 154 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.015828  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  33.59 
 
 		 135 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3929  transcriptional regulator, MerR family  33.05 
 
 		 154 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  33.59 
 
 		 135 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03895  hypothetical protein  33.05 
 
 		 154 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0184757  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.59 
 
 		 135 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.59 
 
 		 135 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5566  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  33.05 
 
 		 154 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.953635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4581  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  33.05 
 
 		 154 aa  60.8  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3964  MerR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 154 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0321214 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4305  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  33.05 
 
 		 154 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4616  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  33.05 
 
 		 154 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.59 
 
 		 135 aa  60.8  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.59 
 
 		 135 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2087  MerR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.545443  normal  0.539836 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 134 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  33.05 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4517  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  32.2 
 
 		 152 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3972  MerR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 149 aa  60.1  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4610  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  32.2 
 
 		 152 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.327282 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2059  transcriptional regulator, MerR family  33.91 
 
 		 145 aa  60.1  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477962 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4611  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  32.2 
 
 		 152 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0111034  normal  0.796254 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  32.2 
 
 		 152 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4661  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  32.2 
 
 		 152 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2718  transcriptional regulator, MerR family  35.4 
 
 		 150 aa  60.1  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.654055  hitchhiker  0.0000347436 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2276  MerR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.101998  hitchhiker  0.00000024461 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>