More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2682 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2682  putative regulatory protein  100 
 
 		 172 aa  335  1.9999999999999998e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.537318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2902  regulatory protein, MerR  77.1 
 
 		 143 aa  213  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1990  transcriptional regulator, MerR family  64.34 
 
 		 147 aa  175  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137012  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0033  MerR family transcriptional regulator  61.7 
 
 		 164 aa  170  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.696294  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0423  MerR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 140 aa  169  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0248  MerR family transcriptional regulator  60.69 
 
 		 183 aa  168  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.849473  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0035  MerR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 142 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2683  MerR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 142 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.903809  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2694  MerR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 142 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1858  MerR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 142 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15558  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3269  MerR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 142 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0035  MerR family transcriptional regulator  65.29 
 
 		 142 aa  160  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2579  MerR family transcriptional regulator  60.45 
 
 		 143 aa  159  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136218  normal  0.025304 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3589  MerR family transcriptional regulator  56.85 
 
 		 137 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01184  Transcriptional regulator, MerR family protein  54.26 
 
 		 137 aa  155  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1595  MerR family transcriptional regulator  56.83 
 
 		 139 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.146181 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4273  MerR family transcriptional regulator  56.83 
 
 		 139 aa  153  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.652565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3837  MerR family transcriptional regulator  60.47 
 
 		 139 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.265561  normal  0.533813 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5849  putative transcriptional regulator  65.81 
 
 		 141 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00369897  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3541  MerR family transcriptional regulator  57.48 
 
 		 141 aa  147  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4022  MerR family transcriptional regulator  57.48 
 
 		 141 aa  147  9e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.605309  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4691  MerR family transcriptional regulator  56.69 
 
 		 159 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2837  MerR family transcriptional regulator  58.4 
 
 		 133 aa  146  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.156081 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1905  MerR family transcriptional regulator  55.91 
 
 		 141 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.380273  normal  0.440167 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67550  putative transcriptional regulator  65.81 
 
 		 141 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0955895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4462  MerR family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 141 aa  144  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3389  MerR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 141 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.879982 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4236  MerR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 141 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4130  MerR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 141 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.601713  normal  0.465162 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3439  MerR family transcriptional regulator  52.76 
 
 		 136 aa  143  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0382  MerR family transcriptional regulator  51.09 
 
 		 154 aa  140  6e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3347  MerR family transcriptional regulator  51.09 
 
 		 144 aa  140  8e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1460  transcriptional regulator, MerR family  46.15 
 
 		 151 aa  137  8.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0645797  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2614  MerR family transcriptional regulator  48.25 
 
 		 141 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.144793 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000248  transcriptional regulator  48.41 
 
 		 135 aa  126  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2311  transcriptional regulator, MerR family  52.8 
 
 		 135 aa  118  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113317  normal  0.278177 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4260  MerR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 141 aa  113  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.49412 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1915  putative transcriptional regulator, MerR family  41.73 
 
 		 166 aa  76.6  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000675  redox-sensitive transcriptional activator soxR  36.13 
 
 		 143 aa  76.3  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.27209  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06555  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  35.29 
 
 		 145 aa  74.3  0.0000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2125  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  32 
 
 		 150 aa  72  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0226644  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3680  MerR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 151 aa  70.9  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2060  transcriptional regulator SoxR  35.77 
 
 		 151 aa  70.9  0.000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6360  transcriptional regulator, MerR family  37.12 
 
 		 152 aa  70.5  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0056  soxR protein  36.07 
 
 		 148 aa  70.5  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0560475  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0954  MerR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 146 aa  70.1  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0450773  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3642  transcriptional regulator, MerR family  34.15 
 
 		 158 aa  69.3  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1579  MerR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 151 aa  68.6  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0323657  normal  0.536322 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  31.2 
 
 		 137 aa  66.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5717  transcriptional regulator, MerR family  38.66 
 
 		 163 aa  66.2  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1535  MerR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 137 aa  66.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.139036  normal  0.469721 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1130  MerR family transcriptional regulator  32 
 
 		 140 aa  65.1  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3210  MerR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 136 aa  63.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.303617  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3972  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5536  MerR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 159 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.107615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0225  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  30.58 
 
 		 148 aa  63.2  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3620  MerR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 159 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.065575  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4747  MerR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 159 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00623543 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3453  MerR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 163 aa  62.4  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0445527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5668  transcriptional regulator, MerR family  32.77 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4209  putative transcriptional regulator, MerR family  28.35 
 
 		 145 aa  62.4  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  hitchhiker  0.000986554 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1053  MerR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 173 aa  62.4  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.582501 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0179  MerR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 136 aa  62  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  32.76 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4594  MerR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 158 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00608405 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  30.47 
 
 		 132 aa  61.6  0.000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4130  MerR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 158 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.442587  normal  0.0543283 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  27.61 
 
 		 137 aa  61.2  0.000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2821  MerR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.353313 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1003  MerR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 159 aa  60.8  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.926369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3141  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  31.36 
 
 		 159 aa  61.2  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.814433  normal  0.503062 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2391  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  32.59 
 
 		 151 aa  60.5  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0284263  normal  0.3053 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3931  transcriptional regulator, MerR family  34.96 
 
 		 154 aa  60.5  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3929  MerR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 159 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4538  transcriptional activator for superoxide response; Fe-S center for redox-sensing (MerR family)  34.96 
 
 		 169 aa  60.8  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485722  normal  0.455986 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2534  transcriptional regulator, MerR family  29.17 
 
 		 136 aa  60.5  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000567314  normal  0.0526863 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02196  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  34.17 
 
 		 148 aa  60.5  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 130 aa  60.5  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2104  transcriptional regulator, MerR family  32.59 
 
 		 151 aa  60.5  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0238  MerR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 141 aa  60.1  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3828  MerR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 122 aa  60.5  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3152  MerR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 131 aa  59.7  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.335124  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2870  transcriptional regulator, MerR family  25.66 
 
 		 119 aa  59.3  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.368804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1373  MerR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 159 aa  59.3  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2453  transcriptional regulator, MerR family  36.8 
 
 		 155 aa  59.3  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000100878  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2950  MerR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 161 aa  59.3  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10940  transcriptional regulator, MerR family  36.13 
 
 		 153 aa  58.9  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.07291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  30.71 
 
 		 131 aa  58.5  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3790  MerR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0361759  normal  0.548118 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  28.8 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4066  MerR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3033  MerR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 133 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0661406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0466  MerR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 120 aa  58.9  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03935  DNA-binding transcriptional dual regulator, Fe-S center for redox-sensing  31.9 
 
 		 154 aa  58.2  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.015828  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3929  transcriptional regulator, MerR family  31.9 
 
 		 154 aa  58.2  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4581  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  31.9 
 
 		 154 aa  58.2  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5566  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  31.9 
 
 		 154 aa  58.2  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.953635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4517  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  31.9 
 
 		 152 aa  58.2  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4616  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  31.9 
 
 		 154 aa  58.2  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03895  hypothetical protein  31.9 
 
 		 154 aa  58.2  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0184757  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>