More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2614 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2614  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 141 aa  287  3e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.144793 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3389  MerR family transcriptional regulator  58.59 
 
 		 141 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.879982 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4236  MerR family transcriptional regulator  58.59 
 
 		 141 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4130  MerR family transcriptional regulator  58.59 
 
 		 141 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.601713  normal  0.465162 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1905  MerR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 141 aa  155  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.380273  normal  0.440167 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0382  MerR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 154 aa  154  5.0000000000000005e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3541  MerR family transcriptional regulator  57.03 
 
 		 141 aa  152  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4022  MerR family transcriptional regulator  57.03 
 
 		 141 aa  152  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.605309  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4462  MerR family transcriptional regulator  55.47 
 
 		 141 aa  149  8.999999999999999e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320257  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1990  transcriptional regulator, MerR family  56.8 
 
 		 147 aa  149  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137012  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1460  transcriptional regulator, MerR family  55.04 
 
 		 151 aa  147  4e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0645797  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4260  MerR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 141 aa  146  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.49412 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3439  MerR family transcriptional regulator  55.38 
 
 		 136 aa  144  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0033  MerR family transcriptional regulator  53.73 
 
 		 164 aa  144  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.696294  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2579  MerR family transcriptional regulator  56 
 
 		 143 aa  144  5e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136218  normal  0.025304 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0423  MerR family transcriptional regulator  56 
 
 		 140 aa  143  8.000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3347  MerR family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 144 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2683  MerR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 142 aa  138  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.903809  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0248  MerR family transcriptional regulator  55.37 
 
 		 183 aa  138  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.849473  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2694  MerR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 142 aa  138  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3269  MerR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 142 aa  138  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0035  MerR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 142 aa  138  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1858  MerR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 142 aa  138  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15558  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2837  MerR family transcriptional regulator  51.94 
 
 		 133 aa  135  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.156081 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0035  MerR family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 142 aa  135  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01184  Transcriptional regulator, MerR family protein  50 
 
 		 137 aa  135  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3589  MerR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 137 aa  133  9e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2902  regulatory protein, MerR  52 
 
 		 143 aa  132  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67550  putative transcriptional regulator  55 
 
 		 141 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0955895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000248  transcriptional regulator  51.56 
 
 		 135 aa  131  3.9999999999999996e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5849  putative transcriptional regulator  54.17 
 
 		 141 aa  130  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00369897  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2682  putative regulatory protein  48.25 
 
 		 172 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.537318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4691  MerR family transcriptional regulator  49.6 
 
 		 159 aa  124  5e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1595  MerR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 139 aa  124  6e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.146181 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4273  MerR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 139 aa  123  9e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.652565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3837  MerR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 139 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.265561  normal  0.533813 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2311  transcriptional regulator, MerR family  47.73 
 
 		 135 aa  109  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113317  normal  0.278177 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3642  transcriptional regulator, MerR family  37.12 
 
 		 158 aa  68.2  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2060  transcriptional regulator SoxR  33.88 
 
 		 151 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3623  MerR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 142 aa  65.1  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3961  MerR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 142 aa  65.1  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.146237  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3680  MerR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 151 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03935  DNA-binding transcriptional dual regulator, Fe-S center for redox-sensing  36.67 
 
 		 154 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.015828  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03895  hypothetical protein  36.67 
 
 		 154 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0184757  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3929  transcriptional regulator, MerR family  36.67 
 
 		 154 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5793  transcriptional regulator, MerR family  35.59 
 
 		 139 aa  64.3  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0631  MerR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 158 aa  64.7  0.0000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.170706 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4305  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  36.67 
 
 		 154 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4616  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  36.67 
 
 		 154 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5566  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  36.67 
 
 		 154 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.953635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4581  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  36.67 
 
 		 154 aa  64.3  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0267  MerR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 152 aa  64.3  0.0000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3964  MerR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 154 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0321214 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4517  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  36.67 
 
 		 152 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4610  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  36.67 
 
 		 152 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.327282 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  36.67 
 
 		 152 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4661  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  36.67 
 
 		 152 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4611  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  36.67 
 
 		 152 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0111034  normal  0.796254 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3152  MerR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 131 aa  63.5  0.0000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.335124  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  33.06 
 
 		 137 aa  63.2  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1579  MerR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 151 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0323657  normal  0.536322 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2558  MerR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 139 aa  63.2  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3280  MerR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 139 aa  62.4  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000675  redox-sensitive transcriptional activator soxR  37.86 
 
 		 143 aa  62  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.27209  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06555  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  38.1 
 
 		 145 aa  61.2  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.83 
 
 		 154 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1151  MerR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.100669  hitchhiker  0.000000311334 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5717  transcriptional regulator, MerR family  36.7 
 
 		 163 aa  61.2  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06131  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  30.83 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.4 
 
 		 136 aa  60.8  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4066  MerR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 152 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3455  MerR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 152 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.340256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0713  MerR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 125 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.979534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4304  MerR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 164 aa  59.7  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1612  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  44.12 
 
 		 156 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2443  MerR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 140 aa  60.1  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0137  MerR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 145 aa  60.1  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3410  hypothetical protein  34.71 
 
 		 142 aa  59.7  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3404  MerR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 155 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4072  transcriptional regulator, MerR family  37.93 
 
 		 140 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.44146 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3797  transcriptional regulator, MerR family  35.58 
 
 		 140 aa  58.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4130  MerR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 158 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.442587  normal  0.0543283 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0226  MerR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 154 aa  58.2  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4209  putative transcriptional regulator, MerR family  30 
 
 		 145 aa  58.5  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  hitchhiker  0.000986554 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3931  transcriptional regulator, MerR family  45 
 
 		 154 aa  58.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0225  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  30.08 
 
 		 148 aa  58.2  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2125  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  32 
 
 		 150 aa  58.5  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0226644  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  33.07 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0926  transcriptional regulator, MerR family  35.29 
 
 		 144 aa  58.5  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.129238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 138 aa  58.2  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2836  transcriptional regulator, MerR family  36.11 
 
 		 135 aa  58.2  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.906455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4117  MerR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 140 aa  57.8  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4594  MerR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 158 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00608405 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4277  MerR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 140 aa  57.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  29.75 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1003  MerR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 159 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.926369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 141 aa  57.4  0.00000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  29.75 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  29.75 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  29.75 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>