More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01184 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01184  Transcriptional regulator, MerR family protein  100 
 
 		 137 aa  273  5e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1990  transcriptional regulator, MerR family  66.67 
 
 		 147 aa  182  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137012  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3347  MerR family transcriptional regulator  67.74 
 
 		 144 aa  181  3e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0423  MerR family transcriptional regulator  66.92 
 
 		 140 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2694  MerR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2683  MerR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.903809  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0035  MerR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3269  MerR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1858  MerR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15558  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0248  MerR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 183 aa  170  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.849473  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0035  MerR family transcriptional regulator  62.81 
 
 		 142 aa  169  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0033  MerR family transcriptional regulator  62.1 
 
 		 164 aa  167  6e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.696294  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2579  MerR family transcriptional regulator  61.72 
 
 		 143 aa  167  6e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136218  normal  0.025304 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2837  MerR family transcriptional regulator  60.16 
 
 		 133 aa  164  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.156081 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2902  regulatory protein, MerR  57.14 
 
 		 143 aa  159  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4462  MerR family transcriptional regulator  57.6 
 
 		 141 aa  156  7e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3541  MerR family transcriptional regulator  58.06 
 
 		 141 aa  156  8e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4022  MerR family transcriptional regulator  57.6 
 
 		 141 aa  156  9e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.605309  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2682  putative regulatory protein  54.26 
 
 		 172 aa  155  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.537318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0382  MerR family transcriptional regulator  55.2 
 
 		 154 aa  152  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4236  MerR family transcriptional regulator  57.26 
 
 		 141 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3389  MerR family transcriptional regulator  57.26 
 
 		 141 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.879982 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4130  MerR family transcriptional regulator  57.26 
 
 		 141 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.601713  normal  0.465162 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3439  MerR family transcriptional regulator  57.6 
 
 		 136 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1905  MerR family transcriptional regulator  57.26 
 
 		 141 aa  150  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.380273  normal  0.440167 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67550  putative transcriptional regulator  61.54 
 
 		 141 aa  150  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0955895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4691  MerR family transcriptional regulator  56.69 
 
 		 159 aa  150  7e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5849  putative transcriptional regulator  61.54 
 
 		 141 aa  149  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00369897  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4260  MerR family transcriptional regulator  56 
 
 		 141 aa  145  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.49412 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3589  MerR family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 137 aa  141  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1460  transcriptional regulator, MerR family  50.41 
 
 		 151 aa  141  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0645797  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1595  MerR family transcriptional regulator  51.94 
 
 		 139 aa  141  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.146181 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4273  MerR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 139 aa  140  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.652565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000248  transcriptional regulator  53.17 
 
 		 135 aa  139  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3837  MerR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 139 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.265561  normal  0.533813 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2614  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 141 aa  135  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.144793 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2311  transcriptional regulator, MerR family  44.35 
 
 		 135 aa  99  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113317  normal  0.278177 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2125  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  33.82 
 
 		 150 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0226644  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  35.34 
 
 		 137 aa  70.1  0.000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3210  MerR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 136 aa  69.7  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.303617  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4610  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  38.79 
 
 		 152 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.327282 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  38.79 
 
 		 152 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4517  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  38.79 
 
 		 152 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4661  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  38.79 
 
 		 152 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  37.29 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4611  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  38.79 
 
 		 152 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0111034  normal  0.796254 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03935  DNA-binding transcriptional dual regulator, Fe-S center for redox-sensing  37.93 
 
 		 154 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.015828  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3929  transcriptional regulator, MerR family  37.93 
 
 		 154 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5359  transcriptional regulator, MerR family  37.19 
 
 		 142 aa  68.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3964  MerR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 154 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0321214 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4305  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  37.93 
 
 		 154 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4616  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  37.93 
 
 		 154 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4581  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  37.93 
 
 		 154 aa  68.6  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03895  hypothetical protein  37.93 
 
 		 154 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0184757  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5566  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  37.93 
 
 		 154 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.953635  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  37.19 
 
 		 159 aa  68.2  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  37.19 
 
 		 136 aa  68.2  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000675  redox-sensitive transcriptional activator soxR  38.94 
 
 		 143 aa  67.8  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.27209  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0056  soxR protein  34.59 
 
 		 148 aa  67.8  0.00000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0560475  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.54 
 
 		 138 aa  67.4  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.54 
 
 		 138 aa  67.4  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.54 
 
 		 138 aa  67.4  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 155 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3141  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  33.57 
 
 		 159 aa  67.4  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.814433  normal  0.503062 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0267  MerR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 152 aa  67  0.00000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.54 
 
 		 138 aa  67.4  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2453  transcriptional regulator, MerR family  36.3 
 
 		 155 aa  67.4  0.00000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000100878  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1053  MerR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 173 aa  66.6  0.00000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.582501 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  34.06 
 
 		 140 aa  66.6  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  35.54 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  35.54 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1546  MerR family transcriptional regulator  35 
 
 		 161 aa  66.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.548833  normal  0.109608 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0225  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  33.61 
 
 		 148 aa  66.2  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  37.07 
 
 		 154 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.54 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.54 
 
 		 138 aa  66.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06555  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  38.84 
 
 		 145 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.54 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.54 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.54 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0323  transcriptional regulator  37.89 
 
 		 117 aa  66.2  0.0000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0420386  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  35.54 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2144  MerR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000183728  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1151  MerR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 133 aa  65.9  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.100669  hitchhiker  0.000000311334 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  36.59 
 
 		 132 aa  65.1  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 149 aa  65.1  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1060  MerR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 134 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2489  putative transcriptional regulator, MerR family  34.56 
 
 		 162 aa  64.7  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00633728 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1029  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  33.61 
 
 		 161 aa  64.7  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352753  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 143 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10880  predicted transcriptional regulator  38.74 
 
 		 145 aa  64.3  0.0000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  33.33 
 
 		 129 aa  64.3  0.0000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0586  DNA-binding transcriptional regulator CueR  34.71 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.775911 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  34.71 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3642  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 158 aa  64.3  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1032  transcriptional regulator, MerR family  33.06 
 
 		 144 aa  63.5  0.0000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.920994  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3453  MerR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 163 aa  63.5  0.0000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0445527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4090  putative MerR/CueR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 137 aa  63.5  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1805  transcriptional regulator, MerR family  36.36 
 
 		 142 aa  63.5  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.665763 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>