More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1260 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  100 
 
 		 131 aa  268  1e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1535  MerR family transcriptional regulator  76.19 
 
 		 137 aa  194  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.139036  normal  0.469721 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  76.19 
 
 		 137 aa  194  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0537  MerR family transcriptional regulator  72.22 
 
 		 133 aa  191  4e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.705155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3790  MerR family transcriptional regulator  68.25 
 
 		 132 aa  186  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0361759  normal  0.548118 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4066  MerR family transcriptional regulator  68.25 
 
 		 132 aa  186  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1130  MerR family transcriptional regulator  73.02 
 
 		 140 aa  186  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2087  MerR family transcriptional regulator  67.72 
 
 		 128 aa  181  3e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.545443  normal  0.539836 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  65.87 
 
 		 130 aa  180  7e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  64.29 
 
 		 129 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  63.49 
 
 		 129 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0198  MerR family transcriptional regulator  62.2 
 
 		 137 aa  168  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  57.36 
 
 		 132 aa  162  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0179  MerR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 136 aa  155  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  57.03 
 
 		 135 aa  149  8.999999999999999e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  56.69 
 
 		 132 aa  148  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4898  MerR family transcriptional regulator  53.44 
 
 		 147 aa  145  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.627224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  55.3 
 
 		 139 aa  145  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  54.69 
 
 		 136 aa  144  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  55.91 
 
 		 132 aa  145  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  54.69 
 
 		 136 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  54.69 
 
 		 136 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3242  transcriptional regulator, MerR family  57.94 
 
 		 132 aa  143  6e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  54.96 
 
 		 132 aa  143  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  56.35 
 
 		 143 aa  144  6e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  53.54 
 
 		 133 aa  143  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2267  MerR family transcriptional regulator  56.82 
 
 		 132 aa  142  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.312011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  53.91 
 
 		 134 aa  142  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1967  MerR family transcriptional regulator  54.62 
 
 		 141 aa  142  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.775323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  54.62 
 
 		 149 aa  141  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 137 aa  140  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  55.38 
 
 		 140 aa  140  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0034  MerR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 144 aa  140  7e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 155 aa  140  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  53.97 
 
 		 132 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3534  MerR family transcriptional regulator  51.59 
 
 		 143 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0358234  normal  0.617564 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3542  transcriptional regulator, MerR family  51.97 
 
 		 152 aa  138  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.387014 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0017  MerR family transcriptional regulator  52 
 
 		 167 aa  138  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.801756 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1595  putative heavy metal regulator HmrR  50 
 
 		 137 aa  138  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3216  transcriptional regulator, MerR family  51.97 
 
 		 155 aa  138  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0035  transcriptional regulator, MerR family  52 
 
 		 167 aa  138  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.987448  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  52.76 
 
 		 147 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9863  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  51.97 
 
 		 147 aa  137  4.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  53.54 
 
 		 159 aa  136  7.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  53.97 
 
 		 142 aa  136  7.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  51.97 
 
 		 134 aa  136  8.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2241  MerR family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 134 aa  136  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.388969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5860  MerR family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 134 aa  136  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2217  MerR family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 134 aa  136  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1373  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 159 aa  135  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.366441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  52.76 
 
 		 134 aa  135  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  50.78 
 
 		 151 aa  135  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  52.76 
 
 		 134 aa  135  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2134  MerR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 134 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 149 aa  134  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1060  MerR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 134 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5545  MerR family transcriptional regulator  50.76 
 
 		 139 aa  134  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.71393 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2255  MerR family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 134 aa  134  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.198615  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  51.97 
 
 		 144 aa  134  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0029  transcriptional regulator, MerR family  49.22 
 
 		 134 aa  132  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2814  transcriptional regulator, MerR family  53.54 
 
 		 138 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0221  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 149 aa  132  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2318  MerR family transcriptional regulator  50.39 
 
 		 143 aa  132  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1137  transcriptional regulator, MerR family  48.46 
 
 		 159 aa  132  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  50.79 
 
 		 138 aa  131  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3495  MerR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 133 aa  131  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.444785 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4049  MerR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 149 aa  131  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0211  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  49.22 
 
 		 149 aa  130  5e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0295  MerR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 149 aa  130  6.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5359  transcriptional regulator, MerR family  50.78 
 
 		 142 aa  130  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0178  MerR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 142 aa  130  9e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0926305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1950  MerR family transcriptional regulator  48.41 
 
 		 149 aa  129  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.578606  normal  0.329857 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2538  MerR family transcriptional regulator  51.59 
 
 		 157 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3237  MerR family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 171 aa  129  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.839111  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1328  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  50.39 
 
 		 142 aa  129  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0032  MerR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 134 aa  128  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2691  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  52.76 
 
 		 154 aa  128  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7842  transcriptional regulator, MerR family  51.59 
 
 		 149 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3192  MerR family transcriptional regulator  46.83 
 
 		 126 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.375407 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2543  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 128 aa  127  4.0000000000000003e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.212021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2918  transcriptional regulator, MerR family  51.97 
 
 		 154 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247446  normal  0.104462 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1639  MerR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 159 aa  126  8.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.270848  normal  0.040207 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3585  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 152 aa  126  9.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229473 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4873  MerR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 141 aa  126  9.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4091  MerR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 138 aa  125  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.903901  normal  0.433272 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1805  transcriptional regulator, MerR family  48.84 
 
 		 142 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.665763 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1534  MerR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 182 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1504  MerR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 166 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2588  MerR family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 129 aa  124  6e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0158199 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2847  transcriptional regulator, MerR family  44.27 
 
 		 169 aa  123  7e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.444422  hitchhiker  0.0000160217 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2655  MerR family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 129 aa  123  7e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1498  MerR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 163 aa  122  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2773  MerR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 132 aa  121  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2762  MerR family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 129 aa  121  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1687  MerR family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 129 aa  120  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0407  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  45.38 
 
 		 154 aa  119  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267625 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  45.67 
 
 		 138 aa  119  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0393  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  45.38 
 
 		 154 aa  119  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.493726  hitchhiker  2.73635e-17 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  45.67 
 
 		 138 aa  119  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0385  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  45.38 
 
 		 154 aa  119  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000075209 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>